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piaoma

木虫 (小有名气)

[交流] 【讨论】如何否定某一复合物结构的存在?

各位,请教一个问题。
有一依靠弱相互作用稳定(范德华和静电力)的复合物体系(有40个CNH的原子),有文献通过b3lyp/6-31g++(d,p)优化得到一稳定结构。但明显该体系利用上述泛函优化并不合适。现改用g09的b97d/tzvp优化之(opt(maxcycle=1000,maxstep=1),但优化无法正常结束;而且从其他一些角度来看,现怀疑该结构能否稳定存在。
请问:我应该如何说明上述复合物其实是不能存在呢?
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manson1998

金虫 (著名写手)

OLED达人

★ ★
zhou2009(金币+2): 2010-09-12 15:00:30
piaoma(金币+5): 2010-09-12 22:25:47
稳定存在与否应该以实验为准。计算得到的结果毕竟不准确。首先你用的泛函不一定适合,再者你的模型是否真实完整,还有反应体系是否表达完全,最后如果是多分子相互作用的话好像高斯在这方面不完备。
惺惺相惜情不自禁
2楼2010-09-12 14:10:40
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qzhaosdu

金虫 (著名写手)

★ ★
zhou2009(金币+2): 2010-09-12 15:01:40
piaoma(金币+10): 2010-09-12 22:26:17
同意楼上的,最好有实验,没有的话,用各种理论水平去做做,小厨师别用DFT了,你用MP2去做做看能成复合物吗?但是一般经验来说,B3LYP做出来可以形成复合物应该就八九不离十,除非这个体系非常特殊。
Anewday,anewhour,anewminute,anewpeople.
3楼2010-09-12 14:52:46
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piaoma

木虫 (小有名气)

感谢楼上二位的回答。
1)根据这个复合物体系结构特点,我采用的泛函肯定是比b3lyp合适,这一点,我和文献作者讨论过,他也是这样认为的
2)mp2的确比dft的方法要精确一些,但计算量实在太大,以我40个原子来计算,光优化可能就得30多天(mp2/aug-cc-pvdz)(16核/16G),还不一定成功;如果采用一些小基组优化,似乎又过于粗糙。
3)目前的实验还不能够准确的得到这些复合物结构并予以测量。(大多是做IR,抽真空,引入待测分子,然后用氦气或氩气稀释至不同浓度),所以最后的结构到底如何,文献作者也是根据实验数据推测。
4)我想否定文献作者所提出的部分复合物结构,如何让人信服?
4楼2010-09-12 22:39:56
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qzhaosdu

金虫 (著名写手)

piaoma(金币+5): 2010-09-13 12:21:44
引用回帖:
Originally posted by piaoma at 2010-09-12 22:39:56:
感谢楼上二位的回答。
1)根据这个复合物体系结构特点,我采用的泛函肯定是比b3lyp合适,这一点,我和文献作者讨论过,他也是这样认为的
2)mp2的确比dft的方法要精确一些,但计算量实在太大,以我40个原子来计 ...

他们那些实验环境跟理论计算的很不一样,算出来的跟他不一样和正常的。
最好的实验还是气相中单个分子之间的相互作用,貌似比较难做。
Anewday,anewhour,anewminute,anewpeople.
5楼2010-09-12 23:58:10
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beefly

专家顾问 (职业作家)

地沟油冶炼专家

piaoma(金币+10): 2010-09-13 12:22:09
40个原子的体系,可以用密度拟合MP2,orca做这个是强项,而且有解析梯度。

有些特殊的体系,密度泛函并不准。例如往氟乙烷的CF键中间插入一个氦原子,所有的密度泛函(GGA,Hybrid-GGA)都显示这是个非常稳定的结构,还被写进了书。但并不被各种从头算的结果支持。

但是如果体系含有3d过渡金属,MP2也靠不住,甚至比杂化泛函还差。需要做ccsd(t)级别的计算。

复合物结构是否存在,一般看经过零点能矫正的稳定化能。如果稳定化能在1kcal/mol以下,即使处于超低温环境也是难以存在的。

[ Last edited by beefly on 2010-9-13 at 02:27 ]
beefly《西太平洋大学现代英汉词典》[bi:fli]牛肉一般地
6楼2010-09-13 02:25:11
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dragonli

金虫 (小有名气)

piaoma(金币+1): 2010-09-13 12:22:17
学习了
7楼2010-09-13 09:19:14
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piaoma

木虫 (小有名气)

谢谢各位。
1)我的体系,用b97d或m06-2x是合适的,这已被很多文献所证实,这一点毋庸置疑。
2)Sobereva的建议是“最好多选一些初始结构做优化,也就是分子间用许多不同的相对朝向做为初始结构依次做优化,这样才能更有说服力地证明多聚体结构不能稳定存在。”
8楼2010-09-13 12:29:50
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