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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » 建模及优化
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760912642

银虫 (小有名气)

[求助] 建模及优化 已有2人参与

最近我在用MS进行建模及Forcite优化和动力学计算，在AC建模前是否先用Forcite将聚合物单链及高分子链进行结构优化，然后再建模，还是先建模在结构优化。因为我先建模再结构优化的时候出现了 问题，结束正常，但是有警告说是没有收敛。最近在AC建模前先对聚合物 进行了优化，但是，建模又出现了问题。请高手指教。谢谢各位了
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1楼 2014-07-21 10:20:58
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hanhan1020

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
760912642(月只蓝代发): 金币+2, 鼓励交流！ 2014-07-22 19:00:10
760912642: 金币+2 2014-08-20 16:52:55
先把两种聚合物分子 分别优化  ，然后添加到盒子中  再次优化模型
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没有读不下的书，只有不努力的自己。
2楼2014-07-21 17:03:09
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hanhan1020

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
760912642: 金币+1 2014-08-20 16:53:21
760912642: 金币+2 2014-08-21 16:35:30
引用回帖:
6楼: Originally posted by lidihui1992 at 2014-07-22 20:19:39
你好，楼主，我也是新手，在做环氧树脂建模方面的东西。根据文献上说的我是选择先分别优化2种反应物再添加到无定形盒子里优化 跑能量优化和动力学。你说的聚合物分子单链应该也要优化一下吧。希望咱们能多多交流，共 ...

871433128  可以交流一下  我也是做那方面的
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10楼2014-07-23 17:16:06
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hanhan1020

木虫 (正式写手)
引用回帖:
14楼: Originally posted by 760912642 at 2014-08-20 10:12:09
好像不行吧，我看好多文献都是用的F3C力场进行的水分子建模，而F3C力场是自己创建的，根据原始的文献进行的拟合参数创建的 新的立场。氢氧根这个要求没有很严格。...

你用的什么软件？MS里对水分子可以用ＣＯＭＰＡＳＳ描述啊
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16楼2014-08-20 15:59:25
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普通回帖

760912642

银虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by hanhan1020 at 2014-07-21 17:03:09
先把两种聚合物分子 分别优化  ，然后添加到盒子中  再次优化模型

在建模前的确进行了优化，然后在建模，但是在建模的时候说是由于动力学 温度的问题，导致建模出现问题。另外我在建模时，高分子与小分子都会在无定型盒子的外面，请问是否可以设置某些参数，使得所有聚合物 分子全部在无定型结构的 内部。谢谢 ！
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3楼2014-07-22 09:13:21
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hanhan1020

木虫 (正式写手)
★
760912642(月只蓝代发): 金币+1, 感谢指导！ 2014-07-22 19:00:22
引用回帖:
3楼: Originally posted by 760912642 at 2014-07-22 09:13:21
在建模前的确进行了优化，然后在建模，但是在建模的时候说是由于动力学 温度的问题，导致建模出现问题。另外我在建模时，高分子与小分子都会在无定型盒子的外面，请问是否可以设置某些参数，使得所有聚合物 分子全 ...

display-incell
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4楼2014-07-22 09:15:58
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760912642

银虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by hanhan1020 at 2014-07-22 09:15:58
display-incell...

您好！我建的是周期性的模型，我查阅了相关的文献，基本上 都是采用的Dridinng力场，Annealing进行的结构优化，从300到600K进行动力学 ，依次跑NPT 和NVT系综，得到高温下的一个构型，然后再在某一温度下进行动力学模拟，分析此温度下的 扩散系数等结果。也可以分析其他温度下的 性质及扩散系数。如果我只想分析常温下的一个扩散情况 ，我是否还需要采用annealing进行优化，直接采用GeomOpt是否可以呢？谢谢！
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5楼2014-07-22 16:46:42
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lidihui1992

金虫 (著名写手)

动漫爱好者

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
760912642: 金币+1 2014-08-20 16:53:43
你好，楼主，我也是新手，在做环氧树脂建模方面的东西。根据文献上说的我是选择先分别优化2种反应物再添加到无定形盒子里优化 跑能量优化和动力学。你说的聚合物分子单链应该也要优化一下吧。希望咱们能多多交流，共同进步。
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有些人，一辈子缩在一个角落里，连窗户都懒得开，更别说踏出门。你连世界都没有观过，哪来的世界观。突然感觉自己见识得远远不够，是时候出去走走，磨练磨练自己
6楼2014-07-22 20:19:39
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hanhan1020

木虫 (正式写手)
引用回帖:
5楼: Originally posted by 760912642 at 2014-07-22 16:46:42
您好！我建的是周期性的模型，我查阅了相关的文献，基本上 都是采用的Dridinng力场，Annealing进行的结构优化，从300到600K进行动力学 ，依次跑NPT 和NVT系综，得到高温下的一个构型，然后再在某一温度下进行动力学 ...

annealing 优化是经历高温的  而在高温下  模型中的 分子运动会剧烈 从而发生解缠绕现象再降温 会慢慢固化，重复优化会得到结构更加稳定的结构，由于你在建模时采用常温，因此分子链缠绕严重，分子运动受到限制，特别是一些官能团不会发生吸引而靠近，所以 只用Geomopt 优化会存在这个问题，但是有的体系 不会存在影响 你可以对比看一看。
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760912642
没有读不下的书，只有不努力的自己。
7楼2014-07-22 22:10:20
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760912642

银虫 (小有名气)
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6楼: Originally posted by lidihui1992 at 2014-07-22 20:19:39
你好，楼主，我也是新手，在做环氧树脂建模方面的东西。根据文献上说的我是选择先分别优化2种反应物再添加到无定形盒子里优化 跑能量优化和动力学。你说的聚合物分子单链应该也要优化一下吧。希望咱们能多多交流，共 ...

对，单链先优化一下在建模，然后在对无定型结构优化，在添加小分子，再优化比较好，会比较快收敛
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8楼2014-07-23 12:13:37
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760912642

银虫 (小有名气)
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引用回帖:
7楼: Originally posted by hanhan1020 at 2014-07-22 22:10:20
annealing 优化是经历高温的  而在高温下  模型中的 分子运动会剧烈 从而发生解缠绕现象再降温 会慢慢固化，重复优化会得到结构更加稳定的结构，由于你在建模时采用常温，因此分子链缠绕严重，分子运动受到限制，特 ...

谢谢！
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9楼2014-07-23 12:14:22
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