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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » MS » 对于分子数较多的周期性结构的优化问题
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小虫_sang

铁虫 (正式写手)

[求助] 对于分子数较多的周期性结构的优化问题 已有2人参与

对一个一维无限长纳米管结构进行优化，由于周期内结构原子数目庞大（336个原子），我的思路是：先用Forcite中的力场进行几何优化，然后再用Dmol3优化，有两个问题请教一下各位大神：
1、用Forcite力场优化时是不是只选择一个合适的力场然后“Geometry Optimization”就行了，不需要跑动力学吧？
2、在用Dmol3优化前是不是需要用Forcite优化好的结构中的力场退掉？还有怎么退力场？不退力场的话在接下来的优化中会有什么影响吗？
先谢谢了，，，非常感谢指点
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1楼 2014-04-29 11:52:04
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jiewei

专家顾问 (著名写手)

小才

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
franch: 金币+2, 谢谢回帖交流。。。 2014-05-05 22:59:25
先用DFT-B模块优化吧，然后把优化的最后结果保存下来再读入用dmol优化
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我想做个科学家，可我又喜欢写诗；我想做一个诗人，可我却读的理工科..
2楼2014-04-30 16:30:18
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Joannaouc

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
franch: 金币+2, 鼓励交流。。 2014-05-05 23:00:34
1. 没用过forcite，但是应该只做OPT就可以
2.dmol不会读去forcite的立力场，会用DFT的方法重新进行优化。所以这个问题不存在，把上一个结构读过来就行了。
还有个问题是你准备怎么优化晶格常数呢，还是就用实验值？
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3楼2014-05-01 10:50:18
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小虫_sang

铁虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by jiewei at 2014-04-30 16:30:18
先用DFT-B模块优化吧，然后把优化的最后结果保存下来再读入用dmol优化

新手弱弱的问一句：“DFT—B”是什么模块？这个模块式用力场优化的还是量化计算的？
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4楼2014-05-01 21:05:28
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小虫_sang

铁虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by Joannaouc at 2014-05-01 10:50:18
1. 没用过forcite，但是应该只做OPT就可以
2.dmol不会读去forcite的立力场，会用DFT的方法重新进行优化。所以这个问题不存在，把上一个结构读过来就行了。
还有个问题是你准备怎么优化晶格常数呢，还是就用实验值 ...

因为我的结构是个孤立的管，所以在a、b方向上是加真空的，所以我只优化C方向的晶格
也就是说forcite优化后的结构不用退掉力场直接用Dmol优化就行是吧？但是Dmol优化时能量震荡的厉害，是结构不太合理吗？刚开始我还以为是没有退掉力场的原因呢，，，望指教
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5楼2014-05-01 21:09:49
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jiewei

专家顾问 (著名写手)

小才
引用回帖:
4楼: Originally posted by 小虫_sang at 2014-05-01 21:05:28
新手弱弱的问一句：“DFT—B”是什么模块？这个模块式用力场优化的还是量化计算的？...

MS里面的模块啊，你用MS首先得了解一下这个软件都有些啥功能吧，都哪些软件能算哪些东西吧， 先自己去看几遍手册多了解了解吧
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我想做个科学家，可我又喜欢写诗；我想做一个诗人，可我却读的理工科..
6楼2014-05-06 10:55:49
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小虫_sang

铁虫 (正式写手)
引用回帖:
6楼: Originally posted by jiewei at 2014-05-06 10:55:49
MS里面的模块啊，你用MS首先得了解一下这个软件都有些啥功能吧，都哪些软件能算哪些东西吧， 先自己去看几遍手册多了解了解吧...

看了这个模块感觉着块使用量化计算的，跟Dmol原理差不多吧
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7楼2014-05-09 08:34:25
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jiewei

专家顾问 (著名写手)

小才
引用回帖:
7楼: Originally posted by 小虫_sang at 2014-05-09 08:34:25
看了这个模块感觉着块使用量化计算的，跟Dmol原理差不多吧...

The DFTB approach merges the spirit and reliability of DFT with the simplicity and efficiency of TB ansatz. While minimizing both the computational cost and the number of parameters, this method offers a high degree of transferability as well as universality for both ground-state and excited-state properties. DFTB operates with the same accuracy and efficiency for organic molecules, solids, clusters, insulators, semi-conductors, and metals, even biomolecular systems are investigated. Use of DFTB is independent of the type of atoms which constitute the material (Frauenheim et al., 2002).
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我想做个科学家，可我又喜欢写诗；我想做一个诗人，可我却读的理工科..
8楼2014-05-09 09:20:34
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小虫_sang

铁虫 (正式写手)
引用回帖:
8楼: Originally posted by jiewei at 2014-05-09 09:20:34
The DFTB approach merges the spirit and reliability of DFT with the simplicity and efficiency of TB ansatz. While minimizing both the computational cost and the number of parameters, this method off ...

谢了
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9楼2014-05-09 10:10:03
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