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[交流]
求助Diamond读取CIF文件后出错.
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我用XCIF和SCIF做好了CIF文件后,用Diamond打开后,氢键上的对称操作有的变成了0,0,0.氢键不能定向生长. 请问大家这是什么原因造成的呀,能不能在保留现有氢键的基础上解决呀,因为配合物里的水比较多,费了好大功夫才加好,不想再换了 还有就是,在没用XCIF和SCIF之前用Diamond打开没碰到这种问题, XCIF和SCIF命令的具体作用是什么?难道不是对CIF文件里的数据进行补全吗?为什么会对数据造成影响呀. 能不能不用这两个命令直接把缺的数据填好呀,这样对发表文章有什么影响没? 呵呵,说的比较多,谢谢大家的帮忙!!! 再次感谢!!! |
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zx53376876
木虫 (著名写手)
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cif 文件是怎么生成的？？ 应该是在 ins 文件中 加入 acta 之后 就会自动生成一个 *.cif文件 你用diamond 读这个文件就好了 xcif 生成的文件是为了方便我们阅读，把cif文件进行了格式的转换，diamond不能读这个程序生成的文件。 cif 中的文件都是在ins 中填写的 要是有什么没有填写的就用记事本打开cif文件， 按照 fortun 77 的格式填写，都是asii 码的文字 当然也可以用 编辑cif 的软件 如 encif 等 要想在cif 文件中有H-bond 请在ins文件中键入如下格式： eqiv $1 -x+2, -y+1, -z+2 eqiv $2 x-1, y, z eqiv $3 -x+2, -y+2, -z+2 htab O1 O4_$2 htab O1 N5 htab N4 O5_$3 htab N6 O4_$3 xcif 等不能生产氢键， $3 -x+2, -y+2, -z+2等 在lis 文件中有。 [ Last edited by zx53376876 on 2008-3-24 at 12:00 ] |
2楼2008-03-24 11:56:34