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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 生物信息 » multi-alingment result要进行怎样的人工编辑啊？
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lisufan

新虫 (初入文坛)

[求助] multi-alingment result要进行怎样的人工编辑啊？ 已有2人参与

据说用软件auto-alignment得到的结果并不能直接用于后续分析，比如系统发育树的构建，还需要进行些修改，关键是，要进行哪些修改咧？有什么可以遵循的原理和相关的文献可以了解下嘛？
大神们，快现身！！！求指导！！！
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1楼 2014-06-13 01:02:04
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wizardfan

至尊木虫 (著名写手)

优秀版主

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
kx444555: 金币+3, 鼓励交流 2014-06-13 08:34:26
我以前用相对应的蛋白质来修正DNA比对的。同时一般都切头切尾，因为很可能是质粒，或者测的序列长度不一样，这些都不代表进化
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2楼2014-06-13 07:48:31
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growlywolf

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
如果是coding sequence，要根据基因的结构和氨基酸序列来修正密码子位置和内含子位置，不要人为产生移码突变。
如果是non-coding sequence，很多时候要根据保守的二级结构来修正。
还有，序列差异太大的区域也要删掉，只保留相对保守的结构域。
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3楼2014-06-13 09:08:24
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