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wuer413023

至尊木虫 (文坛精英)

没事领金币

[求助] signal分析分泌蛋白疑惑！ 已有1人参与

各位虫虫，求教了！1用signal P分析分泌蛋白的信号肽，公式L=-198.235-123.45*(S mean score)+1 983.44*(HMM Cmax score)计算L值，请问HMM值怎么得到的，软件分析中似乎没有啊，另外是不是对signal P预测的所有蛋白质序列都要逐一计算啊？2 signal3.0和signal4.1好像预条件不一样啊，signal4.1没有区分NN和HMM，对吗？3如何得到信号肽序列的（因为进行了信号肽序列比对）signalP好像并不能直接输出信号肽序列？@wizardfan

signal分析分泌蛋白疑惑！
360截图20140513091128406.jpg
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上邪!我欲与君相知，长命无绝衰。山无陵，江水为竭，冬雷震震，夏雨雪，天地合，乃敢与君绝！
1楼 2014-05-13 09:13:28
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wuer413023

至尊木虫 (文坛精英)
2楼2014-05-13 15:50:06
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luwei13566

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
wuer413023: 金币+2, ★有帮助, 谢谢，这个我知道，关键是我提的问题？求虫虫再看看！ 2014-05-13 16:03:32
你这个蛋白质序列预测结果显示你的蛋白没有信号肽序列，后面的结果是NO signal peptide,如果预测得到信号肽序列在mean D那一行就会把信号肽位置显示出来，比如从你氨基酸序列第一位到第三十位之类的，后面是YES。
赞一下(1人) 回复此楼
大家相互帮助哈
3楼2014-05-13 16:01:31
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luwei13566

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
wuer413023: 金币+3, ★★★★★最佳答案, 谢谢你啊！ 2014-05-13 23:33:07
SignalP4.1已经把Neural networks（NN）和Hidden Markov models（HMM）合并成了Neural networks，因为工作人员发现任何情况下HMM都不如NN，现在方法栏只有include TM regions和without TM regions的区别，一般第一个选项系统会自动给你的序列做有无跨膜序列的判断。
总的来说4.1的应用面比3.0广，但是预测的灵敏度不如3.0，有时候3.0能预测出来的4.1预测不出来，但是4.1里的D-cutoff values里有3.0的选项，你直接点那个选项就好了，不用再算什么HMM值了。
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大家相互帮助哈
4楼2014-05-13 18:26:06
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