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yangyan19890新虫 (小有名气)
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相互作用推测复合物的问题
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我想通过Gaussian,计算A+B-----A-B的△E，来看A与B在体系中能否结合，结合能有多大； 目前是这样算的：将A、B分别进行构型优化，然后将优化完的A、B通过一定的方式摆放在一块并手动连键形成A和B的复合物A-B，对其进行构型优化，然后E(A-B)-E(A)-E(B),算出结合能为负即说明A、B在该体系中可以自发络合成A-B，片段和复合物优化时输入文件中均加上溶剂效应命令。 问题：1、以上做法是否合理，能够简单地通过上述方法推测A、B的复合情况吗 2、（1）我在将优化好的A、B往一块连接时，一般是以不改变A、B片断结构为原则，仅仅是将两者放一块，但有时由于优化好的片段结构中有些基团的朝向构成位阻，影响两者的连接，按前面的方法摆放，优化结束后两个片断远离或结构很不合理；（2）将构成位阻的基团稍微转动（这样就破坏了原来优化好的结构），再将两者连接，这样优化结束是可以形成A-B的，但总感觉这样不合理。前面所述（1）、（2），哪个方法合理呢 请懂这方面的大侠赐教，谢谢！ |
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