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laughingjudy新虫 (初入文坛)
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[求助]
求帮忙看一个TIP4P水分子in文件，提示Invalid atom type in create_atoms mol command
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IN文件如下： # 3d TIP4P water model units real variable T equal 298.16 variable P equal 1 atom_style full dimension 3 boundary p p p molecule H2O h2o.txt lattice fcc 8 orient x 1 0 0 orient y 0 1 0 orient z 0 0 1 region box block 0 4 0 4 0 4 create_box 1 box bond/types 1 angle/types 1 create_atoms 1 box mol H2O 4928458 mass 3 15.9994 mass 4 1.008 bond_style harmonic bond_coeff 1 450 0.9572 angle_style harmonic angle_coeff 1 55 104.52 pair_style lj/cut/tip4p/cut 1 2 1 1 0.15 9 8.5 pair_coeff 3 3 0.1550 3.1536 neighbor 2.0 bin neigh_modify delay 5 every 1 velocity all create $T 102486 dist gaussion timestep 0.01 thermo 1000 fix 1 all shake 0.0001 100 1000 b 1 a 1 fix 2 all npt temp $T $T 100 iso $P $P 1000 drag 0.2 run 1000 h2o.txt如下： #water 3 atoms 2 bonds 1 angles Coords 1 0 0 0 2 0.9572 0 0 3 -0.9572*sin14.52 -0.9572*cos14.52 0 Types 1 1 2 2 3 2 Charges 1 -1.040 2 0.520 3 0.520 Bonds 1 1 1 2 2 1 1 3 Angles 1 1 2 1 3 Shake Flags 1 1 2 1 3 1 Shake Atoms 1 1 2 3 2 1 2 3 3 1 2 3 Shake Bond Types 1 1 1 1 2 1 1 1 3 1 1 1 log文件提示如下： LAMMPS (10 May 2014-ICMS) WARNING: OMP_NUM_THREADS environment is not set. (../comm.cpp:100) using 1 OpenMP thread(s) per MPI task # 3d TIP4P water model units real variable T equal 298.16 variable P equal 1 atom_style full dimension 3 boundary p p p molecule H2O h2o.txt lattice fcc 8 orient x 1 0 0 orient y 0 1 0 orient z 0 0 1 Lattice spacing in x,y,z = 8 8 8 region box block 0 4 0 4 0 4 create_box 1 box bond/types 1 angle/types 1 Created orthogonal box = (0 0 0) to (32 32 32) 1 by 1 by 1 MPI processor grid create_atoms 1 box mol H2O 4928458 ERROR: Invalid atom type in create_atoms mol command (../create_atoms.cpp:166) 不明白是少了语句呢 还是哪里写错了。请各位大神帮忙解答啊  |
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@御剑江湖
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