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肯能打

金虫 (正式写手)

[求助] 求帮忙解晶体 已有1人参与

原料CuSO4、ZnSO4、反式乌头酸和邻菲啰琳
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1楼 2014-06-04 09:34:52
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肯能打

金虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by wangningsir at 2014-06-04 11:14:31
是Cu的一维链，硫酸根桥连的。只有phen配位。
res:
TITL wn  I2/a
CELL  0.71073    6.9815   13.8958   14.4131    90.000    99.620    90.000
ZERR        4    0.0007    0.0014    0.0013     0.000     0 ...

能把你解完的文件传给我一份吗，谢谢
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3楼2014-06-04 16:24:06
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
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wangningsir

木虫 (著名写手)

上书房行走
是Cu的一维链，硫酸根桥连的。只有phen配位。
res:
TITL wn  I2/a
CELL  0.71073    6.9815   13.8958   14.4131    90.000    99.620    90.000
ZERR        4    0.0007    0.0014    0.0013     0.000     0.004     0.000
LATT 2
SYMM     0.50000 - X ,              Y ,            - Z
SFAC C  H  Cu N  O  S  
UNIT 48  0  4  8  24  4  
OMIT -3 50
L.S. 20
ACTA
BOND $H
FMAP 2
PLAN 100
CONF
WGHT   0.026600   1.346000
FVAR 0.075540
C1     1   0.406119   0.307876   0.180869  11.000000   0.039210 =
           0.042830   0.031460   0.000530  -0.000110  -0.001770
AFIX 43
H1     2   0.432040   0.248351   0.209738  11.000000  -1.200000
AFIX 0
C2     1   0.452293   0.391265   0.234108  11.000000   0.044370 =
           0.063310   0.032130  -0.012470  -0.000270  -0.006170
AFIX 43
H2     2   0.507755   0.386937   0.297287  11.000000  -1.200000
AFIX 0
C3     1   0.415495   0.478704   0.192812  11.000000   0.043400 =
           0.045320   0.047310  -0.023220   0.009640  -0.011240
AFIX 43
H3     2   0.444834   0.534470   0.227997  11.000000  -1.200000
AFIX 0
C4     1   0.333104   0.485231   0.096944  11.000000   0.029050 =
           0.030320   0.049030  -0.010770   0.013770  -0.005050
C5     1   0.291187   0.397881   0.048910  11.000000   0.022050 =
           0.024790   0.034020  -0.002700   0.006670  -0.002090
C6     1   0.289810   0.573203   0.046063  11.000000   0.041390 =
           0.022610   0.069400  -0.008750   0.022900  -0.004980
AFIX 43
H6     2   0.317051   0.631556   0.077063  11.000000  -1.200000
AFIX 0
Cu1    3   0.250000   0.200211   0.000000  10.500000   0.034050 =
           0.018590   0.026990   0.000000  -0.000670   0.000000
N1     4   0.326379   0.310582   0.090331  11.000000   0.026260 =
           0.027700   0.028040  -0.000130   0.001120  -0.000230
O1     5  -0.079680   0.198463   0.035693  11.000000   0.032340 =
           0.031230   0.050360  -0.011310   0.002990  -0.008400
O2     5  -0.297068   0.076453   0.076754  11.000000   0.032680 =
           0.029480   0.038870   0.006630   0.003770   0.004150
O3     5   0.158208   0.103258  -0.098477  11.000000   0.031720 =
           0.023530   0.040250  -0.003690   0.004980   0.000180
S1     6  -0.250000   0.139648   0.000000  10.500000   0.024420 =
           0.020380   0.035490   0.000000   0.000770   0.000000
H3A    2   0.041235   0.094199  -0.092414  11.000000   0.057060
H3B    2   0.205409   0.050881  -0.088613  11.000000   0.042980
HKLF 4 1  0.0000  0.0000 -1.0000  0.0000  1.0000  0.0000  1.0000  0.0000  1.0000
END
HKLF 4 1  0.0000  0.0000 -1.0000  0.0000  1.0000  0.0000  1.0000  0.0000  1.0000
REM  wn in  I2/a
REM R1=  0.0221 for   1141 Fo > 4sig(Fo)  and  0.0243 for all   1221 data
REM    109 parameters refined using      0 restraints

cif:

