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triiawypm

银虫 (正式写手)

[求助] 求助一个无序精修与固定苯环的问题。 已有1人参与

我的C30-C35是一个苯环，其中C31 C33 C34 C35存在无序，予以分组处理，另外希望对C30 c31 c32 c33 c34 c35和C30 31' c32 c33' c34' c35'这两个苯环用Afix 66命令进行限制，请问这命令应该怎么写？谢谢大家。

分组部分：part 1
C31   1    1.084207    0.479182    0.817848    21.00000    0.12725    0.05095 =
         0.05751    0.00436   -0.00971   -0.01105
C33   1    1.060116    0.422962    0.724847    21.00000    0.07854    0.04266 =
         0.11569   -0.01077    0.04771   -0.00472
C34   1    1.143010    0.468273    0.707138    21.00000    0.14060    0.09575 =
         0.07561   -0.05201    0.06703   -0.05606
C35   1    1.180678    0.520720    0.746813    21.00000    0.09820    0.06479 =
         0.06975   -0.02917    0.05309   -0.03539
part 2
C31'  1    1.035878    0.493376    0.821151   -21.00000    0.03653    0.02690 =
         0.05104   -0.01767    0.02289   -0.00859
C33'  1    1.033258    0.443759    0.711887   -21.00000    0.08819    0.03416 =
         0.10410   -0.06518    0.05172   -0.02281
C34'  1    1.020945    0.503483    0.682272   -21.00000    0.10937    0.11214 =
         0.04136   -0.02805    0.01077   -0.03613
C35'  1    1.065123    0.552361    0.730172   -21.00000    0.10394    0.10593 =
         0.02779    0.00217    0.00726   -0.04156
part 0

另外还有两个正常的原子：C30   1    1.121338    0.533419    0.800599    11.00000    0.04422    0.03720 =
         0.03071   -0.00790    0.01735   -0.00507
C32   1    1.023180    0.434758    0.780232    11.00000    0.13066    0.07145 =
         0.07829   -0.00729   -0.01332   -0.03825
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1楼 2014-05-22 16:08:23
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xja1830

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
triiawypm: 金币+30, ★★★★★最佳答案, 我这个问题基本解决了，还想问一下，苯环中没有提示需要Split的那两个原子，如果参与分组坐标什么的应该怎么写？写一样的？稍微改一点？非常感谢。 2014-05-22 19:52:54
我明白你的意思了，你那个分子是一个苯环有四个原子无序，所以做了分组，这种情况应该不妥。苯环是平面分子，所以无序的话只能对整个分子分组精修并对两个平面进行单独固定。
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以一颗执着不变的心，勇往直前，迎向未来。
6楼2014-05-22 16:43:05
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xja1830

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
afix 66
C1……
C2……
C3……
C4……
C5……
C6……
afix 0
afix 66命令作用于苯环相应的六个碳原子。
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以一颗执着不变的心，勇往直前，迎向未来。
2楼2014-05-22 16:16:57
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triiawypm

银虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by xja1830 at 2014-05-22 16:16:57
afix 66
C1……
C2……
C3……
C4……
C5……
C6……
afix 0
afix 66命令作用于苯环相应的六个碳原子。

但是我这里一部分苯环原子无序，应该如何写Afix 66命令呢？这不就出现part命令与Afix命令交叉了吗？
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3楼2014-05-22 16:22:48
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xja1830

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

可以把afix 66命令放part 里面精修的。你试试！
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以一颗执着不变的心，勇往直前，迎向未来。
4楼2014-05-22 16:34:11
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