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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » PCR相关 » DGGE中用条带亮度不能代表菌株是否是优势菌吗？生物侠们来瞅瞅~
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jinzhan991

金虫 (小有名气)

[求助] DGGE中用条带亮度不能代表菌株是否是优势菌吗？生物侠们来瞅瞅~ 已有1人参与

各位生物大侠：
本人做工程的，用了DGGE表征自己系统的微生物结构，对比两样品，同位置不同亮度来说明该菌在整个群落里是衰弱了还是占优势了。论文投出后，一专家认为我的DGGE说明有问题，原话如下“the use of the brightest band sequences to identify the main populations does not guarantee a proper description of the communities.”   实在是不太懂，如果不能这么说明，要这么解释类？多谢多谢！
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1楼 2014-05-30 09:52:12
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grase

捐助贵宾 (职业作家)
★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
jinzhan991(西门吹雪170代发): 金币+2, 鼓励回帖交流 2014-05-30 13:00:51
PCR条带的明亮跟很多因素有关系，都放大了很多倍了，当然不能说明条带量就是就这个菌的占的多。如果要说明，需要用定量方法说明在群里中各菌的绝对或者相对的量，才可以。
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2楼2014-05-30 11:03:37
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liuchi0426

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jinzhan991(西门吹雪170代发): 金币+3, 鼓励回帖交流 2014-06-03 09:46:18
jinzhan991: 金币+10, ★★★很有帮助, 久等了 我最近在学quangtity one 2014-06-11 09:10:26
审稿人一针见血的指出了你的问题，DGGE的条带亮度是要用quantity one 软件转换后进行计算的，你只是说那个亮那个不亮，没有数据支持肯定不行的，就像统计里的p值和power一样都有要求的，所以你要给出个显著性检验才对，我们这些做群落高通量测序的，对这个特敏感
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Iamthebest!
3楼2014-05-30 22:52:24
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jinzhan991

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by grase at 2014-05-30 11:03:37
PCR条带的明亮跟很多因素有关系，都放大了很多倍了，当然不能说明条带量就是就这个菌的占的多。如果要说明，需要用定量方法说明在群里中各菌的绝对或者相对的量，才可以。

不是PCR的，是DGGE的条带哦
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4楼2014-05-30 23:23:18
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jinzhan991

金虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by liuchi0426 at 2014-05-30 22:52:24
审稿人一针见血的指出了你的问题，DGGE的条带亮度是要用quantity one 软件转换后进行计算的，你只是说那个亮那个不亮，没有数据支持肯定不行的，就像统计里的p值和power一样都有要求的，所以你要给出个显著性检验才 ...

你的意思是用quantity one 软件计算出每个条带的强度值，再用显著性检验，然后才能说明这个强度最大的菌种在群落里占优势？这个有没类似的参考文献可提供下的 多谢了~~
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5楼2014-05-30 23:26:35
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grase

捐助贵宾 (职业作家)
引用回帖:
4楼: Originally posted by jinzhan991 at 2014-05-30 23:23:18
不是PCR的，是DGGE的条带哦...

DGGE的条带难道不是PCR产物跑出来的？再怎么定了也不会准确的。考虑其他方法定量。
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6楼2014-06-03 08:42:12
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grase

捐助贵宾 (职业作家)
引用回帖:
5楼: Originally posted by jinzhan991 at 2014-05-30 23:26:35
你的意思是用quantity one 软件计算出每个条带的强度值，再用显著性检验，然后才能说明这个强度最大的菌种在群落里占优势？这个有没类似的参考文献可提供下的 多谢了~~...

这个方法不可取。
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7楼2014-06-03 08:42:50
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jinzhan991

金虫 (小有名气)
引用回帖:
7楼: Originally posted by grase at 2014-06-03 08:42:50
这个方法不可取。...

？
8楼2014-06-03 14:47:53
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jinzhan991

金虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by liuchi0426 at 2014-05-30 22:52:24
审稿人一针见血的指出了你的问题，DGGE的条带亮度是要用quantity one 软件转换后进行计算的，你只是说那个亮那个不亮，没有数据支持肯定不行的，就像统计里的p值和power一样都有要求的，所以你要给出个显著性检验才 ...

高手，显著性检验什么的怎么做？
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9楼2014-06-03 14:48:13
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