| 查看: 379 | 回复: 0 | ||
yangyan19890新虫 (小有名气)
|
[求助]
相互作用推测复合物的问题
|
|
我想通过Gaussian,计算A+B-----A-B的△E，来看A与B在体系中能否结合，结合能有多大； 目前是这样算的：将A、B分别进行构型优化，然后将优化完的A、B通过一定的方式摆放在一块并手动连键形成A和B的复合物A-B，对其进行构型优化，然后E(A-B)-E(A)-E(B),算出结合能为负即说明A、B在该体系中可以自发络合成A-B，片段和复合物优化时输入文件中均加上溶剂效应命令。 问题：1、以上做法是否合理，能够简单地通过上述方法推测A、B的复合情况吗 2、（1）我在将优化好的A、B往一块连接时，一般是以不改变A、B片断结构为原则，仅仅是将两者放一块，但有时由于优化好的片段结构中有些基团的朝向构成位阻，影响两者的连接，按前面的方法摆放，优化结束后两个片断远离或结构很不合理；（2）将构成位阻的基团稍微转动（这样就破坏了原来优化好的结构），再将两者连接，这样优化结束是可以形成A-B的，但总感觉这样不合理。前面所述（1）、（2），哪个方法合理呢 请懂这方面的大侠赐教，谢谢！ |
回复此楼» 猜你喜欢
分子动力学 Plumed教程求助
已经有0人回复
-
微纳hub，微纳加工的宝库
已经有0人回复
-
物理化学论文润色/翻译怎么收费?
已经有212人回复
-
研究生学术新锐奖｜宁波微纳材料研讨会参会通知
已经有2人回复
-
申请2027年材料/化学类博士
已经有6人回复
-
微纳加工里的 lift-off 工艺
已经有0人回复
-
求相关合成条件
已经有12人回复
-
2027春季申博自荐
已经有6人回复
-
青基的材料青椒们，可以把硕士联培生送我这里，要研二男生
已经有67人回复
-
申博
已经有2人回复
找到一些相关的精华帖子，希望有用哦~
蛋白和某基因是否有相互作用，有什么软件或者方法可以预测？
已经有4人回复
- 关于不同金属氧化物形成固溶体的问题
已经有4人回复
- 药物与蛋白荧光测定温度实验的问题。。。求高手解释。。。
已经有7人回复
- 怎么做基于KEGG的生物通路富集分析？
已经有9人回复
- 蛋白质相互作用预测
已经有9人回复
- 蛋白质信号肽预测的相关软件
已经有8人回复
- 【求助】如何探究两个蛋白质之间的直接或间接相互作用？谢谢！
已经有6人回复
- 真核生物蛋白质相互作用预测软件
已经有8人回复
- 聚合物基复合材料有哪些问题是还没有解决的？
已经有31人回复
- 共聚水凝胶的结构和彼此之间的相互作用力的判断表征
已经有4人回复
- 铈锆复合氧化物的问题
已经有4人回复
- 【讨论】如何否定某一复合物结构的存在？
已经有7人回复
- 【交流】电容器材料复合物加入乙炔黑的作用是什么
已经有5人回复
- 【求助/交流】有没有软件或者网站可以预测蛋白质与DNA之间的相互作用？
已经有6人回复
点击这里搜索更多相关资源科研从小木虫开始，人人为我，我为人人
