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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » 量化新手直通车 » 过渡态有两个小虚频（整体振动），怎么消掉那个不想要的？
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crosschannel

金虫 (正式写手)

[求助] 过渡态有两个小虚频（整体振动），怎么消掉那个不想要的？已有5人参与

找到的过渡态有两个小虚频，一个-30，另一个-20，-30那个不想要，但是是整个分子的振动，不知道该怎么消

之前问了一个有经验的人，他说：就这样吧！两个就两个，也算过渡态，你就用这个结构吧！然后就像仙儿一样的飘走了……

然后我看到某期刊上某文章的过渡态时候，我算了一下它的频率，有4个小虚频，好吧，难道这年头出现不止一个虚频也能当过渡态发表？
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1楼2014-07-06 06:58:42
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匿名

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6楼2014-07-08 06:03:08
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yypcnbe

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
crosschannel: 金币+3, ★有帮助 2014-07-09 07:26:07
你最好多提供点信息，比如计算方法等等，如果是DFT，可以选择更加精确的格点设置，加opt=tight,同时还得加入参数int=ultrafine
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8楼2014-07-08 11:46:22
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匿名

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2楼2014-07-07 06:48:30
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枪下游魂

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
crosschannel: 金币+5, ★有帮助 2014-07-07 21:02:09
同一个结构，用不同的理论水平和初始结构去跑出来可能有不同的虚频数，你可以根据你的体系换个更大的基组算算看。又或者对第一个虚频采用消虚频的泛用方法看看能不能消掉。。。。。
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3楼2014-07-07 08:53:26
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crosschannel

金虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 枪下游魂 at 2014-07-07 08:53:26
同一个结构，用不同的理论水平和初始结构去跑出来可能有不同的虚频数，你可以根据你的体系换个更大的基组算算看。又或者对第一个虚频采用消虚频的泛用方法看看能不能消掉。。。。。

听了你的建议，换了个更大的基组，跑了几小时，结果出了仨小虚频，非常接近零……总之是没把不需要的虚频消掉……
消虚频的泛用方法也试了，循环次数多收敛标准高，最后还是两个小虚频，至于把那些坐标找出来修改的方法，我做不到啊，一百多个原子都在动呢
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4楼2014-07-07 21:01:52
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crosschannel

金虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by chesterliu at 2014-07-07 06:48:30
这种情况很难去掉了 好运

我知道难去掉啊，因为是整体振动，不是局部……不过我看到已经发表的文章里也有不止一个虚频的过渡态，我觉得可能业界能接受这种情况吧
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5楼2014-07-07 21:05:38
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枪下游魂

木虫 (著名写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by crosschannel at 2014-07-07 21:01:52
听了你的建议，换了个更大的基组，跑了几小时，结果出了仨小虚频，非常接近零……总之是没把不需要的虚频消掉……
消虚频的泛用方法也试了，循环次数多收敛标准高，最后还是两个小虚频，至于把那些坐标找出来修改 ...

你用GV可以很简单的把振动坐标提前出来。。。
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7楼2014-07-08 08:34:19
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crosschannel

金虫 (正式写手)
引用回帖:
7楼: Originally posted by 枪下游魂 at 2014-07-08 08:34:19
你用GV可以很简单的把振动坐标提前出来。。。...

问题是这样改动了之后，又影响我想要的虚频了，我想要的同样是整个分子都在振动
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9楼2014-07-09 07:08:12
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crosschannel

金虫 (正式写手)
引用回帖:
8楼: Originally posted by yypcnbe at 2014-07-08 11:46:22
你最好多提供点信息，比如计算方法等等，如果是DFT，可以选择更加精确的格点设置，加opt=tight,同时还得加入参数int=ultrafine

因为是近二百个原子的分子，所以没敢用DFT，用的是半经验，跑了几个小时，如果用DFT，岂不是要跑半个月，伤不起啊……
是不是半经验算过渡态就经常出现这种问题？是方法本身的局限性？
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10楼2014-07-09 07:25:55
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