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lisufan

新虫 (初入文坛)

[求助] multi-alingment result要进行怎样的人工编辑啊? 已有2人参与

据说用软件auto-alignment得到的结果并不能直接用于后续分析,比如系统发育树的构建,还需要进行些修改,关键是,要进行哪些修改咧?有什么可以遵循的原理和相关的文献可以了解下嘛?
大神们,快现身!!!求指导!!!
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wizardfan

至尊木虫 (著名写手)

优秀版主

【答案】应助回帖

★ ★ ★
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kx444555: 金币+3, 鼓励交流 2014-06-13 08:34:26
我以前用相对应的蛋白质来修正DNA比对的。同时一般都切头切尾,因为很可能是质粒,或者测的序列长度不一样,这些都不代表进化
2楼2014-06-13 07:48:31
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growlywolf

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
如果是coding sequence,要根据基因的结构和氨基酸序列来修正密码子位置和内含子位置,不要人为产生移码突变。
如果是non-coding sequence,很多时候要根据保守的二级结构来修正。
还有,序列差异太大的区域也要删掉,只保留相对保守的结构域。
3楼2014-06-13 09:08:24
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