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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Vasp&MedeA » 计算Ni2Si体性质的时候出现如下问题，The distance between some ions is very small
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lsllx

铁虫 (小有名气)

[求助] 计算Ni2Si体性质的时候出现如下问题，The distance between some ions is very small 已有3人参与

Ni2Si的晶格常数是7.066   5.009   3.732；正交结构
You have a (more or less) 'large supercell' and for larger cells       |
|      it might be more efficient to use real space projection operators      |
|      So try LREAL= Auto  in the INCAR   file.                               |
|      Mind: If you want to do an extremely accurate calculations keep the    |
|      reciprocal projection scheme          (i.e. LREAL=.FALSE.)             |
|                                                                             |
-----------------------------------------------------------------------------

LDA part: xc-table for Ceperly-Alder, standard interpolation

-----------------------------------------------------------------------------
|                                                                             |
|           W    W    AA    RRRRR   N    N  II  N    N   GGGG   !!!           |
|           W    W   A  A   R    R  NN   N  II  NN   N  G    G  !!!           |
|           W    W  A    A  R    R  N N  N  II  N N  N  G       !!!           |
|           W WW W  AAAAAA  RRRRR   N  N N  II  N  N N  G  GGG   !            |
|           WW  WW  A    A  R   R   N   NN  II  N   NN  G    G                |
|           W    W  A    A  R    R  N    N  II  N    N   GGGG   !!!           |
|                                                                             |
|      The distance between some ions is very small                           |
|      please check the nearest neigbor list in the OUTCAR file               |
|          I HOPE YOU KNOW, WHAT YOU ARE  DOING                     


这是在尝试encut的时候出现的，然后就是出不来体系的能量值。求助啊
我采用的赝势是把Si的赝势直接粘贴到Ni的赝势的end of data后面
Kpoint文件是：
AUTO GRID
0
M
5 7 11
0 0 0

POSCAR文件是：
Ni2Si
3.732000000000000           
1.893000000000000       0.000000000000000       0.000000000000000
0.000000000000000       1.342000000000000       0.000000000000000
0.000000000000000       0.000000000000000       1.000000000000000      
16 8
Direct
  0.0630000000000000   0.3250000000000001   0.2500000000000000
  0.2030000000000000   0.0420000000000000   0.7500000000000001
-0.0630000000000000  -0.3250000000000001   0.2500000000000000
-0.2030000000000000  -0.0420000000000000   0.7500000000000001
-0.0630000000000000   0.3250000000000001  -0.2500000000000000
-0.2030000000000000   0.0420000000000000  -0.7500000000000001
  0.0630000000000000  -0.3250000000000001  -0.2500000000000000
  0.2030000000000000  -0.0420000000000000  -0.7500000000000001
-0.0630000000000000  -0.3250000000000001  -0.2500000000000000
-0.2030000000000000  -0.0420000000000000  -0.7500000000000001
  0.0630000000000000   0.3250000000000001  -0.2500000000000000
  0.2030000000000000   0.0420000000000000  -0.7500000000000001
  0.0630000000000000  -0.3250000000000001   0.2500000000000000
  0.2030000000000000  -0.0420000000000000   0.7500000000000001
-0.0630000000000000   0.3250000000000001   0.2500000000000000
-0.2030000000000000   0.0420000000000000   0.7500000000000001
  0.3860000000000000   0.2630000000000000   0.2500000000000000
-0.3860000000000000  -0.2630000000000000   0.2500000000000000
-0.3860000000000000   0.2630000000000000  -0.2500000000000000
  0.3860000000000000  -0.2630000000000000  -0.2500000000000000
-0.3860000000000000  -0.2630000000000000  -0.2500000000000000
  0.3860000000000000   0.2630000000000000  -0.2500000000000000
  0.3860000000000000  -0.2630000000000000   0.2500000000000000
-0.3860000000000000   0.2630000000000000   0.2500000000000000

INCAR文件是：
SYSTEM =  ni2si BULK

LWAVE=.FALSE.
LCHARG=.FALSE.

