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summit061800

新虫 (初入文坛)

[求助] 链霉菌鉴定 已有3人参与

用特异性引物pcr,鉴定链霉菌种类,菌落外观形态和菌丝形态完全不同的几个菌株,竟都可以扩增出特异性条带,这是为什么呀?ps:引物引自别人的文献,不是自己设计的

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liuboeo

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
建议测ITS,你那样做不是很可靠,你做的菌株和文献里一样么

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2楼2014-07-27 21:40:57
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summit061800

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by liuboeo at 2014-07-27 21:40:57
建议测ITS,你那样做不是很可靠,你做的菌株和文献里一样么

我是自己分离的菌株,引用文献中的几对引物逐一做pcr,鉴定菌株到底是哪个种。

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3楼2014-07-27 22:12:27
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liuboeo

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

引用回帖:
3楼: Originally posted by summit061800 at 2014-07-27 22:12:27
我是自己分离的菌株,引用文献中的几对引物逐一做pcr,鉴定菌株到底是哪个种。
...

你是想只通过pcr不测序来鉴定菌种么?

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4楼2014-07-27 22:31:42
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summit061800

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
4楼: Originally posted by liuboeo at 2014-07-27 22:31:42
你是想只通过pcr不测序来鉴定菌种么?
...

嗯,是的

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5楼2014-07-27 22:45:13
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liuboeo

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

引用回帖:
5楼: Originally posted by summit061800 at 2014-07-27 22:45:13
嗯,是的
...

这样做是不可靠的,首先简单通过形态并不能准确判断种属,你如果先假定它是某个种,然后再用相关文献里报道的特异性引物去pcr来确定种属,这个思路本身就是不严谨的,也是事倍功半的,相同种的不同株基因组dna都有差异,何况这些菌都是你筛选出来的,另外你这样做很容易受到别人实验结果的影响,他的特异性片段确定只在这个种里才有吗?不能确定的话这个方法就不能用的,鉴定真核微生物一般是测ITS序列,可以先用通用引物,这段序列比较保守,同种差异不大,序列测出后在ncbi里面blast,会有相似度由高到低的结果,想更确定判断可以做进化树

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6楼2014-07-27 22:59:13
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zhaozhibozhi

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
仅仅靠特异PCR引物是不可靠的。需要结合多方面的证据。

根据您的实验结果,您用的特异引物被证明可能不特异。
做一个阳光、开朗的小和尚
7楼2014-07-28 11:45:06
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499649610

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
一般 先确定是哪个属,然后选取看家基因构建进化树,判断亲缘关系会比较好,建议至少选择五个看家基因同时进行多位点序列分析。
8楼2014-07-28 17:06:22
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summit061800

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
6楼: Originally posted by liuboeo at 2014-07-27 22:59:13
这样做是不可靠的,首先简单通过形态并不能准确判断种属,你如果先假定它是某个种,然后再用相关文献里报道的特异性引物去pcr来确定种属,这个思路本身就是不严谨的,也是事倍功半的,相同种的不同株基因组dna都有 ...

谢谢:-)

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9楼2014-07-29 20:33:50
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summit061800

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
7楼: Originally posted by zhaozhibozhi at 2014-07-28 11:45:06
仅仅靠特异PCR引物是不可靠的。需要结合多方面的证据。

根据您的实验结果,您用的特异引物被证明可能不特异。

谢谢

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10楼2014-07-29 20:35:30
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