应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Vasp&MedeA » 计算Ni2Si体性质的时候出现如下问题，The distance between some ions is very small
91/1返回列表
查看: 2384  |  回复: 8
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

lsllx

铁虫 (小有名气)

[求助] 计算Ni2Si体性质的时候出现如下问题，The distance between some ions is very small 已有3人参与

Ni2Si的晶格常数是7.066   5.009   3.732；正交结构
You have a (more or less) 'large supercell' and for larger cells       |
|      it might be more efficient to use real space projection operators      |
|      So try LREAL= Auto  in the INCAR   file.                               |
|      Mind: If you want to do an extremely accurate calculations keep the    |
|      reciprocal projection scheme          (i.e. LREAL=.FALSE.)             |
|                                                                             |
-----------------------------------------------------------------------------

LDA part: xc-table for Ceperly-Alder, standard interpolation

-----------------------------------------------------------------------------
|                                                                             |
|           W    W    AA    RRRRR   N    N  II  N    N   GGGG   !!!           |
|           W    W   A  A   R    R  NN   N  II  NN   N  G    G  !!!           |
|           W    W  A    A  R    R  N N  N  II  N N  N  G       !!!           |
|           W WW W  AAAAAA  RRRRR   N  N N  II  N  N N  G  GGG   !            |
|           WW  WW  A    A  R   R   N   NN  II  N   NN  G    G                |
|           W    W  A    A  R    R  N    N  II  N    N   GGGG   !!!           |
|                                                                             |
|      The distance between some ions is very small                           |
|      please check the nearest neigbor list in the OUTCAR file               |
|          I HOPE YOU KNOW, WHAT YOU ARE  DOING                     


这是在尝试encut的时候出现的，然后就是出不来体系的能量值。求助啊
我采用的赝势是把Si的赝势直接粘贴到Ni的赝势的end of data后面
Kpoint文件是：
AUTO GRID
0
M
5 7 11
0 0 0

POSCAR文件是：
Ni2Si
3.732000000000000           
1.893000000000000       0.000000000000000       0.000000000000000
0.000000000000000       1.342000000000000       0.000000000000000
0.000000000000000       0.000000000000000       1.000000000000000      
16 8
Direct
  0.0630000000000000   0.3250000000000001   0.2500000000000000
  0.2030000000000000   0.0420000000000000   0.7500000000000001
-0.0630000000000000  -0.3250000000000001   0.2500000000000000
-0.2030000000000000  -0.0420000000000000   0.7500000000000001
-0.0630000000000000   0.3250000000000001  -0.2500000000000000
-0.2030000000000000   0.0420000000000000  -0.7500000000000001
  0.0630000000000000  -0.3250000000000001  -0.2500000000000000
  0.2030000000000000  -0.0420000000000000  -0.7500000000000001
-0.0630000000000000  -0.3250000000000001  -0.2500000000000000
-0.2030000000000000  -0.0420000000000000  -0.7500000000000001
  0.0630000000000000   0.3250000000000001  -0.2500000000000000
  0.2030000000000000   0.0420000000000000  -0.7500000000000001
  0.0630000000000000  -0.3250000000000001   0.2500000000000000
  0.2030000000000000  -0.0420000000000000   0.7500000000000001
-0.0630000000000000   0.3250000000000001   0.2500000000000000
-0.2030000000000000   0.0420000000000000   0.7500000000000001
  0.3860000000000000   0.2630000000000000   0.2500000000000000
-0.3860000000000000  -0.2630000000000000   0.2500000000000000
-0.3860000000000000   0.2630000000000000  -0.2500000000000000
  0.3860000000000000  -0.2630000000000000  -0.2500000000000000
-0.3860000000000000  -0.2630000000000000  -0.2500000000000000
  0.3860000000000000   0.2630000000000000  -0.2500000000000000
  0.3860000000000000  -0.2630000000000000   0.2500000000000000
-0.3860000000000000   0.2630000000000000   0.2500000000000000

INCAR文件是：
SYSTEM =  ni2si BULK

LWAVE=.FALSE.
LCHARG=.FALSE.

ISTART=0
ICHARG=2
ALGO=38
PREC=ACCURATE

LPLANE = .TRUE.
NPAR   = 16
LSCALU = .FALSE.
NSIM   = 4
ISIF=4
NSW=50
IBRION=2

#ISPIN=2

ENCUT=$i（从300尝试到700）
ISMEAR=-5
SIGMA=0.2

求大牛帮我看看有啥问题，我自己也在查书看看怎么解决，是不是这个晶体本身不能算？
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2014-07-16 09:42:14
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

guobinwang

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
lsllx: 金币+4, ★★★很有帮助 2014-07-18 10:17:43
你把POSCAR导出来，用看图软件看一下图，应该是有两个（或多个）原子重叠了。如果原子数不是特别多的话你可以把每个原子标号后一个一个找出来看看。应该就是上边所说的原因。但愿能办到你。
赞一下(1人) 回复此楼
空中雄鹰，陆地猛虎，水中蛟龙
2楼2014-07-16 20:26:05
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

KalaShayminS

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
lsllx: 金币+4, ★★★很有帮助 2014-07-18 10:17:55
POSCAR错误。有很多原子的第二排坐标是(1/3两列一样）
-0.0420000000000000
+0.0420000000000000

这明显距离太近了。
赞一下(1人) 回复此楼
3楼2014-07-16 23:39:14
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

倔强的坚果墙

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
lsllx: 金币+2 2014-07-18 10:18:07
你POSCAR写错了，原因就在于你应该是构造的超胞（OUTCAR中有提到supercell），然而你的晶格基矢还是单胞的基矢（Ni2Si的晶格常数是7.066   5.009   3.732），只需要把这个基矢乘以你扩展的超胞就行了
赞一下(1人) 回复此楼
像小强一样活着
4楼2014-07-17 10:59:16
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lsllx