data_wn

_audit_creation_method            SHELXL-97
_chemical_name_systematic
;
?
;
_chemical_name_common             ?
_chemical_melting_point           ?
_chemical_formula_moiety          ?
_chemical_formula_sum
'C12 H0 Cu N2 O6 S'
_chemical_formula_weight          363.74

loop_
_atom_type_symbol
_atom_type_description
_atom_type_scat_dispersion_real
_atom_type_scat_dispersion_imag
_atom_type_scat_source
'C'  'C'   0.0033   0.0016
'International Tables Vol C Tables 4.2.6.8 and 6.1.1.4'
'H'  'H'   0.0000   0.0000
'International Tables Vol C Tables 4.2.6.8 and 6.1.1.4'
'Cu'  'Cu'   0.3201   1.2651
'International Tables Vol C Tables 4.2.6.8 and 6.1.1.4'
'N'  'N'   0.0061   0.0033
'International Tables Vol C Tables 4.2.6.8 and 6.1.1.4'
'O'  'O'   0.0106   0.0060
'International Tables Vol C Tables 4.2.6.8 and 6.1.1.4'
'S'  'S'   0.1246   0.1234
'International Tables Vol C Tables 4.2.6.8 and 6.1.1.4'

_symmetry_cell_setting            ?
_symmetry_space_group_name_H-M    ?

loop_
_symmetry_equiv_pos_as_xyz
'x, y, z'
'-x+1/2, y, -z'
'x+1/2, y+1/2, z+1/2'
'-x+1, y+1/2, -z+1/2'
'-x, -y, -z'
'x-1/2, -y, z'
'-x+1/2, -y+1/2, -z+1/2'
'x, -y+1/2, z+1/2'

_cell_length_a                    6.9815(7)
_cell_length_b                    13.8958(14)
_cell_length_c                    14.4131(13)
_cell_angle_alpha                 90.00
_cell_angle_beta                  99.620(4)
_cell_angle_gamma                 90.00
_cell_volume                      1378.6(2)
_cell_formula_units_Z             4
_cell_measurement_temperature     293(2)
_cell_measurement_reflns_used     ?
_cell_measurement_theta_min       ?
_cell_measurement_theta_max       ?

_exptl_crystal_description        ?
_exptl_crystal_colour             ?
_exptl_crystal_size_max           ?
_exptl_crystal_size_mid           ?
_exptl_crystal_size_min           ?
_exptl_crystal_density_meas       ?
_exptl_crystal_density_diffrn     1.753
_exptl_crystal_density_method     'not measured'
_exptl_crystal_F_000              716
_exptl_absorpt_coefficient_mu     1.765
_exptl_absorpt_correction_type    ?
_exptl_absorpt_correction_T_min   ?
_exptl_absorpt_correction_T_max   ?
_exptl_absorpt_process_details    ?

_exptl_special_details
;
?
;

_diffrn_ambient_temperature       293(2)
_diffrn_radiation_wavelength      0.71073
_diffrn_radiation_type            MoK\a
_diffrn_radiation_source          'fine-focus sealed tube'
_diffrn_radiation_monochromator   graphite
_diffrn_measurement_device_type   ?
_diffrn_measurement_method        ?
_diffrn_detector_area_resol_mean  ?
_diffrn_standards_number          ?
_diffrn_standards_interval_count  ?
_diffrn_standards_interval_time   ?
_diffrn_standards_decay_%         ?
_diffrn_reflns_number             3426
_diffrn_reflns_av_R_equivalents   0.0180
_diffrn_reflns_av_sigmaI/netI     0.0210
_diffrn_reflns_limit_h_min        -8
_diffrn_reflns_limit_h_max        8
_diffrn_reflns_limit_k_min        -16
_diffrn_reflns_limit_k_max        14
_diffrn_reflns_limit_l_min        -15
_diffrn_reflns_limit_l_max        17
_diffrn_reflns_theta_min          2.05
_diffrn_reflns_theta_max          25.00
_reflns_number_total              1221
_reflns_number_gt                 1141
_reflns_threshold_expression      >2sigma(I)

_computing_data_collection        ?
_computing_cell_refinement        ?
_computing_data_reduction         ?
_computing_structure_solution     'SHELXS-97 (Sheldrick, 1990)'
_computing_structure_refinement   'SHELXL-97 (Sheldrick, 1997)'
_computing_molecular_graphics     ?
_computing_publication_material   ?

