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justik

金虫 (小有名气)

[求助] 同源模建求助！ 已有2人参与

小弟用easymodeller做蛋白同源模建，目的蛋白是一个酶，目前已经找到一个具有晶体结构的蛋白质模板，其活性中心和催化机理与目的蛋白一样，但是问题是，三级结构相似，但一级结构的相似度只有29%。用easymodeller对其建模，在同源比对时，活性中心的几个残基不能识别为同源，请问有办法解决这个问题吗？小弟初学，大神见笑了~
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1楼 2014-07-26 18:14:24
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earth

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
justik(月只蓝代发): 金币+2, 鼓励交流！ 2014-07-30 16:45:51
把序列用递交到ncbi的blastp上，选择delta-blast（(Domain Enhanced Lookup Time Accelerated BLAST)），递交序列是用fasta格式：
>test
acdefgh.......你的序列


选择pdb数据库。看看blastp的结果中催化中心的氨基酸是否在比对结果中匹配。如果匹配，可以将比对结果导入modeller进行模拟。
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2楼2014-07-26 19:37:48
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justik

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by earth at 2014-07-26 19:37:48
把序列用递交到ncbi的blastp上，选择delta-blast（(Domain Enhanced Lookup Time Accelerated BLAST)），递交序列是用fasta格式：
>test
acdefgh.......你的序列


选择pdb数据库。看看blastp的结果中催化中 ...

谢谢，我试了下，没有我想要的模板，只有其它的一些蛋白，请问还有别的方法不，可以自己手动调节吗
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3楼2014-07-26 21:35:43
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earth

木虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by justik at 2014-07-26 21:35:43
谢谢，我试了下，没有我想要的模板，只有其它的一些蛋白，请问还有别的方法不，可以自己手动调节吗...

序列贴出来看看？
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4楼2014-07-26 21:59:40
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polypro

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
justik(月只蓝代发): 金币+2, 鼓励交流！ 2014-07-30 16:45:58
SID<30%, modeller可靠性很低，建议使用I_TASSER或Rosetta
赞一下 回复此楼
泉涸,鱼相与处于陆,相呴以湿,相濡以沫,不如相忘于江湖。
5楼2014-07-28 12:57:39
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