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北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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jinzhan991

金虫 (小有名气)

[求助] DGGE中用条带亮度不能代表菌株是否是优势菌吗?生物侠们来瞅瞅~ 已有1人参与

各位生物大侠:
本人做工程的,用了DGGE表征自己系统的微生物结构,对比两样品,同位置不同亮度来说明该菌在整个群落里是衰弱了还是占优势了。论文投出后,一专家认为我的DGGE说明有问题,原话如下“the use of the brightest band sequences to identify the main populations does not guarantee a proper description of the communities.”   实在是不太懂,如果不能这么说明,要这么解释类?多谢多谢!
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grase

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★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
jinzhan991(西门吹雪170代发): 金币+2, 鼓励回帖交流 2014-05-30 13:00:51
PCR条带的明亮跟很多因素有关系,都放大了很多倍了,当然不能说明条带量就是就这个菌的占的多。如果要说明,需要用定量方法说明在群里中各菌的绝对或者相对的量,才可以。
2楼2014-05-30 11:03:37
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liuchi0426

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
jinzhan991(西门吹雪170代发): 金币+3, 鼓励回帖交流 2014-06-03 09:46:18
jinzhan991: 金币+10, ★★★很有帮助, 久等了 我最近在学quangtity one 2014-06-11 09:10:26
审稿人一针见血的指出了你的问题,DGGE的条带亮度是要用quantity one 软件转换后进行计算的,你只是说那个亮那个不亮,没有数据支持肯定不行的,就像统计里的p值和power一样都有要求的,所以你要给出个显著性检验才对,我们这些做群落高通量测序的,对这个特敏感
Iamthebest!
3楼2014-05-30 22:52:24
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jinzhan991

金虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by grase at 2014-05-30 11:03:37
PCR条带的明亮跟很多因素有关系,都放大了很多倍了,当然不能说明条带量就是就这个菌的占的多。如果要说明,需要用定量方法说明在群里中各菌的绝对或者相对的量,才可以。

不是PCR的,是DGGE的条带哦
4楼2014-05-30 23:23:18
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jinzhan991

金虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by liuchi0426 at 2014-05-30 22:52:24
审稿人一针见血的指出了你的问题,DGGE的条带亮度是要用quantity one 软件转换后进行计算的,你只是说那个亮那个不亮,没有数据支持肯定不行的,就像统计里的p值和power一样都有要求的,所以你要给出个显著性检验才 ...

你的意思是用quantity one 软件计算出每个条带的强度值,再用显著性检验,然后才能说明这个强度最大的菌种在群落里占优势?这个有没类似的参考文献可提供下的 多谢了~~
5楼2014-05-30 23:26:35
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grase

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引用回帖:
4楼: Originally posted by jinzhan991 at 2014-05-30 23:23:18
不是PCR的,是DGGE的条带哦...

DGGE的条带难道不是PCR产物跑出来的?再怎么定了也不会准确的。考虑其他方法定量。
6楼2014-06-03 08:42:12
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grase

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引用回帖:
5楼: Originally posted by jinzhan991 at 2014-05-30 23:26:35
你的意思是用quantity one 软件计算出每个条带的强度值,再用显著性检验,然后才能说明这个强度最大的菌种在群落里占优势?这个有没类似的参考文献可提供下的 多谢了~~...

这个方法不可取。
7楼2014-06-03 08:42:50
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jinzhan991

金虫 (小有名气)

引用回帖:
7楼: Originally posted by grase at 2014-06-03 08:42:50
这个方法不可取。...

8楼2014-06-03 14:47:53
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jinzhan991

金虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by liuchi0426 at 2014-05-30 22:52:24
审稿人一针见血的指出了你的问题,DGGE的条带亮度是要用quantity one 软件转换后进行计算的,你只是说那个亮那个不亮,没有数据支持肯定不行的,就像统计里的p值和power一样都有要求的,所以你要给出个显著性检验才 ...

高手,显著性检验什么的怎么做?
9楼2014-06-03 14:48:13
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