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hxppxh

木虫 (正式写手)

[求助] Trinity使用 已有1人参与

我看官网上的说明，Trinity assemble后的分析有这么几种：（http://trinityrnaseq.sourceforge.net/）

    1  Abundance Estimation using RSEM or eXpress, and Visualization using IGV
   2   Differential Expression Analysis using Bioconductor
   3   Protein-coding Region Identification Using TransDecoder
  4   Functional Annotation Using Trinotate
  5  Full-length Transcript Analysis
我目前做了第1和第2个。
请问第三个的输入文件 -t <string> transcripts.fasta 应该是哪一步得到的？是Trinity组装得到的那个fasta文件吗？
第4步需要用到很多软件，这些软件下载后，如何安装呢？
第3步如何和后面的联系在一起？
谢谢！
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1楼 2014-06-05 04:14:30
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wizardfan

至尊木虫 (著名写手)

优秀版主

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
hxppxh(kx444555代发): 金币+3, 鼓励交流 2014-06-06 12:38:17
我感觉这些软件之间没有前后关系，只是说你可以从这几个方面进行分析。不排除其他手段处理数据，比如我们就用了新的分析方法
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2楼2014-06-06 04:24:50
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hxppxh

木虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by wizardfan at 2014-06-06 04:24:50
我感觉这些软件之间没有前后关系，只是说你可以从这几个方面进行分析。不排除其他手段处理数据，比如我们就用了新的分析方法

能介绍一下你们后续是怎么分析的吗？
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3楼2014-06-16 22:50:39
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wizardfan

至尊木虫 (著名写手)

优秀版主
引用回帖:
3楼: Originally posted by hxppxh at 2014-06-16 22:50:39
能介绍一下你们后续是怎么分析的吗？...

proteomics informed by transcriptomics
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4楼2014-06-17 06:36:39
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