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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 生物信息 » 序列拼接
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jurkat.1640

至尊木虫 (文坛精英)
引用回帖:
10楼: Originally posted by shellyxss at 2014-07-19 18:40:58
可是重复的序列不完全一样怎么办呢...

先找到重叠区域，再慢慢找差异
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11楼2014-07-20 15:26:49
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luwei13566

木虫 (正式写手)
最省事也最准确的方法就是中间再加一个反应

[ 发自小木虫客户端 ]
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12楼2014-07-20 15:40:49
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shellyxss

金虫 (正式写手)
引用回帖:
12楼: Originally posted by luwei13566 at 2014-07-20 15:40:49
最省事也最准确的方法就是中间再加一个反应

意思是再设计一对引物？
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13楼2014-07-20 17:43:37
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luwei13566

木虫 (正式写手)
★ ★ ★
gyesang: 金币+3, 鼓励回帖交流！ 2014-07-27 20:50:54
引用回帖:
13楼: Originally posted by shellyxss at 2014-07-20 17:43:37
意思是再设计一对引物？...

给测序公司说让他在中间那个区段再加个反应他就明白了，一个反应测1000个bp，除去两端也就800多个bp是可信的。
如果你的序列是2000bp，前后各测1000bp，这样中间就有100到200bp不可信区间，而且两个反应的端部都不可靠，那你手动拼出来也不可靠。因为你没有可靠的对照，所以就从500bp到1500bp在来一个测序这样中间那段就在可靠区间内。这样就好拼接了。
再比如你的基因只有1400bp，这样正向的测序的可靠区间假设是1——800bp，800—1000bp不可靠，反向测序的可靠区间是600——1400bp可靠，400—600不可靠。这样400—600bp和800—1000bp完全落在另一个反应的可靠区间内，然后用一个简单的排除法就能把正确的拼接在一起了。
至于具体多少个bp是可靠序列，测序完都会给你发个峰值，只要峰值单一没有套峰那都是可信的。一旦从某个位置开始频繁出现套峰那就从那个点开始后面的序列并不可靠了。
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大家相互帮助哈
14楼2014-07-20 19:14:08
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