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shellyxss

金虫 (正式写手)

[求助] 序列拼接 已有2人参与

我对两条基因测序了,理论上两条序列里面其中一条命名为1)的最后60个碱基应该和另一条(命名为2)的前60个碱基一样,然后就可以拼接上,但是实际上我对1和2先比对了一下,1的最后8个碱基不能和2的序列比对上,而且前面序列相似度也是92%。
请问这两条序列可以拼接嘛?
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匿名

木虫 (小有名气)

小志


myprayer: 金币+1, 赠人玫瑰手有余香,分子生物期待你更多精彩。 2014-07-07 08:34:21
本帖仅楼主可见
2楼2014-07-06 22:07:00
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shellyxss

金虫 (正式写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 安志达天下 at 2014-07-06 22:07:00
一般来说一个序列的两端测序都是不太准确的,你不必纠结与后八个碱基,将第二条序列往前多移几个碱基,相似度高是可以拼接的

相似度高的区域不相似的地方应该怎么拼接呢?
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3楼2014-07-07 09:36:57
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shellyxss

金虫 (正式写手)

顶一下
4楼2014-07-08 08:37:39
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shellyxss

金虫 (正式写手)

。。。
5楼2014-07-10 08:40:35
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shellyxss

金虫 (正式写手)

来看看啊
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6楼2014-07-16 15:23:15
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wizardfan

至尊木虫 (著名写手)

优秀版主

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
shellyxss: 金币+5, ★★★很有帮助 2014-07-17 08:30:21
你能看到测序图吗?只保留峰很清晰的序列,如果就算这样也不是100%相同的话,一般是要重新再测的。
7楼2014-07-17 08:25:24
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shellyxss

金虫 (正式写手)

引用回帖:
7楼: Originally posted by wizardfan at 2014-07-17 08:25:24
你能看到测序图吗?只保留峰很清晰的序列,如果就算这样也不是100%相同的话,一般是要重新再测的。

谢谢了,我应该重测哪一段序列呢?还是都要重新测?
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8楼2014-07-17 08:30:56
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jurkat.1640

至尊木虫 (文坛精英)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
shellyxss: 金币+5, 有帮助 2014-07-19 18:41:31
手动拼接啊,F序列和R的互补序列复制到Word上,利用Word的查找功能。
9楼2014-07-17 16:49:30
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shellyxss

金虫 (正式写手)

引用回帖:
9楼: Originally posted by jurkat.1640 at 2014-07-17 16:49:30
手动拼接啊,F序列和R的互补序列复制到Word上,利用Word的查找功能。

可是重复的序列不完全一样怎么办呢
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10楼2014-07-19 18:40:58
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