应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » 建模及优化
261/3返回列表123下一页
查看: 2227  |  回复: 25
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

760912642

银虫 (小有名气)

[求助] 建模及优化 已有2人参与

最近我在用MS进行建模及Forcite优化和动力学计算，在AC建模前是否先用Forcite将聚合物单链及高分子链进行结构优化，然后再建模，还是先建模在结构优化。因为我先建模再结构优化的时候出现了 问题，结束正常，但是有警告说是没有收敛。最近在AC建模前先对聚合物 进行了优化，但是，建模又出现了问题。请高手指教。谢谢各位了
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

xuexijisuan

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
1楼 2014-07-21 10:20:58
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

hanhan1020

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
760912642(月只蓝代发): 金币+2, 鼓励交流！ 2014-07-22 19:00:10
760912642: 金币+2 2014-08-20 16:52:55
先把两种聚合物分子 分别优化  ，然后添加到盒子中  再次优化模型
赞一下(1人) 回复此楼
没有读不下的书，只有不努力的自己。
2楼2014-07-21 17:03:09
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hanhan1020

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
760912642: 金币+1 2014-08-20 16:53:21
760912642: 金币+2 2014-08-21 16:35:30
引用回帖:
6楼: Originally posted by lidihui1992 at 2014-07-22 20:19:39
你好，楼主，我也是新手，在做环氧树脂建模方面的东西。根据文献上说的我是选择先分别优化2种反应物再添加到无定形盒子里优化 跑能量优化和动力学。你说的聚合物分子单链应该也要优化一下吧。希望咱们能多多交流，共 ...

871433128  可以交流一下  我也是做那方面的
赞一下(1人) 回复此楼
没有读不下的书，只有不努力的自己。
10楼2014-07-23 17:16:06
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hanhan1020

木虫 (正式写手)
引用回帖:
14楼: Originally posted by 760912642 at 2014-08-20 10:12:09
好像不行吧，我看好多文献都是用的F3C力场进行的水分子建模，而F3C力场是自己创建的，根据原始的文献进行的拟合参数创建的 新的立场。氢氧根这个要求没有很严格。...

你用的什么软件？MS里对水分子可以用ＣＯＭＰＡＳＳ描述啊
赞一下(1人) 回复此楼
没有读不下的书，只有不努力的自己。
16楼2014-08-20 15:59:25
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通回帖

760912642

银虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by hanhan1020 at 2014-07-21 17:03:09
先把两种聚合物分子 分别优化  ，然后添加到盒子中  再次优化模型

在建模前的确进行了优化，然后在建模，但是在建模的时候说是由于动力学 温度的问题，导致建模出现问题。另外我在建模时，高分子与小分子都会在无定型盒子的外面，请问是否可以设置某些参数，使得所有聚合物 分子全部在无定型结构的 内部。谢谢 ！
赞一下 回复此楼
3楼2014-07-22 09:13:21
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hanhan1020

木虫 (正式写手)
★
760912642(月只蓝代发): 金币+1, 感谢指导！ 2014-07-22 19:00:22
引用回帖:
3楼: Originally posted by 760912642 at 2014-07-22 09:13:21
在建模前的确进行了优化，然后在建模，但是在建模的时候说是由于动力学 温度的问题，导致建模出现问题。另外我在建模时，高分子与小分子都会在无定型盒子的外面，请问是否可以设置某些参数，使得所有聚合物 分子全 ...

display-incell
回复此楼
没有读不下的书，只有不努力的自己。
4楼2014-07-22 09:15:58
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

760912642

银虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by hanhan1020 at 2014-07-22 09:15:58
display-incell...

您好！我建的是周期性的模型，我查阅了相关的文献，基本上 都是采用的Dridinng力场，Annealing进行的结构优化，从300到600K进行动力学 ，依次跑NPT 和NVT系综，得到高温下的一个构型，然后再在某一温度下进行动力学模拟，分析此温度下的 扩散系数等结果。也可以分析其他温度下的 性质及扩散系数。如果我只想分析常温下的一个扩散情况 ，我是否还需要采用annealing进行优化，直接采用GeomOpt是否可以呢？谢谢！
赞一下 回复此楼
5楼2014-07-22 16:46:42
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lidihui1992

金虫 (著名写手)

动漫爱好者

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
760912642: 金币+1 2014-08-20 16:53:43
你好，楼主，我也是新手，在做环氧树脂建模方面的东西。根据文献上说的我是选择先分别优化2种反应物再添加到无定形盒子里优化 跑能量优化和动力学。你说的聚合物分子单链应该也要优化一下吧。希望咱们能多多交流，共同进步。
赞一下 回复此楼
有些人，一辈子缩在一个角落里，连窗户都懒得开，更别说踏出门。你连世界都没有观过，哪来的世界观。突然感觉自己见识得远远不够，是时候出去走走，磨练磨练自己
6楼2014-07-22 20:19:39
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hanhan1020