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by guobinwang at 2014-07-16 20:26:05
你把POSCAR导出来，用看图软件看一下图，应该是有两个（或多个）原子重叠了。如果原子数不是特别多的话你可以把每个原子标号后一个一个找出来看看。应该就是上边所说的原因。但愿能办到你。

先谢谢了，我是用ISCD导出的晶体如图所示



但是我不知道怎么修改，还想再请教一下
计算Ni2Si体性质的时候出现如下问题，The distance between some ions is very small
无标题.png
赞一下 回复此楼
5楼2014-07-18 10:13:33
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lsllx

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 倔强的坚果墙 at 2014-07-17 10:59:16
你POSCAR写错了，原因就在于你应该是构造的超胞（OUTCAR中有提到supercell），然而你的晶格基矢还是单胞的基矢（Ni2Si的晶格常数是7.066   5.009   3.732），只需要把这个基矢乘以你扩展的超胞就行了

谢啦，我还是自己从文献找原子坐标然后搞起吧
赞一下 回复此楼
6楼2014-07-18 10:16:04
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lsllx

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 倔强的坚果墙 at 2014-07-17 10:59:16
你POSCAR写错了，原因就在于你应该是构造的超胞（OUTCAR中有提到supercell），然而你的晶格基矢还是单胞的基矢（Ni2Si的晶格常数是7.066   5.009   3.732），只需要把这个基矢乘以你扩展的超胞就行了

谢啦，我还是自己从文献找原子坐标然后搞起吧
赞一下 回复此楼
7楼2014-07-18 10:16:23
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lsllx

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 倔强的坚果墙 at 2014-07-17 10:59:16
你POSCAR写错了，原因就在于你应该是构造的超胞（OUTCAR中有提到supercell），然而你的晶格基矢还是单胞的基矢（Ni2Si的晶格常数是7.066   5.009   3.732），只需要把这个基矢乘以你扩展的超胞就行了

抱歉只设置了10个金币
赞一下 回复此楼
8楼2014-07-18 10:18:23
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lsllx

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 倔强的坚果墙 at 2014-07-17 10:59:16
你POSCAR写错了，原因就在于你应该是构造的超胞（OUTCAR中有提到supercell），然而你的晶格基矢还是单胞的基矢（Ni2Si的晶格常数是7.066   5.009   3.732），只需要把这个基矢乘以你扩展的超胞就行了

谢啦，以后希望多请教你，感觉应该自己构建算了
赞一下 回复此楼
9楼2014-07-18 10:19:20
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 lsllx 的主题更新
91/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 国社科申报系统有变化 +3 kynobel 2026-08-23 3/150 2026-08-29 21:57 by 余韵清
[硕博家园] 售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +3 gy1nBQXYQJqL 2026-08-29 3/150 2026-08-29 21:35 by 4qO8zhfjr2AX
[找工作] 售SCI文章，我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 gy1nBQXYQJqL 2026-08-29 5/250 2026-08-29 21:33 by 4qO8zhfjr2AX
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +5 ASdOkHsho7FD 2026-08-28 11/550 2026-08-29 20:18 by 63GmZBFV29mG
[考研] 售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +3 G6APbkg8SA6w 2026-08-29 3/150 2026-08-29 18:59 by 4FFAWE8HcgUD
[基金申请] 为什么到现在没收到通知？ +4 tannykie 2026-08-29 4/200 2026-08-29 17:14 by lmz0216
[教师之家] 导师吐槽：我怎么摊上了这么个极品研究生！ +9 苏东坡二世 2026-08-23 9/450 2026-08-29 14:41 by hustersqt
[基金申请] 麻烦专家们看看评委们的意见（F口面上） +5 gdd2018 2026-08-28 10/500 2026-08-29 14:10 by Jacob678
[基金申请] 我就是申请一个面上项目而已，这评审意见是按照杰青的条件评的吧？ +6 gouxfjh 2026-08-28 9/450 2026-08-29 09:59 by jklily
[教师之家] 售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +4 ASdOkHsho7FD 2026-08-28 7/350 2026-08-29 09:26 by G6APbkg8SA6w
[基金申请] 基金不中，共勉 +11 eulota 2026-08-26 11/550 2026-08-28 14:22 by 火星超人xi
[基金申请] 基金系统什么内容也没有 30+4 winsaint 2026-08-27 9/450 2026-08-28 11:06 by maolC
[基金申请] 哪位高人中了，把查询到的截图贴出来让我看看，让我长长见识 +5 yuleib84 2026-08-26 6/300 2026-08-28 00:02 by yudaoqian88
[基金申请] 基金未中，这种答复是模板吗？ +5 zhaosm1982 2026-08-27 6/300 2026-08-27 16:00 by lfy8008
[基金申请] 怎么看青基中了没有啊 +5 叶九微 2026-08-26 5/250 2026-08-27 10:35 by l_zh2008
[基金申请] 我不理解！ +15 Edward_pc 2026-08-26 23/1150 2026-08-26 20:34 by zzuzxg
[基金申请] 能否退出参与的面上项目解除限项 +23 koalala 2026-08-24 26/1300 2026-08-26 14:29 by 宝贝虫子
[基金申请] 系统进不去 +4 yanglien 2026-08-26 5/250 2026-08-26 11:10 by wenfengw83
[基金申请] 国合可查了 +3 paperzjh 2026-08-26 3/150 2026-08-26 10:41 by LemmonTr
[基金申请] 牛来！米来！面来！ +8 beefly 2026-08-26 8/400 2026-08-26 08:37 by xuzhipiao
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