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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 新老版本gcc共存，如何设置让GROMACS调用新版gcc？
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xiaowandouer

木虫 (正式写手)

[求助] 新老版本gcc共存，如何设置让GROMACS调用新版gcc？ 已有3人参与

安装gromacs后，做了个能量最小化的例子测试软件是否安装成功。翻看能量最小化的log文件，发现初始部分关于编译器的信息还是老版本的，在.bashrc中已经给出了新版gcc  bin和lib的路径呀，为什么不能用呢？

备注：老版gcc是服务器管理员安装的，我没root权限，网上给的部分方法需要root权限。有没有不需要root就可以解决的方法？
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1楼 2014-07-29 11:57:16
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magicmonk

至尊木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
xiaowandouer(月只蓝代发): 金币+1, 鼓励交流！ 2014-07-30 16:51:32
设置一下环境变量
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我们最深的恐惧不是我们能力不够，我们最深的恐惧是能力超越了极限。
2楼2014-07-29 14:36:37
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xiaowandouer

木虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by magicmonk at 2014-07-29 14:36:37
设置一下环境变量

亲，能说的详细点么？我在.bashrc中已经给出了新版gcc  bin和lib的路径了呀，
export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:安装路径/gcc4/lib：
export PATH=安装路径/gcc4/bin:${PATH}
是不是这么设置不对？
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3楼2014-07-29 17:02:46
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老曼7

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
xiaowandouer(月只蓝代发): 金币+1, 鼓励交流！ 2014-07-30 16:51:37
Gromacs是你自己装的还是管理员装的？如果Gromacs不是你自己装的，那他运行时调用的可能就是全局的环境变量而不是用户自己的环境变量，建议你可以在自己的目录尝试编译安装一个并行版的，实验室的一个师姐就是这样子折腾的。

[ 发自小木虫客户端 ]
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4楼2014-07-30 07:12:10
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老曼7

铁杆木虫 (正式写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 老曼7 at 2014-07-30 07:12:10
Gromacs是你自己装的还是管理员装的？如果Gromacs不是你自己装的，那他运行时调用的可能就是全局的环境变量而不是用户自己的环境变量，建议你可以在自己的目录尝试编译安装一个并行版的，实验室的一个师姐就是这样子 ...

我错了，没看清楚你帖子的第一句话…😓😓-_-||

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5楼2014-07-30 07:13:50
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abdoman

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
xiaowandouer(月只蓝代发): 金币+2, 鼓励交流！ 2014-07-30 16:51:43
xiaowandouer: 金币+16, ★★★很有帮助, 谢谢你的帮助，不过现在问题还木有完全解决，指定gcc的路径后，又出现编译器新老版本的问题，一个一个解决吧！ 2014-08-06 09:41:59
引用回帖:
3楼: Originally posted by xiaowandouer at 2014-07-29 17:02:46
亲，能说的详细点么？我在.bashrc中已经给出了新版gcc  bin和lib的路径了呀，
export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:安装路径/gcc4/lib：
export PATH=安装路径/gcc4/bin:${PATH}
是不是这么设置不对？...

你这个写错了哦，解析的顺序不对！
export LD_LIBRARY_PATH=安装路径/gcc4/lib：$LD_LIBRARY_PATH

先解析到你自己安装的。 PATH应该还好。 不放心的话，你gcc 编译时加-v 好像是显示版本号，看看就知道了。
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Youcompleteme.
6楼2014-07-30 08:50:55
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xiaowandouer

木虫 (正式写手)
引用回帖:
6楼: Originally posted by abdoman at 2014-07-30 08:50:55
你这个写错了哦，解析的顺序不对！
export LD_LIBRARY_PATH=安装路径/gcc4/lib：$LD_LIBRARY_PATH

先解析到你自己安装的。 PATH应该还好。 不放心的话，你gcc 编译时加-v 好像是显示版本号，看看就知道了。...

谢谢您的回复！
重新调整解析顺序，还是老样子。
如果重装gromacs，通过-DCMAKE_CXX_COMPILER和-DCMAKE_C_COMPILER指定gcc的版本是不是也可以？如果可以的话这样写对吗？
-DCMAKE_CXX_COMPILER=gcc安装路径/bin/g++
-DCMAKE_C_COMPILER=gcc安装路径/bin/gcc


另附gcc安装路径/bin/下的所有文件：
aot-compile    gcov           jcf-dump
c++            gij            jv-convert
cpp            gjar           rebuild-gcj-db
g++            gjarsigner     x86_64-unknown-linux-gnu-c++
gappletviewer  gjavah         x86_64-unknown-linux-gnu-g++
gc-analyze     gkeytool       x86_64-unknown-linux-gnu-gcc
gcc            gnative2ascii  x86_64-unknown-linux-gnu-gcc-4.8.3
gcc-ar         gorbd          x86_64-unknown-linux-gnu-gcc-ar
gcc-nm         grmic          x86_64-unknown-linux-gnu-gcc-nm
gcc-ranlib     grmid          x86_64-unknown-linux-gnu-gcc-ranlib
gcj            grmiregistry   x86_64-unknown-linux-gnu-gcj
gcj-dbtool     gserialver
gcjh           gtnameserv
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7楼2014-07-31 17:06:39
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abdoman

木虫 (著名写手)
引用回帖:
7楼: Originally posted by xiaowandouer at 2014-07-31 17:06:39
谢谢您的回复！
重新调整解析顺序，还是老样子。
如果重装gromacs，通过-DCMAKE_CXX_COMPILER和-DCMAKE_C_COMPILER指定gcc的版本是不是也可以？如果可以的话这样写对吗？
-DCMAKE_CXX_COMPILER=gcc安装路径/bin ...

制定路径可以。
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Youcompleteme.
8楼2014-08-03 15:11:51
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