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136zhangpong新虫 (小有名气)
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[求助]
关于运行MMPBSA/GBSA的Decomposition时设置&gb的介电常数问题
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| 本人最近在用MMPBSA/GBSA的Decomposition时，想改变外部溶剂的介电常数，gb和pb都改；在gb中外部溶剂的介电常数用的参数为extdiel=4,内部溶质的介电常数用的参数为intdiel=1.0,在pb中外部溶剂中的介电常数用的参数为exdi=4,内部溶质的介电常数用的参数为indi=1.0；运行后总是报错：Unrecognized variable (extdiel) in namelist (gb)! Unrecognized variable (intdiel) in namelist (gb)! ；之后我不在&gb里面设置，只在&pb里面设置，发现没有问题了，但只有pb算出来的才和普通的（没有改变过介电常数的MMPBSA计算结果）有变化；gb和普通的结果一样，因为没有设置介电常数；现在我想知道这个gb里的介电常数该怎么设才不会出问题；这个参数我都是在教程里找的，pb的没有报错，gb的报错了。 |
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