_refine_special_details
;
Refinement of F^2^ against ALL reflections.  The weighted R-factor wR and
goodness of fit S are based on F^2^, conventional R-factors R are based
on F, with F set to zero for negative F^2^. The threshold expression of
F^2^ > 2sigma(F^2^) is used only for calculating R-factors(gt) etc. and is
not relevant to the choice of reflections for refinement.  R-factors based
on F^2^ are statistically about twice as large as those based on F, and R-
factors based on ALL data will be even larger.
;

_refine_ls_structure_factor_coef  Fsqd  
_refine_ls_matrix_type            full
_refine_ls_weighting_scheme       calc  
_refine_ls_weighting_details
'calc w=1/[\s^2^(Fo^2^)+(0.0266P)^2^+1.3460P] where P=(Fo^2^+2Fc^2^)/3'
_atom_sites_solution_primary      direct
_atom_sites_solution_secondary    difmap
_atom_sites_solution_hydrogens    geom
_refine_ls_hydrogen_treatment     mixed
_refine_ls_extinction_method      none
_refine_ls_extinction_coef        ?
_refine_ls_number_reflns          1221
_refine_ls_number_parameters      109
_refine_ls_number_restraints      0
_refine_ls_R_factor_all           0.0243
_refine_ls_R_factor_gt            0.0221
_refine_ls_wR_factor_ref          0.0598
_refine_ls_wR_factor_gt           0.0586
_refine_ls_goodness_of_fit_ref    1.116
_refine_ls_restrained_S_all       1.116
_refine_ls_shift/su_max           0.000
_refine_ls_shift/su_mean          0.000

loop_
_atom_site_label
_atom_site_type_symbol
_atom_site_fract_x
_atom_site_fract_y
_atom_site_fract_z
_atom_site_U_iso_or_equiv
_atom_site_adp_type
_atom_site_occupancy
_atom_site_symmetry_multiplicity
_atom_site_calc_flag
_atom_site_refinement_flags
_atom_site_disorder_assembly
_atom_site_disorder_group
C1 C 0.4061(3) 0.30788(17) 0.18087(16) 0.0385(5) Uani 1 1 d . . .
H1 H 0.4320 0.2484 0.2097 0.046 Uiso 1 1 calc R . .
C2 C 0.4523(4) 0.3913(2) 0.23411(17) 0.0474(6) Uani 1 1 d . . .
H2 H 0.5078 0.3869 0.2973 0.057 Uiso 1 1 calc R . .
C3 C 0.4155(4) 0.47870(18) 0.19281(18) 0.0451(6) Uani 1 1 d . . .
H3 H 0.4448 0.5345 0.2280 0.054 Uiso 1 1 calc R . .
C4 C 0.3331(3) 0.48523(16) 0.09694(17) 0.0353(5) Uani 1 1 d . . .
C5 C 0.2912(3) 0.39788(14) 0.04891(14) 0.0267(4) Uani 1 1 d . . .
C6 C 0.2898(3) 0.57320(16) 0.04606(17) 0.0429(6) Uani 1 1 d . . .
H6 H 0.3171 0.6316 0.0771 0.051 Uiso 1 1 calc R . .
Cu1 Cu 0.2500 0.20021(2) 0.0000 0.02720(14) Uani 1 2 d S . .
N1 N 0.3264(2) 0.31058(12) 0.09033(12) 0.0277(4) Uani 1 1 d . . .
O1 O -0.0797(2) 0.19846(10) 0.03569(12) 0.0384(4) Uani 1 1 d . . .
O2 O -0.2971(2) 0.07645(10) 0.07675(10) 0.0339(4) Uani 1 1 d . . .
O3 O 0.1582(3) 0.10326(11) -0.09848(11) 0.0319(3) Uani 1 1 d . . .
S1 S -0.2500 0.13965(5) 0.0000 0.02725(18) Uani 1 2 d S . .
H3A H 0.041(4) 0.094(2) -0.0924(19) 0.057(9) Uiso 1 1 d . . .
H3B H 0.205(4) 0.051(2) -0.0886(18) 0.043(8) Uiso 1 1 d . . .

