应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Vasp&MedeA » 计算Ni2Si体性质的时候出现如下问题，The distance between some ions is very small
91/1返回列表
查看: 2377  |  回复: 8
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

lsllx

铁虫 (小有名气)

[求助] 计算Ni2Si体性质的时候出现如下问题，The distance between some ions is very small 已有3人参与

Ni2Si的晶格常数是7.066   5.009   3.732；正交结构
You have a (more or less) 'large supercell' and for larger cells       |
|      it might be more efficient to use real space projection operators      |
|      So try LREAL= Auto  in the INCAR   file.                               |
|      Mind: If you want to do an extremely accurate calculations keep the    |
|      reciprocal projection scheme          (i.e. LREAL=.FALSE.)             |
|                                                                             |
-----------------------------------------------------------------------------

LDA part: xc-table for Ceperly-Alder, standard interpolation

-----------------------------------------------------------------------------
|                                                                             |
|           W    W    AA    RRRRR   N    N  II  N    N   GGGG   !!!           |
|           W    W   A  A   R    R  NN   N  II  NN   N  G    G  !!!           |
|           W    W  A    A  R    R  N N  N  II  N N  N  G       !!!           |
|           W WW W  AAAAAA  RRRRR   N  N N  II  N  N N  G  GGG   !            |
|           WW  WW  A    A  R   R   N   NN  II  N   NN  G    G                |
|           W    W  A    A  R    R  N    N  II  N    N   GGGG   !!!           |
|                                                                             |
|      The distance between some ions is very small                           |
|      please check the nearest neigbor list in the OUTCAR file               |
|          I HOPE YOU KNOW, WHAT YOU ARE  DOING                     


这是在尝试encut的时候出现的，然后就是出不来体系的能量值。求助啊
我采用的赝势是把Si的赝势直接粘贴到Ni的赝势的end of data后面
Kpoint文件是：
AUTO GRID
0
M
5 7 11
0 0 0

POSCAR文件是：
Ni2Si
3.732000000000000           
1.893000000000000       0.000000000000000       0.000000000000000
0.000000000000000       1.342000000000000       0.000000000000000
0.000000000000000       0.000000000000000       1.000000000000000      
16 8
Direct
  0.0630000000000000   0.3250000000000001   0.2500000000000000
  0.2030000000000000   0.0420000000000000   0.7500000000000001
-0.0630000000000000  -0.3250000000000001   0.2500000000000000
-0.2030000000000000  -0.0420000000000000   0.7500000000000001
-0.0630000000000000   0.3250000000000001  -0.2500000000000000
-0.2030000000000000   0.0420000000000000  -0.7500000000000001
  0.0630000000000000  -0.3250000000000001  -0.2500000000000000
  0.2030000000000000  -0.0420000000000000  -0.7500000000000001
-0.0630000000000000  -0.3250000000000001  -0.2500000000000000
-0.2030000000000000  -0.0420000000000000  -0.7500000000000001
  0.0630000000000000   0.3250000000000001  -0.2500000000000000
  0.2030000000000000   0.0420000000000000  -0.7500000000000001
  0.0630000000000000  -0.3250000000000001   0.2500000000000000
  0.2030000000000000  -0.0420000000000000   0.7500000000000001
-0.0630000000000000   0.3250000000000001   0.2500000000000000
-0.2030000000000000   0.0420000000000000   0.7500000000000001
  0.3860000000000000   0.2630000000000000   0.2500000000000000
-0.3860000000000000  -0.2630000000000000   0.2500000000000000
-0.3860000000000000   0.2630000000000000  -0.2500000000000000
  0.3860000000000000  -0.2630000000000000  -0.2500000000000000
-0.3860000000000000  -0.2630000000000000  -0.2500000000000000
  0.3860000000000000   0.2630000000000000  -0.2500000000000000
  0.3860000000000000  -0.2630000000000000   0.2500000000000000
-0.3860000000000000   0.2630000000000000   0.2500000000000000

INCAR文件是：
SYSTEM =  ni2si BULK

LWAVE=.FALSE.
LCHARG=.FALSE.

ISTART=0
ICHARG=2
ALGO=38
PREC=ACCURATE

LPLANE = .TRUE.
NPAR   = 16
LSCALU = .FALSE.
NSIM   = 4
ISIF=4
NSW=50
IBRION=2

#ISPIN=2

ENCUT=$i（从300尝试到700）
ISMEAR=-5
SIGMA=0.2

求大牛帮我看看有啥问题，我自己也在查书看看怎么解决，是不是这个晶体本身不能算？
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2014-07-16 09:42:14
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

guobinwang

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
lsllx: 金币+4, ★★★很有帮助 2014-07-18 10:17:43
你把POSCAR导出来，用看图软件看一下图，应该是有两个（或多个）原子重叠了。如果原子数不是特别多的话你可以把每个原子标号后一个一个找出来看看。应该就是上边所说的原因。但愿能办到你。
赞一下(1人) 回复此楼
空中雄鹰，陆地猛虎，水中蛟龙
2楼2014-07-16 20:26:05
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

KalaShayminS

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
lsllx: 金币+4, ★★★很有帮助 2014-07-18 10:17:55
POSCAR错误。有很多原子的第二排坐标是(1/3两列一样）
-0.0420000000000000
+0.0420000000000000

这明显距离太近了。
赞一下(1人) 回复此楼
3楼2014-07-16 23:39:14
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

倔强的坚果墙

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
lsllx: 金币+2 2014-07-18 10:18:07
你POSCAR写错了，原因就在于你应该是构造的超胞（OUTCAR中有提到supercell），然而你的晶格基矢还是单胞的基矢（Ni2Si的晶格常数是7.066   5.009   3.732），只需要把这个基矢乘以你扩展的超胞就行了
赞一下(1人) 回复此楼
像小强一样活着
4楼2014-07-17 10:59:16
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lsllx

