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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » 盒子边界处的bond、angle等怎么设置
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ysshj

金虫 (小有名气)

[交流] 盒子边界处的bond、angle等怎么设置 已有3人参与

盒子边界处的bond、angle等怎么设置

举个例子，如图。

Bonds
1 1 1 2
2 1 2 3
3 1 3 4
4 1 4 5
5 1 5 6

周期性边界的话，1、6之间怎么设置？
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一个人要像一支队伍。
1楼 2014-07-22 20:34:24
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Ballendtoo

银虫 (初入文坛)
前来学习
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2楼2014-07-28 14:26:59
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ysshj

金虫 (小有名气)
人工置顶。
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一个人要像一支队伍。
3楼2014-08-05 09:04:52
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ysshj

金虫 (小有名气)
UP,UP.
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一个人要像一支队伍。
4楼2014-09-01 11:01:10
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匿名

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5楼2014-09-03 17:56:18
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ysshj

金虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by liuzhu0706 at 2014-09-03 17:56:18
1和6不成键 不用设置啊 即使1运动出左边界后从右边界进入 也是和2键接的
猜你应该是想设置不直接键接的两个原子间的相互作用力吧 一般是用LJ potential

多谢！我是设想一个原子链，1和6应该跨边界成键，不知道怎么设置了。
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6楼2014-09-03 18:39:35
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匿名

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7楼2014-09-03 19:11:05
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ysshj

金虫 (小有名气)
引用回帖:
7楼: Originally posted by liuzhu0706 at 2014-09-03 19:11:05
如果是你说这种环形分子而且跨边界成键 那岂不是没有周期性了...

一维的链，想象着是有周期性。不知道怎么设置。如果直接设1 6 成键（盒子内），就成环了，而且应该会报错。
1-2-3-4-5-6-1-2-3-4-5-6
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8楼2014-09-04 09:24:50
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匿名

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9楼2014-09-04 19:31:23
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ysshj

金虫 (小有名气)
引用回帖:
9楼: Originally posted by liuzhu0706 at 2014-09-04 19:31:23
这个周期性跟周期性边界条件的周期性感觉不是一回事儿...

基本单元的重复，应该是一回事吧。只是不知道lammps里怎么定义6和镜像1的成键。
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一个人要像一支队伍。
10楼2014-09-04 20:56:20
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