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汕头大学海洋科学接受调剂
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wangshuai_xx

银虫 (初入文坛)

[求助] 关于VMD批量导入的问题 已有1人参与

我用lanmmps做的石墨烯拉伸得结果,
总共dump出来了30000个文件,每个文件里是某一时刻所有252个原子得坐标信息。
现在我想放到VMD里面,看他的动态效果,但是貌似VMD每次只能load1个文件。
有没有批量导入功能啊?
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Es muss sein
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smutao

禁虫 (著名写手)

★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
wangshuai_xx: 金币+2, ★★★很有帮助 2014-05-06 18:41:05
月只蓝: 金币+1, 感谢指导! 2014-05-16 18:56:38
本帖内容被屏蔽

2楼2014-05-06 18:37:02
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wangshuai_xx

银虫 (初入文坛)

谢谢指点,我搜一下相关命令
Es muss sein
3楼2014-05-06 18:41:36
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smutao

禁虫 (著名写手)

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4楼2014-05-06 18:45:21
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wangshuai_xx

银虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by smutao at 2014-05-06 18:37:02
write a script using catdcd or ptraj to make a contiuous trajectory

是不是利用VMD的TK console?
Es muss sein
5楼2014-05-06 18:47:35
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smutao

禁虫 (著名写手)

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6楼2014-05-06 18:49:28
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wangshuai_xx

银虫 (初入文坛)

引用回帖:
6楼: Originally posted by smutao at 2014-05-06 18:49:28
no. google "catdcd "
and it is better if you are using Linux and know something on Bash Shell...

Danke!  I am using linux, but only a beginner.
Es muss sein
7楼2014-05-06 19:01:18
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smutao

禁虫 (著名写手)

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8楼2014-05-06 19:10:41
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wangshuai_xx

银虫 (初入文坛)

我研究了一下,已经知道CatDCD怎么运行的了。看了他的例子,和syntax:
catdcd -o outputfile [-otype <filetype>] [-i indexfile]
      [-stype <filetype>] [-s structurefile]
      [-first firstframe] [-last lastframe] [-stride stride]
      [-<filetype>] inputfile1 [-<filetype>] inputfile2 ...
我现在有600个×.lammpstrj文件。我想把这几个合并然后导入到VMD当中,我在CatDCD文件夹下打开终端 然后输入:
CODE:
./catdcd -o -otype <lammpstrj> all.lammpstrj -first 1 -last 600 -stride 1 60000.lammpstrj 61000.lammpstrj

我的文件是
60000.lammpstrj
61000.lammpstrj
...
660000.lammpstrj
目的是把这些文件合并到 一个文件all.lammpstrj中。
结果失败了,终端显示:bash: lammpstrj: 没有那个文件或目录

请问大婶们,是什么原因呢?
Es muss sein
9楼2014-05-06 22:06:51
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wangshuai_xx

银虫 (初入文坛)

引用回帖:
8楼: Originally posted by smutao at 2014-05-06 19:10:41
cute girl...

又有问题了。。。大婶出马啊。。
Es muss sein
10楼2014-05-06 22:07:09
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