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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 核酸提取 » 关于湖泊沉积物DNA提取的问题！
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EATY

铜虫 (初入文坛)

[求助] 关于湖泊沉积物DNA提取的问题！ 已有2人参与

用Fast DNA spin kit for soil试剂盒提取的湖泊沉积物DNA ，OD260/OD280  1.7左右    OD260/OD230  0.2左右 （很低了）   不知道这些DNA能不能用于后续的实验（DGGE、、克隆测序、定量PCR等）？
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我待实验如初恋，实验虐我千百遍
1楼 2014-06-26 17:05:36
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飞约疯人院

专家顾问 (著名写手)

科学怪人

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
EATY(myprayer代发): 金币+2, 赠人玫瑰手有余香，分子生物期待你更多精彩。 2014-06-26 22:07:07
关于DNA纯度鉴定，纯的DNA溶液其OD260/OD280应为1.8，OD260/OD230应大于2.0。OD260/OD280≈1.8(＞1.9，表明有RNA污染；＜1.6，表明有蛋白质、酚等污染）

OD230、260、280、320下的吸光度分别代表了盐浓度、核酸、蛋白等有机物、背景（溶液浑浊度）的值。一般的，我们只看OD260/OD280（Ratio)。不知道你的OD260/OD280比值是多少？
制备基因组DNA通常要求得到的片段的长度不小于100-200kb。在DNA提取过程中应尽量避免使DNA断裂和降解的各种因素，以保证DNA的完整性，为后续的实验打下基础。

除了测浓度外，还可以跑个电泳来鉴定一下：取1μg基因组DNA，在0.8%琼脂糖凝胶上电泳，检测DNA的完整性，或多个样品的浓度是否相同。电泳结束后在点样孔附近应有单一的高分子量条带。
我提的DNAOD260/OD280在2.1~2.3之间
那有可能存在RNA的污染，加RNA酶处理一下吧！如果DNA浓度产量较高的话，可以重复抽提步骤一遍。
先跑个电泳看看如何吧？
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人生贵在行动，迟疑不决时，不妨先迈出小小一步。
2楼2014-06-26 21:57:06
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EATY

铜虫 (初入文坛)
内容已删除
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我待实验如初恋，实验虐我千百遍
3楼2014-06-27 09:04:43
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youlinglyw

荣誉版主 (著名写手)

一匡天下

优秀版主

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
gyesang: 金币+2, 鼓励交流！ 2014-06-29 17:40:11
做克隆测序没啥问题，但是我比较怀疑的是，非单一物质，如何进行检测。

你提取的数字260/230显示那些酚氯仿之类的有机溶剂太多了
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» 本帖已获得的红花（最新10朵）

EATY
天行健
4楼2014-06-27 11:34:28
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EATY

铜虫 (初入文坛)
送红花一朵
引用回帖:
4楼: Originally posted by youlinglyw at 2014-06-27 11:34:28
做克隆测序没啥问题，但是我比较怀疑的是，非单一物质，如何进行检测。

你提取的数字260/230显示那些酚氯仿之类的有机溶剂太多了

5楼2014-06-28 17:45:40
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