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董庄青年

新虫 (初入文坛)

[求助] PCR目的条带太弱 并无非特异性条带 怎样改进可以使目的产物的量加大 已有7人参与

最近做PCR很郁闷  如图: 目的条带(上面  浅浅的)太弱     引物二聚体(下面)很亮  
PCR条件优化时要么带很浅  要么没有带   最后优化成下图所示  带一直很浅  求解   先谢谢各位!!!
引物是生工刚合成的    模板是新提的   带都很亮   
PCR体系(25ul):10×buffer: 2.5ul     dNTP-MIX(10mM): 0.5ul     引物(10um):各1.5ul        模板(4kb): 1ul(150ng左右)   Tap DNA Polymerase(5U/ul):  0.5 ul   水:17.5ul
PCR程序:94℃  5min; 94℃  1min; 58℃ 1min;72℃ 6min;72℃  10min;共20个循环::cat39

PCR目的条带太弱 并无非特异性条带  怎样改进可以使目的产物的量加大
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luwei13566

木虫 (正式写手)

★ ★ ★
西门吹雪170: 金币+3, 鼓励回帖交流 2014-07-17 12:20:30
引用回帖:
24楼: Originally posted by 董庄青年 at 2014-07-17 09:37:34
3.你的这个PCR后期转化真正需要的并不是上面那条带,而是带缺刻的环状DNA,上面那条带属于线性指数扩增的二联体引物条带,越多越不利于你后期转化后的筛选。
谢谢你的回帖
可以有一点不太懂PCR产物不都是线性的 ...

这种PCR最终产物主要有3种,
一种是以原始质粒模板的母环为基础,上下游引物分别在变性后的两条质粒单链上退火后延伸得到的一条链并没有封闭的两种缺刻环状DNA,这个数量由原始模板决定,不是指数扩增的。转化后可在宿主体内补齐
另一种产物是以上两种缺刻环状DNA再次变性后游离出的两条线性DNA之间退火,形成一条两端有你上下游引物的线性DNA,在taq酶作用下会把两边的引物补齐成双链,这个产物属于线性DNA双链,一旦形成可以进行指数扩增,循环数越多量越大,这种线性的DNA转化入宿主后有极低的概率自身环化形成多了一段你的引物序列的二联体质粒,但是由于这种指数扩增的产物本身量大,因此后期筛选转化子的时候挑到这种情况的概率不低,我的测序结果很多都是这种类型的质粒
第三种是两条线性DNA只在引物处退火,容易形成更长的线性片段,甚至是高聚物,不过这种产物理论上存在,实际不影响实验
大家相互帮助哈
25楼2014-07-17 10:39:58
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zhangyunjing

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
董庄青年: 金币+1 2014-07-16 12:08:46
gyesang: 金币+2, 应助指数+1, 鼓励回帖交流! 2014-07-16 13:03:16
引物设计的不好,大部分引物都形成引物二聚体了,扩增效率肯定低,不放把引物序列传上,帮你分析一下引物的质量如何。
另外,扩增的目的条带是多大?延伸时间设置6 min,循环数20 cycles,感觉延伸时间太长,循环数偏少,可以设置到30-35 cycles。
如果你进行长片段扩增的话,有专门的长片段试剂盒,扩增效率很高的。
rainwater
2楼2014-07-16 11:35:14
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董庄青年

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by zhangyunjing at 2014-07-16 11:35:14
引物设计的不好,大部分引物都形成引物二聚体了,扩增效率肯定低,不放把引物序列传上,帮你分析一下引物的质量如何。
另外,扩增的目的条带是多大?延伸时间设置6 min,循环数20 cycles,感觉延伸时间太长,循环数 ...

哦  我的引物是同源引物   形成二聚体是正常的  而且我的目的条带是4kd就是整个质粒的长度   以前能p出来  最近就是不行
3楼2014-07-16 12:22:21
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董庄青年

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by zhangyunjing at 2014-07-16 11:35:14
引物设计的不好,大部分引物都形成引物二聚体了,扩增效率肯定低,不放把引物序列传上,帮你分析一下引物的质量如何。
另外,扩增的目的条带是多大?延伸时间设置6 min,循环数20 cycles,感觉延伸时间太长,循环数 ...

引物1:5’-GGAGTTGATGGTGCAGGAAATGAATTG-3’
引物2:5’-CAATTCATTTCCTGCACCATCAACTCC-3’
4楼2014-07-16 14:14:47
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