应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » ibelly问题
51/1返回列表
查看: 975  |  回复: 6
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

zyx19840227

捐助贵宾 (小有名气)

[求助] ibelly问题 已有1人参与

请问，用ibelly限制蛋白和抑制剂，水分子溶剂完全不加约束，跑heat为什么蛋白和抑制剂还是会动，如何才能让蛋白和抑制剂完全固定啊？用ntr约束貌似不是完全固定，即使加再大的力常数也会有或大或小的运动。。
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
youarewhatyouthinkof
1楼 2014-05-19 01:17:49
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zyx19840227

捐助贵宾 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by yyuan8658 at 2014-05-19 15:10:19
我做过的体系里ibelly中指定以外的原子都是不动的啊。
你确定你的输入文件没错？...

我的体系1-531是蛋白，532是小分子抑制剂，533-16168是中和离子及水分子，以下是我的输入文件

# Control section
&cntrl
nstlim=500000, dt=0.001,
ntx=1, irest=0,
ntpr=1000, ntwr=1000,ntwx=1000,
tempi=10, temp0=298.15,  ntt=1, tautp=2.0, ig=-1,
ntb=2, ntp=1, taup=2.0,
cut=10.0,
ibelly=1,
bellymask=':533-16168'
&end
&ewald
&end
赞一下 回复此楼
youarewhatyouthinkof
5楼2014-05-19 16:12:33
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 7 个回答

yyuan8658

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2014-05-30 19:00:29
ibelly是指定可以动的原子，没指定的原子都是不动的啊！
ntr是对某些原子加上限制，所以还是会动的。
赞一下 回复此楼
2楼2014-05-19 09:38:44
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zyx19840227

捐助贵宾 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by yyuan8658 at 2014-05-19 09:38:44
ibelly是指定可以动的原子，没指定的原子都是不动的啊！
ntr是对某些原子加上限制，所以还是会动的。

多谢回复

我现在的问题是把所有水分子跟中和离子都给ibelly，设定为可以动，
蛋白质和小分子抑制剂就应该完全不动才对，结果发现跑500ps NVT heat时蛋白和抑制剂之间会有相对位移，是不是因为我这个体系加水后密度为0.8，不是1左右啊，在加热过程中发现体积会变小，密度逐渐趋向于1左右
赞一下 回复此楼
youarewhatyouthinkof
3楼2014-05-19 11:08:39
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yyuan8658

金虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by zyx19840227 at 2014-05-19 11:08:39
多谢回复

我现在的问题是把所有水分子跟中和离子都给ibelly，设定为可以动，
蛋白质和小分子抑制剂就应该完全不动才对，结果发现跑500ps NVT heat时蛋白和抑制剂之间会有相对位移，是不是因为我这个体系加水后 ...

我做过的体系里ibelly中指定以外的原子都是不动的啊。
你确定你的输入文件没错？
赞一下(1人) 回复此楼
4楼2014-05-19 15:10:19
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 7 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