loop_
_atom_site_aniso_label
_atom_site_aniso_U_11
_atom_site_aniso_U_22
_atom_site_aniso_U_33
_atom_site_aniso_U_23
_atom_site_aniso_U_13
_atom_site_aniso_U_12
C1 0.0392(13) 0.0428(13) 0.0315(12) 0.0005(10) -0.0001(10) -0.0018(10)
C2 0.0444(15) 0.0633(17) 0.0321(12) -0.0125(12) -0.0003(10) -0.0062(12)
C3 0.0434(14) 0.0453(14) 0.0473(14) -0.0232(12) 0.0096(11) -0.0112(11)
C4 0.0290(11) 0.0303(11) 0.0490(13) -0.0108(10) 0.0138(10) -0.0050(9)
C5 0.0221(10) 0.0248(10) 0.0340(11) -0.0027(9) 0.0067(8) -0.0021(8)
C6 0.0414(14) 0.0226(11) 0.0694(15) -0.0088(10) 0.0229(12) -0.0050(9)
Cu1 0.0340(2) 0.0186(2) 0.0270(2) 0.000 -0.00067(15) 0.000
N1 0.0263(9) 0.0277(9) 0.0280(9) -0.0001(7) 0.0011(7) -0.0002(7)
O1 0.0323(9) 0.0312(9) 0.0504(10) -0.0113(7) 0.0030(7) -0.0084(6)
O2 0.0327(8) 0.0295(8) 0.0389(8) 0.0066(6) 0.0038(6) 0.0042(6)
O3 0.0317(9) 0.0235(8) 0.0402(9) -0.0037(7) 0.0050(7) 0.0002(7)
S1 0.0244(4) 0.0204(3) 0.0355(4) 0.000 0.0008(3) 0.000

_geom_special_details
;
All esds (except the esd in the dihedral angle between two l.s. planes)
are estimated using the full covariance matrix.  The cell esds are taken
into account individually in the estimation of esds in distances, angles
and torsion angles; correlations between esds in cell parameters are only
used when they are defined by crystal symmetry.  An approximate (isotropic)
treatment of cell esds is used for estimating esds involving l.s. planes.
;

loop_
_geom_bond_atom_site_label_1
_geom_bond_atom_site_label_2
_geom_bond_distance
_geom_bond_site_symmetry_2
_geom_bond_publ_flag
C1 N1 1.331(3) . ?
C1 C2 1.397(3) . ?
C1 H1 0.9300 . ?
C2 C3 1.358(4) . ?
C2 H2 0.9300 . ?
C3 C4 1.408(4) . ?
C3 H3 0.9300 . ?
C4 C5 1.404(3) . ?
C4 C6 1.432(3) . ?
C5 N1 1.356(3) . ?
C5 C5 1.431(4) 2 ?
C6 C6 1.351(5) 2 ?
C6 H6 0.9300 . ?
Cu1 O3 1.9840(15) . ?
Cu1 O3 1.9840(15) 2 ?
Cu1 N1 2.0247(17) . ?
Cu1 N1 2.0247(17) 2 ?
O1 S1 1.4636(15) . ?
O2 S1 1.4915(15) . ?
O3 H3A 0.85(3) . ?
O3 H3B 0.80(3) . ?
S1 O1 1.4636(15) 2_455 ?
S1 O2 1.4915(15) 2_455 ?

