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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » EMSA/ChIP » CHIP超声遇到了怪现象
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urbest

金虫 (正式写手)

[求助] CHIP超声遇到了怪现象 已有3人参与

最近做CHIP实验，结果卡在了超声这一步，
细胞类型是癌细胞，试剂盒用的是milipore的，细胞福尔马林固定十分钟，裂解，开始超声：
超声条件：30%最大功率，工作功率在10w左右，超声15秒，停45秒，反复……
我试过超声10次，20次，40次，
然后取5ul 超声产物（或未超声的细胞裂解液）+45ul CHIP dilute buffer，加RNA酶A，37度半小时，加蛋白酶K，62度2小时，
然后取20ul，电泳
结果如图所示
不管我超声10次 20次 还是40次，结果都是如此

请高手指导，我该怎么办？
CHIP超声遇到了怪现象
Sonication_20140708.jpg
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1楼 2014-07-17 12:43:31
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

zxlulurain

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
urbest(kx444555代发): 金币+4, 鼓励交流 2014-07-17 19:55:50
urbest: 金币+5, ★★★很有帮助 2014-07-18 12:47:27
我用的也是millipore，你用的哪个型号，我超声是VCX的，也可能是你功率不够大，你可以这样试试功率，拿一个样本出来，超30%，35%，40%，45%，50%，每超完5-10s观察有无泡沫产生，没有可以继续增加功率，直到产生泡沫前那个功率，然后定了功率后就是摸超声循环，5次，10次，15次逐次递增，每次超完后取2-5ul出来待跑电泳，我跑电泳没有加那个chip dulition
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3楼2014-07-17 16:39:10
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gogo--going

新虫 (初入文坛)
我也用millipore，对于你1k的那坨，我觉得是loading buffer的染料带，我也遇到过。检测超声结果的时候可以不加45ul的CDB。
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8楼2014-07-22 11:50:32
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jurkat.1640

至尊木虫 (文坛精英)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
kx444555: 金币+2, 鼓励交流 2014-07-17 19:55:44
未超声样品出现1 kb的带显然不是基因组DNA，可能是你没提取出基因组DNA。
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2楼2014-07-17 16:24:34
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urbest

金虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by zxlulurain at 2014-07-17 16:39:10
我用的也是millipore，你用的哪个型号，我超声是VCX的，也可能是你功率不够大，你可以这样试试功率，拿一个样本出来，超30%，35%，40%，45%，50%，每超完5-10s观察有无泡沫产生，没有可以继续增加功率，直到产生泡沫 ...

谢谢你的回复
请问你跑电泳之前加RNA酶和蛋白酶K处理超声产物吗？
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4楼2014-07-18 01:58:30
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urbest

金虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by jurkat.1640 at 2014-07-17 16:24:34
未超声样品出现1 kb的带显然不是基因组DNA，可能是你没提取出基因组DNA。

10000bp上面的是不是基因组DNA？
1000bp左右的弥散物，又是什么东西？
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5楼2014-07-18 01:59:43
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jurkat.1640

至尊木虫 (文坛精英)
引用回帖:
5楼: Originally posted by urbest at 2014-07-18 01:59:43
10000bp上面的是不是基因组DNA？
1000bp左右的弥散物，又是什么东西？...

10 kb以上的应该是基因组DNA，1 kb的不知道是什么，没见过
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6楼2014-07-18 09:00:23
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urbest

金虫 (正式写手)
继续求助啊
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7楼2014-07-21 12:10:19
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urbest

金虫 (正式写手)
引用回帖:
8楼: Originally posted by gogo--going at 2014-07-22 11:50:32
我也用millipore，对于你1k的那坨，我觉得是loading buffer的染料带，我也遇到过。检测超声结果的时候可以不加45ul的CDB。

非常感谢你的回复

请问你的超声条件是什么，超的什么细胞？
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9楼2014-07-23 12:02:49
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yjf19910304

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

楼主最后怎么解决的，我也遇到你这样的问题，超声之前的药品什么的都是重新配的，条件也调了一下，但是还是不行，求指教！
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10楼2015-03-04 14:28:24
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