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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » PCR相关 » 请问我的菌落PCR测序产物目的片段是什么
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追邃2015

新虫 (初入文坛)

[求助] 请问我的菌落PCR测序产物目的片段是什么 已有4人参与

请问我的菌落PCR测序产物是如下片段，用的M13引物，pMD-19 vector，因为我设计的引物是简并引物，所以序列里边找不到，想问谁知道我的目的片段怎么找，以及是什么？谢谢？
引物如下：F 5'  CATSGANTGGGGTGTHAT  3'
                 R5' GTGRAGAATRCTCTTGWACT3'


以下是测序结果：CGATGGTAGCGCGGATCTTCAGAGATTACTGTTCTCCCGGCCTCAAATAACCCATCAATTATGATGCTGTATAAAATAGCTGAAGGCTTTATTCCCCTCTGCAGCATTTCTCTGAAAAGACTCAATCCTTCATCAATCCTTCCAATTTTACAATAGCCATTAACAAGTGTACAATACACTACAACGTTTGGTTCAATGCCAGCTGACACCATAGCATCAAATACTCTTAATGCTTTCTCCATCTTGCCAACAAGACAGTACCCATCCATCAGCATACTATACACCACAGCATCAGGATGCTGACCAGCATTTACAGTTAAGTCAAATATATTTTGTGCGTCCATTATCCTTCCCAGTTTGCAAAGGTTGTTAATTATCGAACTGAAGAAAACAATATCAAGACGCATGCCATTATTCATTATTTCCAAAATCAATTCCTTGGCTTTCAGTAAACTACCATGAGTACAAAAACCTTGAATCAGGCAATGGTATGCATATTTATCAGGTGCTACTCCTTGATCAATCATCTGATTAAATTTCTCCATAGCATCATCCATCTTACCGATTCTGCAGAGGGCAGCAATCACTGACGTATAGGTCACCACATCAGGTTTCACTCCATGGTCTCTCATTTCATTGAAGATGATCATAGCCTTATCTAGCATTCCACAGTTTGCATATGCCTTGATCAGCACACTAAAAGTATAAATGTCAGGTGCAATACCGTCACCTAGCATCAAATCGAAGAGATCTGTCATATCAACTAGACATCCTTTAGTGGCGTACCCGTTGAGCATAATTTTGTAGGAGAAAACATCAGGATTTTGGCCCTTCATTGCCATTGTGTCAAAAACATCTCTAGCTTCCTTGATTTTTCCATACTTGCAAAGGGAACCCATCAACATGTTAAAAGTAACAACATCTGGTAAGATGCTCTGTCTTCTCATTTCTTTAAATACCCTAACTGCCTCCTTCCACTGTCCTGTGGAGGAGTATCCATATATCAAGTTATTATATGTCCAGTTATTTGGCAGACACTTTATTGACATTTGTCGAAGAAAGCCTCTGCTGTCCATTGCTCTGCTTACCAGGCATGATCACAGAGCTATAGTCAACAAATCAGTGATACCCGGCTGTACATTTCTTTGAATAGATCCAATGCTTATTACGTTCACCTCCTTAGAGCGTCGATTACGTATGTAGCACCACGTTCGGGAACGAACGTTCCCCACG
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    • 2014-06-12 13:43:17, 1.2 K

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1楼 2014-06-12 12:55:16
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追邃2015

新虫 (初入文坛)
送红花一朵
引用回帖:
17楼: Originally posted by luwei13566 at 2014-06-13 14:54:07
1.因为你这个引物是简并引物，所以你扩增出的基因两端序列其实你还是不清楚的。所以你连上T载体需要用通用引物去验证。pmD-19T的公司测序就是用的M13R/F引物扩增的。做菌落PCR M13R/F也是可以的。你的模板是cDNA还 ...

模版是cDNA，目的片段620bp，这是我菌落PCR的图片，其中左边Marker1000,前6个样品引物为M13，后六个样品引物是M13和我设计的简并引物，再往后2个是我之前传上去的测序结果的菌落pcr(引物M13),一直找不到原因，为什么测不出来。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。
请问我的菌落PCR测序产物目的片段是什么
PCR M13 3A-3F M13.NR1 A-F 以前结果  2014-06-13 09hr 58min.jpg
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18楼2014-06-13 15:51:50
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liug268

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
追邃2015(西门吹雪170代发): 金币+3, 鼓励回帖交流 2014-06-12 18:52:47
楼主是做玉米的吗？
首先在你的序列里找不到上下游引物的序列。你如果是用PCR扩增的产物测序的那就不会在测得的序列中找到引物序列。
然后，我用你的序列到NCBI里面BLAST了一下，发现跟玉米的PPR-814c mRNA基因cDNA很像。
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2楼2014-06-12 14:31:50
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sometimess

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
怎么在序列里面没有找到该载体的克隆位点、
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3楼2014-06-12 14:51:50
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追邃2015

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by sometimess at 2014-06-12 14:51:50
怎么在序列里面没有找到该载体的克隆位点、

我也不清楚，这就是他给我发的测序结果
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4楼2014-06-12 20:47:52
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