loop_
_geom_angle_atom_site_label_1
_geom_angle_atom_site_label_2
_geom_angle_atom_site_label_3
_geom_angle
_geom_angle_site_symmetry_1
_geom_angle_site_symmetry_3
_geom_angle_publ_flag
N1 C1 C2 122.4(2) . . ?
N1 C1 H1 118.8 . . ?
C2 C1 H1 118.8 . . ?
C3 C2 C1 119.5(2) . . ?
C3 C2 H2 120.3 . . ?
C1 C2 H2 120.3 . . ?
C2 C3 C4 120.3(2) . . ?
C2 C3 H3 119.9 . . ?
C4 C3 H3 119.9 . . ?
C5 C4 C3 116.5(2) . . ?
C5 C4 C6 118.5(2) . . ?
C3 C4 C6 125.1(2) . . ?
N1 C5 C4 123.29(19) . . ?
N1 C5 C5 116.56(11) . 2 ?
C4 C5 C5 120.15(13) . 2 ?
C6 C6 C4 121.36(13) 2 . ?
C6 C6 H6 119.3 2 . ?
C4 C6 H6 119.3 . . ?
O3 Cu1 O3 94.46(10) . 2 ?
O3 Cu1 N1 173.34(7) . . ?
O3 Cu1 N1 92.03(7) 2 . ?
O3 Cu1 N1 92.03(7) . 2 ?
O3 Cu1 N1 173.34(7) 2 2 ?
N1 Cu1 N1 81.52(9) . 2 ?
C1 N1 C5 118.18(18) . . ?
C1 N1 Cu1 129.13(15) . . ?
C5 N1 Cu1 112.68(13) . . ?
Cu1 O3 H3A 103.3(19) . . ?
Cu1 O3 H3B 114.6(19) . . ?
H3A O3 H3B 103(3) . . ?
O1 S1 O1 112.11(13) . 2_455 ?
O1 S1 O2 108.83(8) . 2_455 ?
O1 S1 O2 109.56(9) 2_455 2_455 ?
O1 S1 O2 109.56(9) . . ?
O1 S1 O2 108.83(8) 2_455 . ?
O2 S1 O2 107.86(12) 2_455 . ?

loop_
_geom_torsion_atom_site_label_1
_geom_torsion_atom_site_label_2
_geom_torsion_atom_site_label_3
_geom_torsion_atom_site_label_4
_geom_torsion
_geom_torsion_site_symmetry_1
_geom_torsion_site_symmetry_2
_geom_torsion_site_symmetry_3
_geom_torsion_site_symmetry_4
_geom_torsion_publ_flag
N1 C1 C2 C3 -0.1(4) . . . . ?
C1 C2 C3 C4 -0.6(4) . . . . ?
C2 C3 C4 C5 0.6(3) . . . . ?
C2 C3 C4 C6 -179.4(2) . . . . ?
C3 C4 C5 N1 -0.1(3) . . . . ?
C6 C4 C5 N1 180.0(2) . . . . ?
C3 C4 C5 C5 -179.5(2) . . . 2 ?
C6 C4 C5 C5 0.6(4) . . . 2 ?
C5 C4 C6 C6 0.1(4) . . . 2 ?
C3 C4 C6 C6 -179.9(3) . . . 2 ?
C2 C1 N1 C5 0.7(3) . . . . ?
C2 C1 N1 Cu1 179.45(17) . . . . ?
C4 C5 N1 C1 -0.6(3) . . . . ?
C5 C5 N1 C1 178.8(2) 2 . . . ?
C4 C5 N1 Cu1 -179.56(16) . . . . ?
C5 C5 N1 Cu1 -0.1(3) 2 . . . ?
O3 Cu1 N1 C1 166.7(5) . . . . ?
O3 Cu1 N1 C1 -0.5(2) 2 . . . ?
N1 Cu1 N1 C1 -178.8(2) 2 . . . ?
O3 Cu1 N1 C5 -14.5(7) . . . . ?
O3 Cu1 N1 C5 178.38(14) 2 . . . ?
N1 Cu1 N1 C5 0.05(10) 2 . . . ?

_diffrn_measured_fraction_theta_max    0.998
_diffrn_reflns_theta_full              25.00
_diffrn_measured_fraction_theta_full   0.998
_refine_diff_density_max    0.219
_refine_diff_density_min   -0.252
_refine_diff_density_rms    0.052
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文艺青年researchid: http://www.researcherid.com/rid/G-7891-2011
2楼2014-06-04 11:14:31
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专家顾问 (文坛精英)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
肯能打: 金币+20 2014-06-05 09:15:06
我也解完了，但是Cu还是Zn真的不好定
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    • 2014-06-04 20:45:00, 646.26 K
以大多数人的努力程度，还轮不到去拼天赋的地步
4楼2014-06-04 20:45:19
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wangningsir

木虫 (著名写手)

上书房行走
引用回帖:
3楼: Originally posted by 肯能打 at 2014-06-04 16:24:06
能把你解完的文件传给我一份吗，谢谢...

res和cif直接copy到txt文件中，再把文件后缀分别改为res, cif就行了
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文艺青年researchid: http://www.researcherid.com/rid/G-7891-2011
5楼2014-06-04 21:22:43
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