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tahaomei

铜虫 (小有名气)

[求助] bsse计算中，x原子要不要加上fragment一项？ 已有1人参与

比如算ar和苯环的作用能，在苯环中心加上一个x原子，gauss配置文件如下，但程序刚开始就出错了，亲们，该怎么处理fragment？

# mp2/aug-cc-pvtz counterpoise=2

ar-c6h6 bingding energy

0 1
C(Fragment=1)                  0.00000000    0.00000000    0.00000000
C(Fragment=1)                  0.00000000    0.00000000    1.39879551
C(Fragment=1)                  1.21130611    0.00000000    2.09743084
C(Fragment=1)                  2.42552354   -0.01064456    1.39274292
C(Fragment=1)                  2.42318218   -0.01063429   -0.01072826
C(Fragment=1)                  1.20899639   -0.01061093   -0.70485904
H(Fragment=1)                 -0.94192824   -0.00603414   -0.54089531
H(Fragment=1)                 -0.94063140   -0.00591732    1.94198442
H(Fragment=1)                  1.21169920   -0.00577430    3.18360731
H(Fragment=1)                  3.36711897   -0.02392112    1.93407287
H(Fragment=1)                  3.36158092   -0.02488138   -0.55759956
H(Fragment=1)                  1.20478248   -0.02514597   -1.79095348
X                  1.21015009   -0.00531082    0.69487183
Ar(Fragment=2)                 13   B

B 2.5 30 0.1
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从是西方，过十万亿佛土，有世界名曰极乐。其土有佛，号阿弥陀，今现在说法。设我得佛，十方众生，至心信乐，欲生我国，乃至十念，若不生者，不取正觉。唯除五逆
1楼 2014-06-15 18:11:08
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枪下游魂

木虫 (著名写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by tahaomei at 2014-06-16 09:02:25
现在能算了，是有其他问题。不过关于x，我没加fragment，不知道是否影响？...

没试过，这么小的体系你可以试试看加和不加有没有区别
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4楼2014-06-16 09:34:33
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枪下游魂

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
tahaomei: 金币+5, ★★★★★最佳答案 2014-06-28 11:49:31
刚开始就出错，那具体的出错原因是什么呢？
看你的输入文件很可能是语法错误。
先不管虚原子写的对不对，Ar原子的坐标写的是对的么？
你试着用GV打开你的输入文件，如果连GV都报错那十有八九是你的语法出了问题，比如分子描述
先搞定分子描述，之后再讨论其他问题。
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2楼2014-06-16 08:37:58
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tahaomei

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 枪下游魂 at 2014-06-16 08:37:58
刚开始就出错，那具体的出错原因是什么呢？
看你的输入文件很可能是语法错误。
先不管虚原子写的对不对，Ar原子的坐标写的是对的么？
你试着用GV打开你的输入文件，如果连GV都报错那十有八九是你的语法出了问题， ...

现在能算了，是有其他问题。不过关于x，我没加fragment，不知道是否影响？
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从是西方，过十万亿佛土，有世界名曰极乐。其土有佛，号阿弥陀，今现在说法。设我得佛，十方众生，至心信乐，欲生我国，乃至十念，若不生者，不取正觉。唯除五逆
3楼2014-06-16 09:02:25
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枪下游魂

木虫 (著名写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by tahaomei at 2014-06-16 09:02:25
现在能算了，是有其他问题。不过关于x，我没加fragment，不知道是否影响？...

不过你的虚原子只是用来给Ar规定移动轨迹的，我觉得是没问题的吧。
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5楼2014-06-16 09:35:50
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