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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 蛋白电泳/WB » 请教iTRAQ和Label Free的蛋白定量相关问题
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Hector_BioQ

银虫 (初入文坛)

[求助] 请教iTRAQ和Label Free的蛋白定量相关问题 已有1人参与

请问下版上的质谱高手，小弟的问题是这样的：
共有7个蛋白混合样品，其中一个是对照组，需要得到的信息是：1.每个样品中蛋白的种类；2.每个样品中所含蛋白的丰度；3.各组样品间相同蛋白的含量的相对差异。
目前知道的是iTRAQ和Label Free都是可以做到第一条和第三条的。但是咨询了国内的一些公司，大多数都不能实现第二条，但是文献里使用Label Free的技术（引入内参）是可以对同一样品中各类蛋白的丰度做出定量分析的。公司给的答复是国内技术水品不能够实现。请问真的是这样的么？另外，通过对同一样品里不同蛋白肽段数的分析不能够获得各自的丰度信息么？
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1楼 2014-08-03 09:54:18
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馒头爱生物

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

label free是不含内参的，含内参的就不叫做label free了。
引入内参的定量方法也不能满足你的要求，因为你没办法合成这样的内参。内参的方法只能对样品中一种或者几种蛋白进行绝对定量。
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3楼2014-09-05 15:39:06
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馒头爱生物

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

你这个“每个样品中所含蛋白的丰度”指的是什么?是指这一个样品中含有的各种不同种类的蛋白的相对含量差异吗？
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2楼2014-09-05 15:18:32
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馒头爱生物

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

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Hector_BioQ: 金币+50, ★★★很有帮助 2014-09-07 22:29:52
同一样品中不同肽段数也不代表样品的丰度
第一，肽段分为特异的和非特异的两种，非特异肽段在几种蛋白中都有，你不能确定它到底是哪一种蛋白的
第二，就算不存在第一点，肽段有长有短，质谱仪检测不同肽段的能力也有不同
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4楼2014-09-05 15:41:45
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馒头爱生物

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

如果你实在是非要知道一个样品中不同蛋白的含量丰度，可以用HPLC对复杂样品进行初步分离，分成15-20个组分，降低样品复杂度
之后，利用液相质谱连用系统中蛋白的面积来粗略估算蛋白丰度

我也不是非常精通，如有不对的地方，请包涵，欢迎指正和讨论
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5楼2014-09-05 15:44:32
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