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meatball1982铜虫 (小有名气)
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[求助]
用sybyl的spl生成20种氨基酸的一个结构
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大家好。我刚刚接触sybyl和spl。 我希望通过一个简单的spl脚本生成20种氨基酸的结构。以SER为例子。 生成一个ACE-SER-NME的结构，并存成pdb文件。 输入是input.txt SER ALA ... GLY 输出的SER.pdb为以下形式。 HEADER BUILDER_PROTEIN COMPND BUILDER_PROTEIN REMARK GENERATED BY SYBYL (TRIPOS, INC.) 09-JUL-14 SEQRES 1 A 3 ACE SER NME ATOM 1 C ACE A 0 -2.065 1.732 0.558 1.00 0.00 C ATOM 2 O ACE A 0 -2.982 0.897 0.558 1.00 0.00 O ATOM 3 CH3 ACE A 0 -2.386 3.207 0.558 1.00 0.00 C ATOM 4 H1 ACE A 0 -1.965 3.680 -0.329 1.00 0.00 H ATOM 5 H2 ACE A 0 -1.965 3.679 1.446 1.00 0.00 H ATOM 6 H3 ACE A 0 -3.469 3.334 0.569 1.00 0.00 H ATOM 7 N SER A 1 -0.753 1.436 0.558 1.00 0.00 N ATOM 8 CA SER A 1 -0.272 0.065 0.558 1.00 0.00 C ATOM 9 C SER A 1 1.258 0.065 0.558 1.00 0.00 C ATOM 10 O SER A 1 1.880 1.126 0.558 1.00 0.00 O ATOM 11 CB SER A 1 -0.803 -0.715 -0.647 1.00 0.00 C ATOM 12 OG SER A 1 -0.399 -0.129 -1.881 1.00 0.00 O ATOM 13 HA SER A 1 -0.627 -0.405 1.476 1.00 0.00 H ATOM 14 HB2 SER A 1 -1.891 -0.742 -0.586 1.00 0.00 H ATOM 15 HB3 SER A 1 -0.419 -1.733 -0.595 1.00 0.00 H ATOM 16 HG SER A 1 -0.754 -0.650 -2.605 1.00 0.00 H ATOM 17 H SER A 1 -0.061 2.186 0.558 1.00 0.00 H ATOM 18 N NME A 2 1.860 -1.138 0.558 1.00 0.00 N ATOM 19 C NME A 2 3.307 -1.224 0.558 1.00 0.00 C ATOM 20 H3 NME A 2 3.648 -1.757 -0.329 1.00 0.00 H ATOM 21 H1 NME A 2 3.648 -1.757 1.446 1.00 0.00 H ATOM 22 HN1 NME A 2 1.299 -1.989 0.558 1.00 0.00 H ATOM 23 H2 NME A 2 3.723 -0.216 0.569 1.00 0.00 H TER 24 NME A 2 CONECT 1 2 3 7 CONECT 7 1 8 17 CONECT 9 8 10 18 CONECT 18 9 19 22 MASTER 0 0 0 0 0 0 0 0 23 1 4 1 END |
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