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merfect

新虫 (初入文坛)

[求助] 内参GAPDH跑PCR总是做不好,总是双峰,是怎么回事啊? 已有3人参与

本人菜鸟一枚。用荧光PCR。原来用的这个内参做大鼠细胞,按照50度2min预变性,95度15min变性,95度10s,60度32s退火,40循环然后熔解,做的都很好。现在换成骨髓,就做的很差。为什么啊?求分析。图在下面。
细胞的时候CT值23,扩增熔解都很好。
第一次,退火62度32s,CT值31,扩增很好,熔解不好。
第二次,用了三步法,条件50度2min,95度15min,95度10s,55度30s,72度32s,40循环然后熔解,CT值28,扩增好,熔解不好,双峰。是引物二聚体吗?还是非特异性扩增呢?
第三次,改回两步法,改为原来的60度32s,CT值24,扩增好,熔解不好。还是双峰。
第四次,两步法,条件没变,我最开始以为是骨髓提RNA,逆转录过程中有污染,所以又重新做了一遍,用新的cDNA,结果还是这样。CT值24,扩增好,熔解还是双峰。
请问一下,这是什么原因呢?为什么GAPDH会做成这样呢?和引物有关系吗?我需要重新设计引物吗?原来用大鼠细胞的时候这个引物是可以的啊,现在换成骨髓就不能用了吗?或者,还需要改变什么条件才能变成单峰呢?

多谢多谢!

内参GAPDH跑PCR总是做不好,总是双峰,是怎么回事啊?
第一次扩增,62度32s,CT值31.jpg


内参GAPDH跑PCR总是做不好,总是双峰,是怎么回事啊?-1
第一次熔解.jpg


内参GAPDH跑PCR总是做不好,总是双峰,是怎么回事啊?-2
第二次扩增,三步法,CT值28.jpg


内参GAPDH跑PCR总是做不好,总是双峰,是怎么回事啊?-3
第二次熔解.jpg


内参GAPDH跑PCR总是做不好,总是双峰,是怎么回事啊?-4
第三次扩增,60度32s,CT值24.jpg


内参GAPDH跑PCR总是做不好,总是双峰,是怎么回事啊?-5
第三次熔解.jpg


内参GAPDH跑PCR总是做不好,总是双峰,是怎么回事啊?-6
第四次扩增,换了新的cDNA,CT值24.jpg


内参GAPDH跑PCR总是做不好,总是双峰,是怎么回事啊?-7
第四次熔解.jpg
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Neo2000

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

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gyesang: 金币+2, 鼓励回帖交流! 2014-05-15 21:03:30
很明显,引物特异性不好

[ 发自小木虫客户端 ]
10楼2014-05-15 21:02:44
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