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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » 【求助】模拟出来的扩散不正常，怎么办
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yuerainsea

[交流] 【求助】模拟出来的扩散不正常，怎么办

模拟高分子，小分子后加进去，做了扩散动力学，结果与实验相差数量级，求教高人指教一下。

[ Last edited by freshgirl on 2009-6-28 at 21:48 ]
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1楼 2008-03-12 09:37:32
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cuihang

铁杆木虫 (正式写手)

VASPer
★
lei0736(金币+1,VIP+0):愿闻其详
力场的选择很重要，不同的力场计算的扩散结果可以差上千倍
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聪明人知道自己是傻子，傻子以为自己是聪明人
2楼2008-03-12 10:08:42
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yuerainsea

我用了compass,看文献都用那个
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3楼2008-03-12 17:34:55
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zzgyb

荣誉版主 (文坛精英)

小木虫警察局局长

优秀版主
★
lei0736(金币+1,VIP+0):thanks
compass是比较常用，但不怎么使用有机分子
有机分子还是建议使用CVFF，或者PCFF
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江南七怪+马玉+洪七公+一灯大师+周伯通教一个弱智儿童=郭靖,天下第一王重阳教七个天资不错的小孩=全真七子,全真七子×3《郭靖,这就是盲目扩招的后果
4楼2008-03-13 17:34:46
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yuerainsea

pcff 没有我的物质的参数，我之前试过他说找不到参数
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5楼2008-03-14 10:06:15
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zzgyb

荣誉版主 (文坛精英)

小木虫警察局局长

优秀版主
★ ★
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢 呵呵 别上火
你计算什么有机分子
怎么会没有参数呢

有机分子就那么多，怎么会没有参数呢
再就是，如果没有，你可以找文献，自己加进去
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6楼2008-03-14 10:49:57
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yuerainsea

我觉得，本身盗版软件不够稳定，拿我建盒子来说就总是不稳定，十个建不出5个，有的时候又没问题，
实验文献里没说啊，怎么加参数，
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7楼2008-03-17 09:37:37
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ysjchenmo

木虫 (小有名气)
★ ★
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢 鼓励新虫
模拟高分子，小分子后加进去，做了扩散动力学，结果与实验相差数量级
可能不单是力场选择的问题，你模拟的高分子模型与实际高分子之间的差异也可能导致结果与实验相差的数量级。
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8楼2008-04-11 13:11:49
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saitou

木虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★
lei0736(金币+4,VIP+0):谢谢
首先力场来说，compass完全可以用于有机分子模拟，这也是Acc公司推荐的力场之一，但是由于过新和强调金属部分的模拟，类型可能不全。我碰到的情况和楼主相反：compass没有的类型只能到pcff里找

第二模拟高分子，我觉得这样的模拟本身就存在很大风险：高分子的规模过大，是不是能很好地选择有代表性的盒子，并将其控制在手头计算机可处理的范围内，是需要摸索的。现在MD的极限也不过是微秒级，所以参考文献的同时，自己不断改进也是很必要的——做不出来好结果也不能光找文献和软件的不是，说不定他也是碰巧了
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不抛弃，不放弃
9楼2008-04-11 20:41:09
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ysjchenmo

木虫 (小有名气)
非常赞同楼上的说法。
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10楼2008-04-17 15:42:42
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