应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » ibelly问题
51/1返回列表
查看: 1131  |  回复: 6
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

zyx19840227

捐助贵宾 (小有名气)

[求助] ibelly问题 已有1人参与

请问，用ibelly限制蛋白和抑制剂，水分子溶剂完全不加约束，跑heat为什么蛋白和抑制剂还是会动，如何才能让蛋白和抑制剂完全固定啊？用ntr约束貌似不是完全固定，即使加再大的力常数也会有或大或小的运动。。
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
youarewhatyouthinkof
1楼 2014-05-19 01:17:49
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zyx19840227

捐助贵宾 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by yyuan8658 at 2014-05-19 15:10:19
我做过的体系里ibelly中指定以外的原子都是不动的啊。
你确定你的输入文件没错？...

我的体系1-531是蛋白，532是小分子抑制剂，533-16168是中和离子及水分子，以下是我的输入文件

# Control section
&cntrl
nstlim=500000, dt=0.001,
ntx=1, irest=0,
ntpr=1000, ntwr=1000,ntwx=1000,
tempi=10, temp0=298.15,  ntt=1, tautp=2.0, ig=-1,
ntb=2, ntp=1, taup=2.0,
cut=10.0,
ibelly=1,
bellymask=':533-16168'
&end
&ewald
&end
赞一下 回复此楼
youarewhatyouthinkof
5楼2014-05-19 16:12:33
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 7 个回答

yyuan8658

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2014-05-30 19:00:29
ibelly是指定可以动的原子，没指定的原子都是不动的啊！
ntr是对某些原子加上限制，所以还是会动的。
赞一下 回复此楼
2楼2014-05-19 09:38:44
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zyx19840227

捐助贵宾 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by yyuan8658 at 2014-05-19 09:38:44
ibelly是指定可以动的原子，没指定的原子都是不动的啊！
ntr是对某些原子加上限制，所以还是会动的。

多谢回复

我现在的问题是把所有水分子跟中和离子都给ibelly，设定为可以动，
蛋白质和小分子抑制剂就应该完全不动才对，结果发现跑500ps NVT heat时蛋白和抑制剂之间会有相对位移，是不是因为我这个体系加水后密度为0.8，不是1左右啊，在加热过程中发现体积会变小，密度逐渐趋向于1左右
赞一下 回复此楼
youarewhatyouthinkof
3楼2014-05-19 11:08:39
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yyuan8658

金虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by zyx19840227 at 2014-05-19 11:08:39
多谢回复

我现在的问题是把所有水分子跟中和离子都给ibelly，设定为可以动，
蛋白质和小分子抑制剂就应该完全不动才对，结果发现跑500ps NVT heat时蛋白和抑制剂之间会有相对位移，是不是因为我这个体系加水后 ...

我做过的体系里ibelly中指定以外的原子都是不动的啊。
你确定你的输入文件没错？
赞一下(1人) 回复此楼
4楼2014-05-19 15:10:19
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 7 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[论文投稿] 售SCI一区文章，我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +3 2JOx3r2CYEgw 2026-08-22 4/200 2026-08-23 04:04 by OEbVnUOu01ol
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +3 2JOx3r2CYEgw 2026-08-22 7/350 2026-08-23 03:55 by OEbVnUOu01ol
[硕博家园] 售SCI一区文章，我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +3 2JOx3r2CYEgw 2026-08-22 7/350 2026-08-23 03:43 by OEbVnUOu01ol
[论文投稿] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +3 2JOx3r2CYEgw 2026-08-22 6/300 2026-08-23 03:40 by OEbVnUOu01ol
[论文投稿] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +3 QTy3jDtz1uLt 2026-08-21 9/450 2026-08-23 03:04 by OEbVnUOu01ol
[考博] 售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +3 DpSrDtM079iu 2026-08-22 3/150 2026-08-23 00:55 by OEbVnUOu01ol
[基金申请] 2026国自然函评费到账 +11 羊腰板 2026-08-21 11/550 2026-08-22 22:03 by lsbin3733
[基金申请] 只有每年这种时候来逛逛小木虫 +24 yaoyewhu2008 2026-08-20 26/1300 2026-08-22 17:43 by kammury
[教师之家] 售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急 +4 2JOx3r2CYEgw 2026-08-21 4/200 2026-08-22 16:52 by sunzitan
[基金申请] 放榜前的不淡定 40+4 snowwithsea 2026-08-19 14/700 2026-08-21 23:51 by cratir
[基金申请] 建议基金发布提前给出明确的时间点 +10 kulium 2026-08-21 13/650 2026-08-21 21:58 by alongwaytogo
[基金申请] 今日不放榜？网传国自然预计 8 月 27 日可查结果 +16 医学老男孩 2026-08-20 20/1000 2026-08-21 21:13 by Ldrop2023
[基金申请] 时间戳又变了 +13 wuchongjun 2026-08-20 19/950 2026-08-21 17:21 by 紫杉醇
[基金申请] 让我中一个面上吧！ +11 大萍1987 2026-08-20 13/650 2026-08-21 14:48 by 20120902066
[基金申请] 我面上完蛋了 +7 且听虎啸 2026-08-20 8/400 2026-08-21 12:31 by 酷酷墨镜
[论文投稿] 投稿咨询 +5 wwm09 2026-08-17 7/350 2026-08-21 10:11 by 期刊论文帮手
[基金申请] 基金啊基金 +4 longfie172 2026-08-20 4/200 2026-08-21 08:58 by mark mao
[基金申请] 今天系统多次维护，明天很可能放榜！ +10 zju2000 2026-08-16 11/550 2026-08-20 20:02 by cl479861084
[基金申请] 今天放榜吗？ +14 布布和一二 2026-08-19 15/750 2026-08-19 18:07 by gltch
[基金申请] 朋友圈看到的 +6 wangzilk 2026-08-18 8/400 2026-08-19 10:55 by Haru815
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