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by guobinwang at 2014-07-16 20:26:05
你把POSCAR导出来，用看图软件看一下图，应该是有两个（或多个）原子重叠了。如果原子数不是特别多的话你可以把每个原子标号后一个一个找出来看看。应该就是上边所说的原因。但愿能办到你。

先谢谢了，我是用ISCD导出的晶体如图所示



但是我不知道怎么修改，还想再请教一下
计算Ni2Si体性质的时候出现如下问题，The distance between some ions is very small
无标题.png
赞一下 回复此楼
5楼2014-07-18 10:13:33
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lsllx

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 倔强的坚果墙 at 2014-07-17 10:59:16
你POSCAR写错了，原因就在于你应该是构造的超胞（OUTCAR中有提到supercell），然而你的晶格基矢还是单胞的基矢（Ni2Si的晶格常数是7.066   5.009   3.732），只需要把这个基矢乘以你扩展的超胞就行了

谢啦，我还是自己从文献找原子坐标然后搞起吧
赞一下 回复此楼
6楼2014-07-18 10:16:04
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lsllx

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 倔强的坚果墙 at 2014-07-17 10:59:16
你POSCAR写错了，原因就在于你应该是构造的超胞（OUTCAR中有提到supercell），然而你的晶格基矢还是单胞的基矢（Ni2Si的晶格常数是7.066   5.009   3.732），只需要把这个基矢乘以你扩展的超胞就行了

谢啦，我还是自己从文献找原子坐标然后搞起吧
赞一下 回复此楼
7楼2014-07-18 10:16:23
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lsllx

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 倔强的坚果墙 at 2014-07-17 10:59:16
你POSCAR写错了，原因就在于你应该是构造的超胞（OUTCAR中有提到supercell），然而你的晶格基矢还是单胞的基矢（Ni2Si的晶格常数是7.066   5.009   3.732），只需要把这个基矢乘以你扩展的超胞就行了

抱歉只设置了10个金币
赞一下 回复此楼
8楼2014-07-18 10:18:23
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lsllx

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 倔强的坚果墙 at 2014-07-17 10:59:16
你POSCAR写错了，原因就在于你应该是构造的超胞（OUTCAR中有提到supercell），然而你的晶格基矢还是单胞的基矢（Ni2Si的晶格常数是7.066   5.009   3.732），只需要把这个基矢乘以你扩展的超胞就行了

谢啦，以后希望多请教你，感觉应该自己构建算了
赞一下 回复此楼
9楼2014-07-18 10:19:20
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 lsllx 的主题更新
91/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 2026国自然函评费到账 +17 羊腰板 2026-08-21 18/900 2026-08-24 12:03 by iaeyuan
[基金申请] 朋友圈看到的 +7 wangzilk 2026-08-18 9/450 2026-08-24 10:50 by cmrandy
[基金申请] 让我中一个面上吧！ +13 大萍1987 2026-08-20 16/800 2026-08-24 10:23 by 太傻了
[基金申请] 明天应该可查了！？ +4 chengyan1220 2026-08-23 4/200 2026-08-24 08:47 by gloomy6159
[教师之家] 跳槽后在研项目怎么办？ +5 简单化xn 2026-08-22 10/500 2026-08-23 12:38 by 简单化xn
[基金申请] 93BebMhtakh前后11位开头都是大写 +7 且听虎啸 2026-08-17 8/400 2026-08-22 21:55 by 医学老男孩
[基金申请] filecode，4个jtjc了 +13 ziyangfang 2026-08-19 16/800 2026-08-22 17:08 by WH3796
[基金申请] 今天基金会出结果吗？20260819 +16 kkkl_v 2026-08-19 17/850 2026-08-22 16:12 by 阿布Abu
[基金申请] 时间戳今天，20号变了 +5 archvillain 2026-08-20 5/250 2026-08-22 06:12 by hui_daxiao
[基金申请] 今日不放榜？网传国自然预计 8 月 27 日可查结果 +16 医学老男孩 2026-08-20 20/1000 2026-08-21 21:13 by Ldrop2023
[基金申请] 看来今天不会放榜了？ +8 chengyan1220 2026-08-21 11/550 2026-08-21 17:52 by dcqxinyang
[基金申请] 时间戳又变了 +13 wuchongjun 2026-08-20 19/950 2026-08-21 17:21 by 紫杉醇
[基金申请] 我面上完蛋了 +7 且听虎啸 2026-08-20 8/400 2026-08-21 12:31 by 酷酷墨镜
[基金申请] 应该是下周三26日公布了吧？ +4 哈哈蛤？ 2026-08-21 4/200 2026-08-21 10:58 by Vivilian
[论文投稿] 投稿咨询 +5 wwm09 2026-08-17 7/350 2026-08-21 10:11 by 期刊论文帮手
[基金申请] 今天放榜没戏了吧 +9 yuleib84 2026-08-19 11/550 2026-08-21 10:06 by gltch
[基金申请] 基金啊基金 +4 longfie172 2026-08-20 4/200 2026-08-21 08:58 by mark mao
[基金申请] 估计是周四 +3 archvillain 2026-08-18 3/150 2026-08-21 01:48 by jnhyjjm
[基金申请] 明天放榜？ +5 Shxjjxjkx 2026-08-18 5/250 2026-08-18 18:14 by -大大大大大-
[基金申请] 今天维护系统维护 祝所有人 高中 +8 gjjjzhong 2026-08-18 9/450 2026-08-18 13:01 by 家与远方
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