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Changhua1989

新虫 (初入文坛)

[求助] 表观遗传学实验——染色质免疫沉淀相关问题? 已有2人参与

本人之前是做微生物分子生态学的,最近由于工作需要,在学习表观遗传学,以前做学生没好好学分子生物学,现在看遗传这方面真是云里雾里的,
其中关于染色质免疫沉淀实验部分,一直搞不懂,它的研究目的是体内DNA与蛋白质相互作用,问几个问题:1. 这里的蛋白质,是不是就只是指组蛋白? 2. DNA从组蛋白分开来不是拿去测序了吗?这时组蛋白作什么用?怎么研究它们间的关系? 3. 实验中用抗原抗体的方法进行沉淀,这里的抗体是针对组蛋白设计的吗? 4. 组蛋白不是都一样吗?难道不同基因的组蛋白不同? 5. DNA拿去测序,也不能了解其甲基化情况吧?那测序到底什么用处?
问的问题很幼稚,还请学霸们耐心解答!非常感谢!
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ssssllllnnnn

至尊木虫 (知名作家)

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【答案】应助回帖

引用回帖:
12楼: Originally posted by totoro626 at 2015-01-11 20:21:41
“要对B基因的调控顺序进行分析预测,看上面有哪些可能的response elements,也就是可能的转录因子结合位点或反应元件”
这个是通过生物信息学的方法进行预测再实验验证吗,感觉promoter的预测网站比较杂,有什么 ...

有许多网站或软件可以做这方面的事,有些可能不再免费了。你可以看看这些:
For transcription factor binding site prediction you can use these tools:
TRANSFEC (http://www.gene-regulation.com)- from Biobase - Not freely available
JASPER ((http://jaspar.genereg.net) - Open Access
Information of many other online tools is available on following link-
http://molbiol-tools.ca/Transcriptional_factors.htm
13楼2015-01-12 10:30:07
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蜂鸟404

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
gyesang: 金币+2, 鼓励回帖交流! 2014-07-27 19:19:41
Changhua1989: 金币+1, 有帮助 2014-07-28 09:11:55
不止是组蛋白吧,组蛋白是否一样我不知道,但还有一种叫转录因子的蛋白也能和DNA相互作用从而直接或间接调控基因的表达,一般研究转录因子就要研究它调控的基因,和它具体和DNA哪一段序列结合,这是做免疫共沉淀后对DNA测序就有必要了

[ 发自小木虫客户端 ]
2楼2014-07-27 11:32:59
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Changhua1989

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 蜂鸟404 at 2014-07-27 11:32:59
不止是组蛋白吧,组蛋白是否一样我不知道,但还有一种叫转录因子的蛋白也能和DNA相互作用从而直接或间接调控基因的表达,一般研究转录因子就要研究它调控的基因,和它具体和DNA哪一段序列结合,这是做免疫共沉淀后对 ...

还是不太懂,怎么确定蛋白对应的DNA?根据氨基酸序列反推的DNA吗?
3楼2014-07-27 14:25:20
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蜂鸟404

铁杆木虫 (正式写手)

引用回帖:
3楼: Originally posted by Changhua1989 at 2014-07-27 14:25:20
还是不太懂,怎么确定蛋白对应的DNA?根据氨基酸序列反推的DNA吗?...

这是一个难点,你可以查一下,结合是靠空间结构域,所以不能看氨基酸序列

[ 发自小木虫客户端 ]
4楼2014-07-27 14:42:31
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