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weskit

[交流] 求助Diamond读取CIF文件后出错.

我用XCIF和SCIF做好了CIF文件后,用Diamond打开后,氢键上的对称操作有的变成了0,0,0.氢键不能定向生长. 请问大家这是什么原因造成的呀,能不能在保留现有氢键的基础上解决呀,因为配合物里的水比较多,费了好大功夫才加好,不想再换了

还有就是,在没用XCIF和SCIF之前用Diamond打开没碰到这种问题,
XCIF和SCIF命令的具体作用是什么?难道不是对CIF文件里的数据进行补全吗?为什么会对数据造成影响呀. 能不能不用这两个命令直接把缺的数据填好呀,这样对发表文章有什么影响没?
呵呵,说的比较多,谢谢大家的帮忙!!! 再次感谢!!!
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zx53376876

木虫 (著名写手)

cif 文件是怎么生成的??
应该是在 ins 文件中 加入 acta 之后 就会自动生成一个 *.cif文件
你用diamond 读这个文件就好了

xcif 生成的文件是为了方便我们阅读,把cif文件进行了格式的转换,diamond不能读这个程序生成的文件。

cif 中的文件都是在ins 中填写的
要是有什么没有填写的就用记事本打开cif文件,
按照 fortun 77 的格式填写,都是asii 码的文字
当然也可以用 编辑cif 的软件 如 encif 等
要想在cif 文件中有H-bond 请在ins文件中键入如下格式:

eqiv $1   -x+2, -y+1, -z+2
eqiv $2 x-1, y, z
eqiv $3 -x+2, -y+2, -z+2
htab O1 O4_$2
htab O1 N5
htab N4 O5_$3
htab N6 O4_$3

xcif 等不能生产氢键,  $3 -x+2, -y+2, -z+2等 在lis 文件中有。

[ Last edited by zx53376876 on 2008-3-24 at 12:00 ]
http://www.othello.cn/bbs/attachments/forumid_9/JY9e_1.gif
2楼2008-03-24 11:56:34
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