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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 材料区 » 晶体 » 晶体解析 » 请教有机小分子的手性晶体测试时候需要注意什么？
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feelhaw

金虫 (正式写手)

[求助] 请教有机小分子的手性晶体测试时候需要注意什么？ 已有3人参与

现有一个含有核苷结构的有机小分子晶体，元素构成为C, H, N, O. 已经确定该晶体是有手性的，请问测试时候需要注意什么？
       比如是不是一定要用Cu钯测试？用半球方法收集是否可行？数据还原解析需要注意什么？特别是解析时候关于FLACK因子方面要注意什么？
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1楼 2014-05-01 12:31:29
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xja1830

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
feelhaw: 金币+8, ★★★很有帮助 2014-05-01 13:24:45
和一般有机小分子收集策略一样的。你这个不含重原子，肯定是要用铜靶才能确定绝对构型的，解析的时候用手性空间群就行了。我也可以帮你解手性分子。
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以一颗执着不变的心，勇往直前，迎向未来。
2楼2014-05-01 12:54:18
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feelhaw

金虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by xja1830 at 2014-05-01 12:54:18
和一般有机小分子收集策略一样的。你这个不含重原子，肯定是要用铜靶才能确定绝对构型的，解析的时候用手性空间群就行了。我也可以帮你解手性分子。

如果不用铜靶确定绝对构型对最后的数据发表有影响吗？
解出的CIF中，Flack常数是2.9？这个用Mo靶测的，意义不大吧？
_refine_ls_abs_structure_Flack    2.9(16)
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3楼2014-05-01 13:27:45
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xja1830

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
feelhaw: 金币+2, ★★★很有帮助 2014-05-02 08:26:51
2.9是不能确定绝对构型的。不含重原子一定要用铜靶。
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4楼2014-05-01 14:03:56
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jackdeng

专家顾问 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
feelhaw: 金币+10, ★★★很有帮助 2014-05-02 08:26:42
结构中不含大于P的原子必需要用铜靶确定绝对构型，但也不是说就一定能确定，用什么方式收录数据要看你的晶系和空间群决定，如果是天然产物，而且是三斜，那就意味着是p1空间群，此时必需得手全球了。数据还原时注意空间群的选择（三斜除外），解析时要注意观察flack参数，一般情况下，如果大于0.1就不能确定绝对构型了，必要的时候可以使用倒翻命令优化其flack参数。
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5楼2014-05-01 22:58:31
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feelhaw

金虫 (正式写手)
该化合物是我合成的，可以根据原料可以确定其绝对构型。那么我还有必要再用Cu靶测吗？
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6楼2014-05-02 08:30:29
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xja1830

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

手性原料到手性产物ee值是会有变化的。严格讲你还是需要用铜靶确认绝对构型。
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以一颗执着不变的心，勇往直前，迎向未来。
7楼2014-05-02 08:44:24
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zzy1234567

铜虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

引用回帖:
2楼: Originally posted by xja1830 at 2014-05-01 12:54:18
和一般有机小分子收集策略一样的。你这个不含重原子，肯定是要用铜靶才能确定绝对构型的，解析的时候用手性空间群就行了。我也可以帮你解手性分子。

你好，flack值可以通过精修，接近于0吗。
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8楼2018-09-12 15:20:04
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