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[求助]
NAMD中NVT和NPT系综问题
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系统做完优化之后，开始跑分子动力学时整个系统（水箱+研究体系）突然缩小。关于类似的问题，有人说可以先跑NVT，然后再跑NPT。 不知道是否有人了解这类问题，跪求指点。 我是在NAMD中利用CHARMM立场做的计算。 输入的conf文件如下： ############################################################# ## JOB DESCRIPTION ## ############################################################# # Minimization and Equilibration of # the whole complex in a Water Box ############################################################# ## ADJUSTABLE PARAMETERS ## ############################################################# structure ionized.psf coordinates ionized.pdb set temperature 300 set outputname whole_out firsttimestep 0 ############################################################# ## SIMULATION PARAMETERS ## ############################################################# # Input paraTypeCharmm on parameters par_all27_prot_lipid_na.inp temperature $temperature # Force-Field Parameters exclude scaled1-4 1-4scaling 1.0 cutoff 14.0 switching on switchdist 10.0 pairlistdist 16.0 # Integrator Parameters timestep 2 ;# 2fs/step rigidBonds all ;# needed for 2fs steps nonbondedFreq 1 fullElectFrequency 2 stepspercycle 10 # Constant Temperature Control langevin on ;# do langevin dynamics langevinDamping 1 ;# damping coefficient (gamma) of 1/ps langevinTemp $temperature langevinHydrogen off ;# don't couple langevin bath to hydrogens # Periodic Boundary Conditions cellBasisVector1 152.1 0.0 0.0 cellBasisVector2 0.0 158.9 0.0 cellBasisVector3 0.0 0.0 152.6 cellOrigin -52.6 -16.9 -29.8 wrapAll on # PME (for full-system periodic electrostatics) PME yes PMEGridSpacing 1.0 #manual grid definition #PMEGridSizeX 45 #PMEGridSizeY 45 #PMEGridSizeZ 48 # Constant Pressure Control (variable volume) useGroupPressure yes ;# needed for rigidBonds useFlexibleCell yes useConstantArea no langevinPiston on langevinPistonTarget 1.01325 ;# in bar -> 1 atm langevinPistonPeriod 100.0 langevinPistonDecay 50.0 langevinPistonTemp $temperature # Output outputName $outputname restartfreq 500 ;# 500steps = every 1ps dcdfreq 250 xstFreq 250 outputEnergies 100 outputPressure 100 ############################################################# ## EXTRA PARAMETERS ## ############################################################# ############################################################# ## EXECUTION SCRIPT ## ############################################################# # Minimization minimize 20000 for { set TEMP 0 } { $TEMP < 300 } { incr TEMP 30 } { reinitvels $TEMP langevinTemp $TEMP run 5000 } reinitvels $temperature langevinTemp 300 langevinPistonTemp 300 run 1000000 ;# 2ns 对于NVT和NPT的conf文件的写法，也需要牛人指教，不胜感激！ |
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2楼2020-12-14 23:19:46