ISTART=0
ICHARG=2
ALGO=38
PREC=ACCURATE

LPLANE = .TRUE.
NPAR   = 16
LSCALU = .FALSE.
NSIM   = 4
ISIF=4
NSW=50
IBRION=2

#ISPIN=2

ENCUT=$i（从300尝试到700）
ISMEAR=-5
SIGMA=0.2

求大牛帮我看看有啥问题，我自己也在查书看看怎么解决，是不是这个晶体本身不能算？
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1楼 2014-07-16 09:42:14
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guobinwang

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
lsllx: 金币+4, ★★★很有帮助 2014-07-18 10:17:43
你把POSCAR导出来，用看图软件看一下图，应该是有两个（或多个）原子重叠了。如果原子数不是特别多的话你可以把每个原子标号后一个一个找出来看看。应该就是上边所说的原因。但愿能办到你。
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空中雄鹰，陆地猛虎，水中蛟龙
2楼2014-07-16 20:26:05
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KalaShayminS

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
lsllx: 金币+4, ★★★很有帮助 2014-07-18 10:17:55
POSCAR错误。有很多原子的第二排坐标是(1/3两列一样）
-0.0420000000000000
+0.0420000000000000

这明显距离太近了。
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3楼2014-07-16 23:39:14
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倔强的坚果墙

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
lsllx: 金币+2 2014-07-18 10:18:07
你POSCAR写错了，原因就在于你应该是构造的超胞（OUTCAR中有提到supercell），然而你的晶格基矢还是单胞的基矢（Ni2Si的晶格常数是7.066   5.009   3.732），只需要把这个基矢乘以你扩展的超胞就行了
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像小强一样活着
4楼2014-07-17 10:59:16
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lsllx

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by guobinwang at 2014-07-16 20:26:05
你把POSCAR导出来，用看图软件看一下图，应该是有两个（或多个）原子重叠了。如果原子数不是特别多的话你可以把每个原子标号后一个一个找出来看看。应该就是上边所说的原因。但愿能办到你。

先谢谢了，我是用ISCD导出的晶体如图所示



但是我不知道怎么修改，还想再请教一下
计算Ni2Si体性质的时候出现如下问题，The distance between some ions is very small
无标题.png
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5楼2014-07-18 10:13:33
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lsllx

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 倔强的坚果墙 at 2014-07-17 10:59:16
你POSCAR写错了，原因就在于你应该是构造的超胞（OUTCAR中有提到supercell），然而你的晶格基矢还是单胞的基矢（Ni2Si的晶格常数是7.066   5.009   3.732），只需要把这个基矢乘以你扩展的超胞就行了

谢啦，我还是自己从文献找原子坐标然后搞起吧
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6楼2014-07-18 10:16:04
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lsllx

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 倔强的坚果墙 at 2014-07-17 10:59:16
你POSCAR写错了，原因就在于你应该是构造的超胞（OUTCAR中有提到supercell），然而你的晶格基矢还是单胞的基矢（Ni2Si的晶格常数是7.066   5.009   3.732），只需要把这个基矢乘以你扩展的超胞就行了

谢啦，我还是自己从文献找原子坐标然后搞起吧
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7楼2014-07-18 10:16:23
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lsllx

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 倔强的坚果墙 at 2014-07-17 10:59:16
你POSCAR写错了，原因就在于你应该是构造的超胞（OUTCAR中有提到supercell），然而你的晶格基矢还是单胞的基矢（Ni2Si的晶格常数是7.066   5.009   3.732），只需要把这个基矢乘以你扩展的超胞就行了

抱歉只设置了10个金币
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8楼2014-07-18 10:18:23
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lsllx

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 倔强的坚果墙 at 2014-07-17 10:59:16
你POSCAR写错了，原因就在于你应该是构造的超胞（OUTCAR中有提到supercell），然而你的晶格基矢还是单胞的基矢（Ni2Si的晶格常数是7.066   5.009   3.732），只需要把这个基矢乘以你扩展的超胞就行了

谢啦，以后希望多请教你，感觉应该自己构建算了
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9楼2014-07-18 10:19:20
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