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北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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missducksong

铜虫 (小有名气)

[求助] 使用Multiwfn计算的乙醇体积和查到的数据偏差很大,求前辈解析原因! 已有1人参与

1、本人使用Multiwfn计算出的乙醇体积为74.63736 angstromˆ3;
2、在网站http://www.basechem.org/chemical/1182查到的乙醇范德华体积为:31.940(cm3·mol-1);
3、又单位换算:1 angstrom=0.1纳米;
算出的数据和网上查到的数据差别怎么这么大呢?这数据还能用吗?是哪边出问题了呢?求指导,谢谢!
使用Multiwfn计算的乙醇体积和查到的数据偏差很大,求前辈解析原因!
乙醇数据.jpg
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sobereva

至尊木虫 (著名写手)

本人已永久离开小木虫


引用回帖:
7楼: Originally posted by missducksong at 2014-05-26 22:11:41
在0.002等值面下,使用multiwfn程序重新对乙醇(C2H6O)的分子表面进行了分析。
得出:(1)体积=60.46545angstromˆ3;(2)面积=82.42776angstromˆ2

这些值和在物竞化学品数据库http://www.basechem.or ...

还是要先搞清楚数据库里查出来的数值是怎么得到的,不知道原理就没法比较。有些数据库里给出的分子描述符只是用很简单、粗糙的模型估计的。
8楼2014-05-26 23:21:35
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sobereva

至尊木虫 (著名写手)

本人已永久离开小木虫


【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
missducksong: 金币+5, ★★★★★最佳答案, 感谢指导,很有用! 2014-05-26 17:41:05
有几个问题要注意
1 Multiwfn默认的电子密度0.001等值面定义的范德华表面是气相的,分子间没有接触、挤压,必然偏大。通常推荐用0.002等值面当成凝聚相的范德华体积
2 你查到的体积数据是具体怎么得来的,这得搞清楚。应该手动算一下是不是通过密度和分子质量换算来的。
3 假设你查到的就是换算而来的,Multiwfn算出来的与它也必然有差异。如《谈谈分子体积的计算》(http://hi.baidu.com/sobereva/item/2707923863a0fd5b80f1a7df)所讨论的,从计算角度上来说,体积的定义本来就是含糊的,虽然0.002等值面是一种相对较为合理、有意义的定义,但这样得到的终究是单分子性质,只考虑单个分子自身。而查到的则是从分子凝聚相性质(密度)上换算来的。由于分子间复杂的相互作用,不可能那么简单地就很好对应上。但可以拟合个方程来将0.002等值面包围的体积和实验体积关联起来。

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2楼2014-05-26 15:07:21
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missducksong

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by sobereva at 2014-05-26 15:07:21
有几个问题要注意
1 Multiwfn默认的电子密度0.001等值面定义的范德华表面是气相的,分子间没有接触、挤压,必然偏大。通常推荐用0.002等值面当成凝聚相的范德华体积
2 你查到的体积数据是具体怎么得来的,这得搞清 ...

前辈,不好意思。我不是专门研究量化的,好多都是初接触,所以问的问题有点儿拙劣,望不要介怀。我是真心过来学习、请教的。

现在的问题是:如何调整Multiwfn的电子密度等值面的值,使其从默认的0.001转化为需要用到的0.002等值面呢?
没有查到切实可行的相关资料,哎!
.
3楼2014-05-26 20:11:03
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missducksong

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by missducksong at 2014-05-26 20:11:03
前辈,不好意思。我不是专门研究量化的,好多都是初接触,所以问的问题有点儿拙劣,望不要介怀。我是真心过来学习、请教的。

现在的问题是:如何调整Multiwfn的电子密度等值面的值,使其从默认的0.001转化为需要 ...

我看前辈sobereva文章中讲:采用MT算法构建的电子密度为0.001等值面;;那采用什么方法才可以构建的电子密度为0.002等值面呢?
.
4楼2014-05-26 20:18:18
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