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江湖救急：在amber里跑md轨迹时，遇到很严重的问题，求大神来指教。 已有2人参与
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我的目的是，跑一个md轨迹，我的输入文件是： dhfr evb &cntrl ievb = 1, irest = 0, ntx=1, ntb = 1, ntt = 3, gamma_ln=100.0, cut = 10.0, nstlim = 40000, dt = 0.0025, ntpr = 40, ntave=1, ntwr = 400, ntwx = 400, ntwe = 400, nscm = 100, temp0 = 300., ntf = 1, ntc = 1, vlimit=20.0, iwrap=1, / &ewald nfft1 = 120, nfft2 = 120, nfft3 = 120, / ~ nstlim*dt 是轨迹模拟总时间，老板的要求是nstlim不变，总模拟时间要跑个100ps，200ps，500ps，1ns。 跑出来的结果用vmd看时 : 导入prmtop文件，选择amber 7 parm，导入mdcrd，选择 AMBER Coordinates with periodic box, 在这个输入文件里，其他变量都不变，我发现 dt =0.001时，在vmd里正常，当 dt=0.002时，以及更大时，在vmd里看 发现会出现乱七八糟的成键信息，水盒子也乱了，模拟的蛋白质也乱成键。请问这个dt设置受温度限制吗？有遇到同类的问题的吗？该怎么解决。 |
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【答案】应助回帖
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是不是equilibration没有做好。 按照http://ambermd.org/tutorials/advanced/tutorial8/loop1.htm的步骤重复一次看看。 |
2楼2014-06-07 18:20:45
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3楼2014-06-09 16:11:30