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lifeisall

铜虫 (小有名气)

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[求助] 江湖救急：在amber里跑md轨迹时，遇到很严重的问题，求大神来指教。已有2人参与

我的目的是，跑一个md轨迹，我的输入文件是：

dhfr evb

&cntrl

  ievb = 1,
  irest  = 0, ntx=1,
  ntb = 1,
  ntt = 3, gamma_ln=100.0,
  cut = 10.0,
  nstlim = 40000,
  dt    = 0.0025,
  ntpr = 40, ntave=1,
  ntwr = 400, ntwx = 400, ntwe = 400,
  nscm = 100,
  temp0  = 300.,
  ntf = 1, ntc = 1,
  vlimit=20.0,
  iwrap=1,
/
&ewald
  nfft1 = 120, nfft2 = 120, nfft3 = 120,
/

~

nstlim*dt 是轨迹模拟总时间，老板的要求是nstlim不变，总模拟时间要跑个100ps，200ps，500ps，1ns。
跑出来的结果用vmd看时 : 导入prmtop文件，选择amber 7 parm，导入mdcrd，选择 AMBER Coordinates with periodic box,
在这个输入文件里，其他变量都不变，我发现 dt =0.001时，在vmd里正常，当 dt=0.002时，以及更大时，在vmd里看发现会出现乱七八糟的成键信息，水盒子也乱了，模拟的蛋白质也乱成键。请问这个dt设置受温度限制吗？有遇到同类的问题的吗？该怎么解决。

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