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justik

金虫 (小有名气)

[求助] 同源模建求助! 已有2人参与

小弟用easymodeller做蛋白同源模建,目的蛋白是一个酶,目前已经找到一个具有晶体结构的蛋白质模板,其活性中心和催化机理与目的蛋白一样,但是问题是,三级结构相似,但一级结构的相似度只有29%。用easymodeller对其建模,在同源比对时,活性中心的几个残基不能识别为同源,请问有办法解决这个问题吗?小弟初学,大神见笑了~
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earth

木虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by justik at 2014-07-26 21:35:43
谢谢,我试了下,没有我想要的模板,只有其它的一些蛋白,请问还有别的方法不,可以自己手动调节吗...

序列贴出来看看?
4楼2014-07-26 21:59:40
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earth

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
justik(月只蓝代发): 金币+2, 鼓励交流! 2014-07-30 16:45:51
把序列用递交到ncbi的blastp上,选择delta-blast((Domain Enhanced Lookup Time Accelerated BLAST)),递交序列是用fasta格式:
>test
acdefgh.......你的序列


选择pdb数据库。看看blastp的结果中催化中心的氨基酸是否在比对结果中匹配。如果匹配,可以将比对结果导入modeller进行模拟。
2楼2014-07-26 19:37:48
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justik

金虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by earth at 2014-07-26 19:37:48
把序列用递交到ncbi的blastp上,选择delta-blast((Domain Enhanced Lookup Time Accelerated BLAST)),递交序列是用fasta格式:
>test
acdefgh.......你的序列


选择pdb数据库。看看blastp的结果中催化中 ...

谢谢,我试了下,没有我想要的模板,只有其它的一些蛋白,请问还有别的方法不,可以自己手动调节吗
3楼2014-07-26 21:35:43
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polypro

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
justik(月只蓝代发): 金币+2, 鼓励交流! 2014-07-30 16:45:58
SID<30%, modeller可靠性很低,建议使用I_TASSER或Rosetta
泉涸,鱼相与处于陆,相呴以湿,相濡以沫,不如相忘于江湖。
5楼2014-07-28 12:57:39
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