木虫 (正式写手)
引用回帖:
5楼: Originally posted by 760912642 at 2014-07-22 16:46:42
您好！我建的是周期性的模型，我查阅了相关的文献，基本上 都是采用的Dridinng力场，Annealing进行的结构优化，从300到600K进行动力学 ，依次跑NPT 和NVT系综，得到高温下的一个构型，然后再在某一温度下进行动力学 ...

annealing 优化是经历高温的  而在高温下  模型中的 分子运动会剧烈 从而发生解缠绕现象再降温 会慢慢固化，重复优化会得到结构更加稳定的结构，由于你在建模时采用常温，因此分子链缠绕严重，分子运动受到限制，特别是一些官能团不会发生吸引而靠近，所以 只用Geomopt 优化会存在这个问题，但是有的体系 不会存在影响 你可以对比看一看。
赞一下 回复此楼

» 本帖已获得的红花（最新10朵）

760912642
没有读不下的书，只有不努力的自己。
7楼2014-07-22 22:10:20
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

760912642

银虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by lidihui1992 at 2014-07-22 20:19:39
你好，楼主，我也是新手，在做环氧树脂建模方面的东西。根据文献上说的我是选择先分别优化2种反应物再添加到无定形盒子里优化 跑能量优化和动力学。你说的聚合物分子单链应该也要优化一下吧。希望咱们能多多交流，共 ...

对，单链先优化一下在建模，然后在对无定型结构优化，在添加小分子，再优化比较好，会比较快收敛
赞一下 回复此楼
8楼2014-07-23 12:13:37
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

760912642

银虫 (小有名气)
送红花一朵
引用回帖:
7楼: Originally posted by hanhan1020 at 2014-07-22 22:10:20
annealing 优化是经历高温的  而在高温下  模型中的 分子运动会剧烈 从而发生解缠绕现象再降温 会慢慢固化，重复优化会得到结构更加稳定的结构，由于你在建模时采用常温，因此分子链缠绕严重，分子运动受到限制，特 ...

谢谢！
回复此楼
9楼2014-07-23 12:14:22
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 760912642 的主题更新
261/3返回列表123下一页
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[公派出国] 售SCI文章，我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 qTvzQBRAHjCi 2026-08-07 4/200 2026-08-08 17:27 by oEVWOejN9taj
[考博] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急 +3 Vi50GxzrFcSG 2026-08-07 4/200 2026-08-08 16:27 by oEVWOejN9taj
[基金申请] 售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 Vi50GxzrFcSG 2026-08-07 4/200 2026-08-08 16:19 by oEVWOejN9taj
[博后之家] 售SCI一区文章，我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +3 Vi50GxzrFcSG 2026-08-07 4/200 2026-08-08 16:02 by oEVWOejN9taj
[基金申请] fileCode有新解读？ +9 Tide man 2026-08-08 17/850 2026-08-08 14:56 by archvillain
[基金申请] 这样的filecode谁见过 +5 布布和一二 2026-08-08 8/400 2026-08-08 14:54 by archvillain
[基金申请] 售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +3 HEQlVqMTIA7d 2026-08-07 4/200 2026-08-08 14:27 by oEVWOejN9taj
[硕博家园] 售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 Vi50GxzrFcSG 2026-08-07 6/300 2026-08-08 10:19 by 3OOjAIS77qg2
[基金申请] 基金中了 +14 laoda193707 2026-08-06 14/700 2026-08-08 00:23 by 实验小白ha
[基金申请] 关于filecode +4 布布和一二 2026-08-07 7/350 2026-08-07 22:55 by zhanghaozhu
[基金申请] 娱乐 +6 Tide man 2026-08-03 6/300 2026-08-07 22:40 by 铁帽子农民
[基金申请] 化学口download_prp&fileCode的固定段好像这几天一直没变，有变的大神么？ +3 Tide man 2026-08-07 4/200 2026-08-07 22:39 by Tide man
[基金申请] filecode与中标关系的预测 +3 布布和一二 2026-08-07 3/150 2026-08-07 15:09 by gltch
[基金申请] filecode变化情况 +6 布布和一二 2026-08-07 22/1100 2026-08-07 14:45 by 且听虎啸
[基金申请] filecode +14 等待解的谜 2026-08-06 19/950 2026-08-07 12:20 by wlwhappy
[基金申请] filecode +8 布布和一二 2026-08-06 11/550 2026-08-06 20:41 by tangpu318
[基金申请] 求各位大神看下 100+6 hpkpkpkp 2026-08-05 33/1650 2026-08-06 14:49 by zhiyanjiang
[基金申请] 影响面上的因素 +8 布布和一二 2026-08-05 11/550 2026-08-06 10:41 by 宝贝虫子
[基金申请] 8月时间戳变的，举个手。玩一下，释放压力 +9 archvillain 2026-08-04 11/550 2026-08-05 20:06 by wlwhappy
[基金申请] 纯娱乐，不喜欢勿喷 +7 Tide man 2026-08-04 10/500 2026-08-04 15:10 by loufangrui
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