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fujishima

至尊木虫 (著名写手)

[交流] 用Gaussian算有机共轭大分子时,怎样构建分子的共轭键? 已有5人参与

用Gaussian算有机共轭大分子时,我用chemdraw线画出分子,在转换成Gaussian输入文件。我想问的是chemdraw画图时,共轭分子的键怎样设置,或者是不是不用设置,请各位帮帮忙啊
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fujishima

至尊木虫 (著名写手)

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2楼: Originally posted by bittersmile at 2014-07-09 21:51:15
高斯输入只需要原子坐标。键只是我们虚构来理解化学的,不需要输入。

也就是说,我在chemdraw里面画的单键,双键都没区别,只要他们的原子坐标是一样的就是一样的?

还有键长,键角是怎样确定的,是画好就可以的,还是要修改啊?
不知怎么改啊。
4楼2014-07-09 23:06:05
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fujishima

至尊木虫 (著名写手)

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3楼: Originally posted by oinkmasta at 2014-07-09 22:42:47
同楼上,键在高斯中只是方便你观察分子的,计算方面没有键也可以。
当然,如你要调整构型,还是有键看得清楚。是我的话就直接在高斯里面画分子了,不会花太久的。

高斯里画分子好像很麻烦啊,还有键长,键角怎么确定啊,我要算的是新东西没有相关的数据啊
5楼2014-07-09 23:07:35
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6楼: Originally posted by oinkmasta at 2014-07-09 23:11:08
用GaussView画应该是非常直观的啊,右键builder就可以选择调整键长/键角/二面角等。不是在高斯的输入文件里画...

如果我先用高斯的几何优化计算,然后再算能量,会不会更准确一点
7楼2014-07-10 00:11:38
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fujishima

至尊木虫 (著名写手)

我就是想知道,用chemdraw画的结构式需要怎么调整?尤其是含有共轭环的分子。是直接画出来就行吗?还是要调整,怎么调整?我的分子是新东西,没有参考数据啊,所以键长键角都不知道。
或者说我画出一个苯环和画出一个环己三烯,算出来的结果是一样的吗?
11楼2014-07-10 10:43:33
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10楼: Originally posted by yuliwang at 2014-07-10 07:49:11
我也用Gaussian算过,楼主说的共轭键等,就算你搭建了,结构优化之后也会变掉的,总的来说,共轭键在优化后的结构上是没有明显的单双键之分的,但是计算结果分析时,共轭结构对计算结果有很大的贡献,我马上有一篇文 ...

我就是想知道,用chemdraw画的结构式需要怎么调整?尤其是含有共轭环的分子。是直接画出来就行吗?还是要调整,怎么调整?我的分子是新东西,没有参考数据啊,所以键长键角都不知道。
或者说我画出一个苯环和画出一个环己三烯,算出来的结果是一样的吗?
12楼2014-07-10 10:46:52
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至尊木虫 (著名写手)

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9楼: Originally posted by oinkmasta at 2014-07-10 02:50:27
几何优化是指什么?opt吗?(我用的英文版,所以不知道几何优化是不是=优化=opt)
如是opt会在summary里面给出能量的。...

我就是想知道,用chemdraw画的结构式需要怎么调整?尤其是含有共轭环的分子。是直接画出来就行吗?还是要调整,怎么调整?我的分子是新东西,没有参考数据啊,所以键长键角都不知道。
或者说我画出一个苯环和画出一个环己三烯,算出来的结果是一样的吗?
13楼2014-07-10 10:47:03
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14楼: Originally posted by yjcmwgk at 2014-07-10 11:08:37
你们单位有搞理论计算的人不?这一行,完全不懂的情况下,很难去生硬去做(这是废话,任何一行都这样子)。你给他第二作者,让他替你做这件事吧,术业有专攻,你专心做合成表征就好...

求人不如求己啊
15楼2014-07-10 12:49:28
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