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北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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zyx19840227

捐助贵宾 (小有名气)

[求助] ibelly问题 已有1人参与

请问，用ibelly限制蛋白和抑制剂，水分子溶剂完全不加约束，跑heat为什么蛋白和抑制剂还是会动，如何才能让蛋白和抑制剂完全固定啊？用ntr约束貌似不是完全固定，即使加再大的力常数也会有或大或小的运动。。
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youarewhatyouthinkof
1楼 2014-05-19 01:17:49
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yyuan8658

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2014-05-30 19:00:29
ibelly是指定可以动的原子，没指定的原子都是不动的啊！
ntr是对某些原子加上限制，所以还是会动的。
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2楼2014-05-19 09:38:44
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zyx19840227

捐助贵宾 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by yyuan8658 at 2014-05-19 09:38:44
ibelly是指定可以动的原子，没指定的原子都是不动的啊！
ntr是对某些原子加上限制，所以还是会动的。

多谢回复

我现在的问题是把所有水分子跟中和离子都给ibelly，设定为可以动，
蛋白质和小分子抑制剂就应该完全不动才对，结果发现跑500ps NVT heat时蛋白和抑制剂之间会有相对位移，是不是因为我这个体系加水后密度为0.8，不是1左右啊，在加热过程中发现体积会变小，密度逐渐趋向于1左右
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youarewhatyouthinkof
3楼2014-05-19 11:08:39
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yyuan8658

金虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by zyx19840227 at 2014-05-19 11:08:39
多谢回复

我现在的问题是把所有水分子跟中和离子都给ibelly，设定为可以动，
蛋白质和小分子抑制剂就应该完全不动才对，结果发现跑500ps NVT heat时蛋白和抑制剂之间会有相对位移，是不是因为我这个体系加水后 ...

我做过的体系里ibelly中指定以外的原子都是不动的啊。
你确定你的输入文件没错？
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4楼2014-05-19 15:10:19
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zyx19840227

捐助贵宾 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by yyuan8658 at 2014-05-19 15:10:19
我做过的体系里ibelly中指定以外的原子都是不动的啊。
你确定你的输入文件没错？...

我的体系1-531是蛋白，532是小分子抑制剂，533-16168是中和离子及水分子，以下是我的输入文件

# Control section
&cntrl
nstlim=500000, dt=0.001,
ntx=1, irest=0,
ntpr=1000, ntwr=1000,ntwx=1000,
tempi=10, temp0=298.15,  ntt=1, tautp=2.0, ig=-1,
ntb=2, ntp=1, taup=2.0,
cut=10.0,
ibelly=1,
bellymask=':533-16168'
&end
&ewald
&end
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youarewhatyouthinkof
5楼2014-05-19 16:12:33
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zyx19840227

捐助贵宾 (小有名气)
结果发现蛋白与小分子抑制剂之间有相对移动，难道是ibelly不能freeze两个分子
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youarewhatyouthinkof
6楼2014-05-19 16:14:36
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zyx19840227

捐助贵宾 (小有名气)
看了下heating后的结果，在前30ps内，温度从10K升高到300K然后恒定，密度从0.8升到1.06然后恒定，在这段时间内蛋白抑制剂复合体的RMSD从0升到0.031angstrom然后恒定
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youarewhatyouthinkof
7楼2014-05-19 16:21:06
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