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奔跑的爷们

银虫 (正式写手)

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[求助] 请教，如何总Total energy mapping？

如题，今天看文章Ab initio calculations of zirconium adsorption and diffusion on graphene，看到了一幅图，文中图5，附件中图1，这幅图是Zr原子在石墨烯上吸附的Total energy mapping，用于表述扩散壁垒（个人理解），文中提到了如何做这幅图，描述如下：
In these calculations, we fix the coordinates of two C atoms, away from the absorbed Zr atom, in the graphene surface with the previously calculated and relaxed distances. The two fixed atoms neglect the movement of the graphene center-of-mass during relaxations. We relax all the other C atoms. We nullify the forces of the Zr atom in the x and y axes at every step while the z coordinate is relaxed. The total-energy mapping of the Zr atom on a graphene surface is shown in Fig. 5.
这句话的大概意思是：固定住不靠着被吸附原子的C原子，并且固定Zr的x y坐标，只弛豫z坐标，同时，其余的C原子的所有坐标都弛豫？
但是这段话还有不明白的地方，请各位前辈指教：
1. The two fixed atoms neglect the movement of the graphene center-of-mass during relaxations. 这句话是什么意思？什么是center-of-mass？？？
2. 如何实现：固定住不靠着被吸附原子的C原子，并且固定Zr的x y坐标，只弛豫z坐标，同时，其余的C原子的所有坐标都弛豫？使用Dynamic形式的POSCAR吗？
类似：
C 0 0 0 F F T
C 0.3 0.3 0 T T T
……………
Zr 0.5 0.5 0.1 F F T
这样的一类格式吗？？？
还是使用什么别的方式做出来？
3. 最后一个问题，所有能量点的数据计算出来之后，如何用origin作图？？？有些想不出来……
问题比较难，请各位前辈指教，谢谢

Fig. 1.jpg

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附件 1 : Ab_initio_calculations_of_zirconium_adsorption_and_diffusion_on_graphene.pdf

2014-05-13 20:56:37, 697.1 K