24小时热门版块排行榜    

查看: 2726  |  回复: 12

crosschannel

金虫 (正式写手)

[求助] 过渡态有两个小虚频(整体振动),怎么消掉那个不想要的? 已有5人参与

找到的过渡态有两个小虚频,一个-30,另一个-20,-30那个不想要,但是是整个分子的振动,不知道该怎么消

之前问了一个有经验的人,他说:就这样吧!两个就两个,也算过渡态,你就用这个结构吧!然后就像仙儿一样的飘走了……

然后我看到某期刊上某文章的过渡态时候,我算了一下它的频率,有4个小虚频,好吧,难道这年头出现不止一个虚频也能当过渡态发表?
回复此楼
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

匿名

用户注销 (著名写手)

本帖仅楼主可见
6楼2014-07-08 06:03:08
已阅   申请QC强帖   回复此楼   编辑   查看我的主页

yypcnbe

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
crosschannel: 金币+3, 有帮助 2014-07-09 07:26:07
你最好多提供点信息,比如计算方法等等,如果是DFT,可以选择更加精确的格点设置,加opt=tight,同时还得加入参数int=ultrafine
8楼2014-07-08 11:46:22
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通回帖

匿名

用户注销 (著名写手)

本帖仅楼主可见
2楼2014-07-07 06:48:30
已阅   申请QC强帖   回复此楼   编辑   查看我的主页

枪下游魂

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
crosschannel: 金币+5, 有帮助 2014-07-07 21:02:09
同一个结构,用不同的理论水平和初始结构去跑出来可能有不同的虚频数,你可以根据你的体系换个更大的基组算算看。又或者对第一个虚频采用消虚频的泛用方法看看能不能消掉。。。。。
3楼2014-07-07 08:53:26
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

crosschannel

金虫 (正式写手)

引用回帖:
3楼: Originally posted by 枪下游魂 at 2014-07-07 08:53:26
同一个结构,用不同的理论水平和初始结构去跑出来可能有不同的虚频数,你可以根据你的体系换个更大的基组算算看。又或者对第一个虚频采用消虚频的泛用方法看看能不能消掉。。。。。

听了你的建议,换了个更大的基组,跑了几小时,结果出了仨小虚频,非常接近零……总之是没把不需要的虚频消掉……
消虚频的泛用方法也试了,循环次数多收敛标准高,最后还是两个小虚频,至于把那些坐标找出来修改的方法,我做不到啊,一百多个原子都在动呢
4楼2014-07-07 21:01:52
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

crosschannel

金虫 (正式写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by chesterliu at 2014-07-07 06:48:30
这种情况很难去掉了 好运

我知道难去掉啊,因为是整体振动,不是局部……不过我看到已经发表的文章里也有不止一个虚频的过渡态,我觉得可能业界能接受这种情况吧
5楼2014-07-07 21:05:38
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

枪下游魂

木虫 (著名写手)

引用回帖:
4楼: Originally posted by crosschannel at 2014-07-07 21:01:52
听了你的建议,换了个更大的基组,跑了几小时,结果出了仨小虚频,非常接近零……总之是没把不需要的虚频消掉……
消虚频的泛用方法也试了,循环次数多收敛标准高,最后还是两个小虚频,至于把那些坐标找出来修改 ...

你用GV可以很简单的把振动坐标提前出来。。。
7楼2014-07-08 08:34:19
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

crosschannel

金虫 (正式写手)

引用回帖:
7楼: Originally posted by 枪下游魂 at 2014-07-08 08:34:19
你用GV可以很简单的把振动坐标提前出来。。。...

问题是这样改动了之后,又影响我想要的虚频了,我想要的同样是整个分子都在振动
9楼2014-07-09 07:08:12
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

crosschannel

金虫 (正式写手)

引用回帖:
8楼: Originally posted by yypcnbe at 2014-07-08 11:46:22
你最好多提供点信息,比如计算方法等等,如果是DFT,可以选择更加精确的格点设置,加opt=tight,同时还得加入参数int=ultrafine

因为是近二百个原子的分子,所以没敢用DFT,用的是半经验,跑了几个小时,如果用DFT,岂不是要跑半个月,伤不起啊……
是不是半经验算过渡态就经常出现这种问题?是方法本身的局限性?
10楼2014-07-09 07:25:55
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 crosschannel 的主题更新
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 综述论文作为代表作会不会影响评审专家的印象分? +11 yufeiwaner 2026-08-09 12/600 2026-08-12 01:27 by 南京中西医
[基金申请] 2019年青年基金涵评意见,大家看看几个A,几个B? +4 Tide man 2026-08-11 4/200 2026-08-12 00:39 by liuqidi
[基金申请] 有时候,自然基金真的不能太认真 (我的申报经验) +3 majunge000 2026-08-11 4/200 2026-08-11 20:13 by lch2012
[基金申请] 为什么网上很多人说本周 12号出结果 +6 瞬息宇宙 2026-08-10 7/350 2026-08-11 19:25 by Tide man
[硕博家园] 读博的好处 +3 lnee 2026-08-11 3/150 2026-08-11 18:10 by 希望我好好的
[基金申请] 分享一下我之前已中青C的计划书的filecode +3 布布和一二 2026-08-11 4/200 2026-08-11 15:20 by aasahr
[基金申请] 听说今天filecode变了 +26 布布和一二 2026-08-06 49/2450 2026-08-11 13:18 by WH3796
[基金申请] FileCode能看出啥? +7 要乐观耀哥 2026-08-10 17/850 2026-08-11 10:50 by 要乐观耀哥
[基金申请] 我的国基提前知道中了,可是同事的操作让我实在接受不了,怎么会有这样的人 +8 家与远方 2026-08-10 13/650 2026-08-11 09:49 by 家与远方
[基金申请] 关于代码变化问题,想知道的进来 +17 且听虎啸 2026-08-07 24/1200 2026-08-10 18:35 by zhangduo2008
[基金申请] 静等基金结果 +5 gjjjzhong 2026-08-10 16/800 2026-08-10 17:19 by Tide man
[基金申请] 好奇怪的filecode +4 布布和一二 2026-08-08 5/250 2026-08-10 14:20 by 冰心玉壶晴
[基金申请] 这样的filecode谁见过 +11 布布和一二 2026-08-08 22/1100 2026-08-10 11:10 by wmfsnow
[基金申请] filecode与中标关系的预测 +5 布布和一二 2026-08-07 5/250 2026-08-09 16:15 by 袁向阳007
[基金申请] fileCode有新解读? +10 Tide man 2026-08-08 18/900 2026-08-09 12:55 by 仁砚薪传
[基金申请] 化学口download_prp&fileCode的固定段好像这几天一直没变,有变的大神么? +3 Tide man 2026-08-07 4/200 2026-08-07 22:39 by Tide man
[基金申请] 固定端突然变了,今天 +6 archvillain 2026-08-06 10/500 2026-08-07 16:03 by 医学老男孩
[基金申请] 大家散了吧,后缀研究没有意义,别浪费时间了,过好目前的每一天,不要焦虑 +5 Tide man 2026-08-06 7/350 2026-08-07 13:11 by 医学老男孩
[基金申请] 影响面上的因素 +8 布布和一二 2026-08-05 11/550 2026-08-06 10:41 by 宝贝虫子
[基金申请] 好消息?这个有何含义??? +8 Tide man 2026-08-05 10/500 2026-08-05 16:14 by xmuxiaoyu
信息提示
请填处理意见