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wuer413023至尊木虫 (文坛精英)
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signal分析分泌蛋白疑惑！ 已有1人参与
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各位虫虫，求教了！1用signal P分析分泌蛋白的信号肽，公式L=-198.235-123.45*(S mean score)+1 983.44*(HMM Cmax score)计算L值，请问HMM值怎么得到的，软件分析中似乎没有啊，另外是不是对signal P预测的所有蛋白质序列都要逐一计算啊？2 signal3.0和signal4.1好像预条件不一样啊，signal4.1没有区分NN和HMM，对吗？3如何得到信号肽序列的（因为进行了信号肽序列比对）signalP好像并不能直接输出信号肽序列？@wizardfan 360截图20140513091128406.jpg |
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wuer413023
至尊木虫 (文坛精英)
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2楼2014-05-13 15:50:06
luwei13566
木虫 (正式写手)
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- 专业: 微生物生理与生物化学
3楼2014-05-13 16:01:31
luwei13566
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【答案】应助回帖
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wuer413023: 金币+3, ★★★★★最佳答案, 谢谢你啊！ 2014-05-13 23:33:07
wuer413023: 金币+3, ★★★★★最佳答案, 谢谢你啊！ 2014-05-13 23:33:07
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SignalP4.1已经把Neural networks（NN）和Hidden Markov models（HMM）合并成了Neural networks，因为工作人员发现任何情况下HMM都不如NN，现在方法栏只有include TM regions和without TM regions的区别，一般第一个选项系统会自动给你的序列做有无跨膜序列的判断。 总的来说4.1的应用面比3.0广，但是预测的灵敏度不如3.0，有时候3.0能预测出来的4.1预测不出来，但是4.1里的D-cutoff values里有3.0的选项，你直接点那个选项就好了，不用再算什么HMM值了。 |
4楼2014-05-13 18:26:06
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