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urbest

金虫 (正式写手)

[求助] CHIP超声遇到了怪现象 已有3人参与

最近做CHIP实验,结果卡在了超声这一步,
细胞类型是癌细胞,试剂盒用的是milipore的,细胞福尔马林固定十分钟,裂解,开始超声:
超声条件:30%最大功率,工作功率在10w左右,超声15秒,停45秒,反复……
我试过超声10次,20次,40次,
然后取5ul 超声产物(或未超声的细胞裂解液)+45ul CHIP dilute buffer,加RNA酶A,37度半小时,加蛋白酶K,62度2小时,
然后取20ul,电泳
结果如图所示
不管我超声10次 20次 还是40次,结果都是如此

请高手指导,我该怎么办?
CHIP超声遇到了怪现象
Sonication_20140708.jpg
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zxlulurain

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
urbest(kx444555代发): 金币+4, 鼓励交流 2014-07-17 19:55:50
urbest: 金币+5, ★★★很有帮助 2014-07-18 12:47:27
我用的也是millipore,你用的哪个型号,我超声是VCX的,也可能是你功率不够大,你可以这样试试功率,拿一个样本出来,超30%,35%,40%,45%,50%,每超完5-10s观察有无泡沫产生,没有可以继续增加功率,直到产生泡沫前那个功率,然后定了功率后就是摸超声循环,5次,10次,15次逐次递增,每次超完后取2-5ul出来待跑电泳,我跑电泳没有加那个chip dulition
3楼2014-07-17 16:39:10
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gogo--going

新虫 (初入文坛)

我也用millipore,对于你1k的那坨,我觉得是loading buffer的染料带,我也遇到过。检测超声结果的时候可以不加45ul的CDB。
8楼2014-07-22 11:50:32
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普通回帖

jurkat.1640

至尊木虫 (文坛精英)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
kx444555: 金币+2, 鼓励交流 2014-07-17 19:55:44
未超声样品出现1 kb的带显然不是基因组DNA,可能是你没提取出基因组DNA。
2楼2014-07-17 16:24:34
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urbest

金虫 (正式写手)

引用回帖:
3楼: Originally posted by zxlulurain at 2014-07-17 16:39:10
我用的也是millipore,你用的哪个型号,我超声是VCX的,也可能是你功率不够大,你可以这样试试功率,拿一个样本出来,超30%,35%,40%,45%,50%,每超完5-10s观察有无泡沫产生,没有可以继续增加功率,直到产生泡沫 ...

谢谢你的回复
请问你跑电泳之前加RNA酶和蛋白酶K处理超声产物吗?
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4楼2014-07-18 01:58:30
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urbest

金虫 (正式写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by jurkat.1640 at 2014-07-17 16:24:34
未超声样品出现1 kb的带显然不是基因组DNA,可能是你没提取出基因组DNA。

10000bp上面的是不是基因组DNA?
1000bp左右的弥散物,又是什么东西?
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5楼2014-07-18 01:59:43
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jurkat.1640

至尊木虫 (文坛精英)

引用回帖:
5楼: Originally posted by urbest at 2014-07-18 01:59:43
10000bp上面的是不是基因组DNA?
1000bp左右的弥散物,又是什么东西?...

10 kb以上的应该是基因组DNA,1 kb的不知道是什么,没见过
6楼2014-07-18 09:00:23
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urbest

金虫 (正式写手)

继续求助啊
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7楼2014-07-21 12:10:19
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urbest

金虫 (正式写手)

引用回帖:
8楼: Originally posted by gogo--going at 2014-07-22 11:50:32
我也用millipore,对于你1k的那坨,我觉得是loading buffer的染料带,我也遇到过。检测超声结果的时候可以不加45ul的CDB。

非常感谢你的回复

请问你的超声条件是什么,超的什么细胞?
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9楼2014-07-23 12:02:49
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yjf19910304

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

楼主最后怎么解决的,我也遇到你这样的问题,超声之前的药品什么的都是重新配的,条件也调了一下,但是还是不行,求指教!
10楼2015-03-04 14:28:24
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