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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » 求问cluster中键长和配位数统计用什么软件
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naterriver

至尊木虫 (正式写手)

[求助] 求问cluster中键长和配位数统计用什么软件 已有1人参与

最近刚开始学习使用lammps，现在做的计算是一个1w+原子数的cluster，我已经得到了relax之后的坐标文件（dump），求问有没有能得出cluster中每个原子在一定cutoff距离内的配位数以及每个原子和周围原子键长分布统计的软件？

可能表述有些不清晰，请用过lammps高手们帮忙看看，十分感谢！
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1楼 2014-06-23 13:04:27
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starlink

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
naterriver: 金币+20, ★有帮助, 感谢帮助，虽然ovito还是无法实现 2014-06-25 09:02:19
naterriver(月只蓝代发): 金币+1, 鼓励交流！ 2014-06-25 14:08:40
ovito可以实现你要的功能，radial distribution function
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2楼2014-06-23 15:22:55
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naterriver

至尊木虫 (正式写手)
最后还是自己编段小程序解决了
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3楼2014-06-25 09:02:39
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jin9090900

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by naterriver at 2014-06-25 09:02:39
最后还是自己编段小程序解决了

请问程序如何编啊？求经验~谢谢
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4楼2014-06-27 11:02:51
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naterriver

至尊木虫 (正式写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by jin9090900 at 2014-06-27 11:02:51
请问程序如何编啊？求经验~谢谢...

我是用fortran编写的，matlab或者C++也可以吧
就是把每个原子和其它原子的距离算出来，自己设定cutoff内的平俊距离算出来
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5楼2014-06-28 22:13:42
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霸王问天

铜虫 (著名写手)
引用回帖:
5楼: Originally posted by naterriver at 2014-06-28 22:13:42
我是用fortran编写的，matlab或者C++也可以吧
就是把每个原子和其它原子的距离算出来，自己设定cutoff内的平俊距离算出来...

楼主你好，请问你这个是怎么编的，可以分享一下吗？我自己用matlab也编了一个但是结果有问题。谢谢！！！
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科研之路，从现在开始，加油……
6楼2015-05-29 14:33:31
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亦幻亦真1314

银虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by starlink at 2014-06-23 15:22:55
ovito可以实现你要的功能，radial distribution function

楼主，您好！我要用ovito来实现每个原子和周围原子键长分布统计，请问应该怎么处理，谢谢楼主！
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昨天、今天、明天
7楼2016-01-18 17:12:15
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