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yuerainsea

[交流] 【求助】模拟出来的扩散不正常,怎么办

模拟高分子,小分子后加进去,做了扩散动力学,结果与实验相差数量级,求教高人指教一下。

[ Last edited by freshgirl on 2009-6-28 at 21:48 ]
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saitou

木虫 (正式写手)

★ ★ ★ ★
lei0736(金币+4,VIP+0):谢谢
首先力场来说,compass完全可以用于有机分子模拟,这也是Acc公司推荐的力场之一,但是由于过新和强调金属部分的模拟,类型可能不全。我碰到的情况和楼主相反:compass没有的类型只能到pcff里找

第二模拟高分子,我觉得这样的模拟本身就存在很大风险:高分子的规模过大,是不是能很好地选择有代表性的盒子,并将其控制在手头计算机可处理的范围内,是需要摸索的。现在MD的极限也不过是微秒级,所以参考文献的同时,自己不断改进也是很必要的——做不出来好结果也不能光找文献和软件的不是,说不定他也是碰巧了
不抛弃,不放弃
9楼2008-04-11 20:41:09
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cuihang

铁杆木虫 (正式写手)

VASPer


lei0736(金币+1,VIP+0):愿闻其详
力场的选择很重要,不同的力场计算的扩散结果可以差上千倍
聪明人知道自己是傻子,傻子以为自己是聪明人
2楼2008-03-12 10:08:42
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yuerainsea

我用了compass,看文献都用那个
3楼2008-03-12 17:34:55
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zzgyb

荣誉版主 (文坛精英)

小木虫警察局局长

优秀版主


lei0736(金币+1,VIP+0):thanks
compass是比较常用,但不怎么使用有机分子
有机分子还是建议使用CVFF,或者PCFF
江南七怪+马玉+洪七公+一灯大师+周伯通教一个弱智儿童=郭靖,天下第一王重阳教七个天资不错的小孩=全真七子,全真七子×3《郭靖,这就是盲目扩招的后果
4楼2008-03-13 17:34:46
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